到了长江口，徐光启更加吃惊地现，有上千艘各种船只在忙着转运货物和人员。曹泰得意地告诉他：“我军在江南与百姓相处甚为和谐，我公司提倡公平贸易，现银交易绝不拖欠，各处商家、小贩都愿意与我们交易。徐大人看到了吗，这些商船运输的都是我们在江南收购的货物，其大宗者有生丝、丝织品、瓷器、白糖、果品、鹿皮以及各种日用珍玩等，我们公司将这些货运销海外，而换取大量白银以及胡椒、苏木、香料等回国出售。您看到的那些去金陵的我公司商船，运载的就是从海外带来的各种货物。”
江南之富庶，徐光启是本地人，自然是知道的。可他没有预料到中华公司的实力竟然已经达到如此程度：上千艘船在长江江面上来来往往，搬运的是江南的财富。中华军沿途大把撒银子，把长江下游沿岸的几乎所有船只都雇用了，大批长江上的渔民水手纷纷加入到这支空前庞大的商业运输船队中去。
在江面上游弋的飞字号、镇字号巨舰，那巨无霸一般的船身以及两舷上下数排的炮窗，给徐光启的震动也很大，他不由地对兵科给事中赵兴邦说：“中华公司船坚炮利，仅此一艘战舰，就可抵我水师所有的战船了。”
赵兴邦苍白着脸说道：“徐大学士有所不知，你被海寇困在天津的时候，我朝廷水师舰船，已经基本上被他们全部摧毁了。现在官军水师战船，仅仅能在武昌、汉口一带活动……”
徐光启一行在南京燕子矶登陆上岸，前来迎接的是南京士绅官民的代表，中华军没有出面。那些士绅官民代表都是在南京城陷之日，无奈被困在城中的。他们见到徐光启，纷纷上前诉说苦衷，请求朝廷对他们网开一面，并且和海商们早日达成和议，他们也好脱离被软禁的境地。
两天后，金陵城应天府衙之内。
“开海裕国、通商富民，这本是利国利民的大好事，无奈朝廷不允，才有此次战事。徐大人此来招抚，是我等沿海商民的福分……”尹峰与徐光启一见面，开门见山就直奔主题，没有什么寒暄和客套。徐光启丝毫不以为意，以一种平等相待的态度与尹峰拱手见礼。这使得一边站着的曾山、徐鸿基等人有点意外，不由地对徐光启很有好感。
徐光启见尹峰身后站着几名西洋传教士：尹峰的私人顾问陆若汉、台湾副主教金尼阁。金尼阁是利玛窦的追随者，和徐光启比较熟悉，两人当下也以天主教礼节见礼。
谈判很快直入主题：尹峰代表中华公司同意与朝廷停战，并且从两京撤军。但是，他要求自己的六大誓约得到朝廷的批准，作为中华公司商人的特许权利。
同时，中华公司要求朝廷释放所有因为海禁入狱的犯人，包括那些在前一年海禁大起时被官府抓捕的华兴联号、华兴银号、钱庄的掌柜、伙计，以及那些和公司有关的商人。当然，所有与中华公司有关的商号、钱庄、银号恢复营业，并且官府负责回被查抄的物资钱财。
最后，中华公司在撤离南京后，要求在江南拥有驻军，控制长江口。所有沿海岛屿，全部划归中华公司管辖，册封尹峰为靖海王。
徐光启无奈地摇摇头：“尹船主，您这是狮子大开口，这等条件，朝廷万万不可能答应的……朝廷拍我等前来，是来招抚沿海商民的，我们还是先来谈谈你们何时从两京撤军的事吧！”
尹峰呵呵冷笑，自己手中有大把的好牌，谈判的主动权在自己手中：“徐大人，这话是什么意思？朝廷如没有谈判的诚意，那么我们并不在乎继续开战。”
……
尹峰的风格适合做商人，政治上讨价还价和商业贸易的讨价还价，还是有区别的。特别是在中国，儒家传统中注重名正言顺的问题。
在第一天就把谈判谈崩了之后，尹峰退出了谈判桌，让曾山以中华公司董事会总书记官的身份与徐光启继续谈判。尹峰离开后，大明朝廷的谈判官员提出了身份对等的问题，要求和尹峰直接谈判毕竟，朝廷是派出了一位二品大员来谈判的。曾山则提出，大明朝廷只能是来和谈的，不是招抚。
就这样，在有关谈判的程序性问题上，双方纠缠不清，整整耗费了十天时间。朝廷方面的谈判主持者换成了赵兴邦，他是典型的儒生做派，非得把谈判的主旨定下来，名正言顺后才能开始实质性谈判。
徐光启从他的天主教教友这里得知：在南洋、吕宋、台湾，中华公司面临着很多问题，他打定主意想以拖待变，指望中华公司因为海外殖民地的问题而先在谈判中让步。
而尹峰这边也是打着同样的主意。
一开始尹峰就很明显是在故意拖延谈判。曾山、徐鸿基、赵铁等人都来询问他，他故作神秘地说：“你们暂且等着瞧，没多久，朝廷就会来求着我们谈判了。”
众人对于尹峰的战略眼光一向佩服，但是尹峰面对政治斗争时，经常有门外汉的表现。所以大家将信将疑，但是尹峰就是拖延着谈判，一点也不着急的样子。曾棋在台湾来急信，要求南线部队抽调一部分水军舰队回台湾，因为又有一批倭人天主教徒流亡者到达台湾了。