嘉靖44年（公1565年）2月底，戚继派傅应嘉和沈舟率领水军到达广东境内后就联合俞大猷率领的广东水师，两军总8000多人乘坐80多艘战船一起在面上等待从福建梅岭逃跑撤到这里来的吴平盗。吴平刚一到达广东境内的面上后就遭到俞大猷和沈傅应嘉、沈舟等人的袭击，最后吴平的100多艘战船击沉105艘，损失兵力3000多人，吴平率领7000多人的军队乘坐少量战船逃到广东的澳岛上。
不久，又有2万倭寇分在福建和广东的诏等地登陆，戚继和俞大猷分率领军队在福建和广东境内抗击倭寇，4月底时倭寇本灭。
6月间，吴平率领水兵数人，驾驶100多艘战船在诏县境内登陆备围攻县城等地，最后戚继率领军队在梅岭驾驶50多艘战船灭吴平的军队几人，吴平率领水兵乘坐战船逃澳岛。
朝廷得后立刻下令给福建和广东的两个的巡抚、总兵：“福建巡抚汪道昆和兵部右侍郎兼提督两广吴桂芳，以福建总兵戚继和广东总兵俞大猷严厉监督各级将领和官员，还有士兵，齐心协力同剿灭吴平盗，以定地方，不推托误事。”
澳岛位于现在的广东汕头澳县境内，地处福建和广东两的处，有一部分在明代属于福建的诏县辖，是明朝倭寇从福建进入广东的咽喉之地，自古就有“粤东屏障，粤闽咽喉”之称，岛屿的面积为11144k㎡。岛上土地肥沃，森茂密，岛屿的围有澳、隆澳、云澳等重要港湾，其中澳地势险要，入港处水道非常狭窄，小船只能鱼贯而入，吴平盗的大本营就设在这里，并吴平还在云盖寺、龙眼沙派有兵力在那里守着，同时吴平在暗中继续招兵买马、召旧部，以命人建战船，到9月份时吴平的人数达到15000多人，拥有战船100多艘。
戚继和俞大猷分在福建、广东着积极的备，天训练军队、建大量战船、火、兵等。7月底，戚继和俞大猷来量后决定戚继率领军队在9月22日登上澳岛，9月25日等俞大猷率领水军到达后一起水陆同时围攻岛上的吴平，8月初，戚继率领1万多人的戚家军和战船300多艘在月港（福建漳州龙区境内）举行誓师大会，备出征澳岛。