9月16日晚上，戚继率领1000人的戚家军，以月满率领的30少僧兵和欧阳模率领的30少僧兵一起乘坐几艘小型战船行从玄钟所（福建漳州诏县东部）启程到达柘（广东潮州饶平县柘镇），柘是戚继这次率领军队进攻澳岛的出发地。戚继率领1000人和60僧兵到达后，下来戚家军和广东水师将是一场久战，所从戚继此前已经命人征了500艘渔船，以储藏在渔船上总3000多石粮食也到达了柘和澳岛一带的面上。柘镇和澳岛是隔相望，它们中间隔着10多公里的大，戚继和唐尧臣察看了一下对岸澳岛的地形，戚继又人拿来地图看了一下，戚继和唐尧臣决定登陆的地方就选在澳岛部的龙眼沙，因为龙眼沙的地势比较平坦。21日晚上，沈舟和傅应嘉率领1万多水军驾驶30艘战船到达柘的面上，着戚继带领大家进入所有的船舱后就出发前龙眼沙，1个小时后到达了距离只有龙眼沙几米远的面上，这时，在龙眼沙大营里的敌人看见面上的戚家军、水军和战船后他们马上向戚继等人开炮，并用火绳枪射击，戚继命令大家一边开炮还击，一边驾驶战船前进，终于在9月22日早上戚继率领军队在澳岛龙眼沙成功登陆，着戚继开始对岛上吴平的所有大营发动进攻，而在面上沈舟命令一部分水兵驾驶100艘战船分停在烈屿、宰猪、大沙等港湾，阻止吴平从上逃走。
9月25日，俞大猷、刘显、汤宽率领宗擎和普从，以1万多人的广东水师，一驾驶300多艘战船到达了澳岛不远处的面上，着他们和沈舟、傅应嘉率领的水军会合后，俞大猷命人号弹，岛上的戚继和唐尧臣、月满等人看到号弹后下令大家一起围攻吴平，然后俞大猷和沈舟命令所有水兵驾驶艘福船向停在岸边的所有倭船和岛上的吴平开炮。
福船是福建所建船形制的总称，也其中的大型战船。它是中国古代的三大船型种之一，其点是剖面呈v字的型状，上面是平衡的，下面像刀刃，贵其可以破浪，就是它的上面是平的，但是船的底部是尖底，可以破浪，福船开起来的度会慢一些，但是比较平稳。
由于戚继和俞大猷等人遭到吴平军队顽的还击，战争一直续到10月5日的凌晨，吴平率领800人驾驶40艘战船向饶平县方向逃去。澳岛之战中戚继和俞大猷率领军队一斩首倭寇的首级1500多颗，烧死和淹死倭寇5000人，炸毁战船60多艘，解救倭寇俘虏的姓1800多人。
最后戚继和俞大猷分率领军队在广东饶平县的凤凰山、雷州、廉州等地大败吴平率领的残部，一炸毁战船10艘，吴平率领残部继续逃亡，俞大猷命汤宽率领水军追击。嘉靖45年（公1566年）初，吴平率领残部驾驶30艘战船逃到）境内的万桥山澳上，吴平残部汤宽率领的水军全歼，吴平跳自杀。
从此广东境内的倭寇之患本平息，“嘉靖大倭患”也本结束，从朝开始的倭寇之患终于本解决。