春寒料峭的渤海岸边，在漫长的海滩泥潭上，用木材、树枝、甚至是门板、屋梁铺设出了十余条临时栈桥。数以万计的人正在排队等待上船，大多数是农民打扮的普通老百姓。
官军收复京衢之地后，对当地百姓强行增收粮饷赋税，动辄以“通匪”为名抢劫杀人。那些在中华军占领期间曾经为中华公司做过事的文士，更是遭到了那些官吏的报复。一些被中华军杀掠一空的地主乡绅的亲友，也站出来检举这些为中华军做过事的士子。而各级官府返回其管辖地后，先第一件事就是开征“海饷”。战争期间躲在乡下的胥吏衙役又回来了，他们变本加厉、层层加码地增收各种税，想要弥补一下中华军占领期间的损失。
万历四十六年年初的几个月里，京衢地区一片混乱，相比中华军占领期间的情况，百姓们绝望地现：他们心目中正统的朝廷官吏和官军，比那些所谓海寇还要狠毒。于是，乘着中华军还在天津卫，大批的百姓逃离家园，前来投奔中华军。
好在陈衷纪比较注意保障部队撤退时的安全，派出了骑兵部队日夜不停在天津卫和大沽口沿线巡逻，侦查兵远远地前出到了武清、保定等地。官军不敢与他们交手，远远地躲着他们，因此官军在前线并未形成一条封锁线，大批民众因此成功逃离大明官府控制区，投奔到了中华军控制区。现在，中华军只控制了天津卫到大沽口这沿运河而下的狭长地带，便于挥中华军水上优势，利用河道快撤军。不过，他们的部队拉得有百多里长，两边没有纵深可言，陈衷纪这样做是有点冒险的。他赌得就是官军不敢主动起进攻，事实也确实如此。
大批逃难者的到来给中华军出了难题。以尹峰的性格，他是不会放弃任何投奔者的。陈衷纪接到了海魂号飞剪船带来的尹峰书面命令，要求很明确。
陈衷纪不得不命令第一舰队琉球分舰队派出炮船和辅助船来渤海边运人。他还把中华公司由日本返航的十余艘商船征用了。商船的货物被卸下船，堆放在那霸港的仓库内，然后紧急驶往渤海湾，运载那些难民。北线中华军的撤退度因此大大放慢，一直到四月份依旧还在不断运送难民离开京衢。
徐光启是三月份来到大沽口海滩边的。
他在官复原职后，一口气上了三个折子：乞请朝廷大赦天下折、请朝廷练新军折、诉请停止海饷折。
他请求万历皇帝和内阁大赦天下，赦免那些从贼的文士、贫民百姓的罪，既往不咎，乙安定天下民心。同时他还请求朝廷准许他练新军，用西洋教士引进新式火器，重振明军的声威；而在与中华公司和谈期间，海饷不可再征收，特别是新收复的地区，需要稳定民心，休养生息，决不可滥征各种饷银。
这三个折子使得朝野震动，众说纷纭。内阁辅方从哲左右为难：在新收复的地区停征饷银、海饷，这会使严重缺钱的大明朝廷更加难以度日。而官军的无组织无纪律的暴行，以及各种苛捐杂税，已经把那么多百姓、士子推到了中华军这一边，简直是在为渊驱鱼、便宜了中华军海寇集团。这也是有目共睹的事了：京衢地方的皇庄、官庄、勋贵家的庄园，其中的佃户、奴仆几乎都已经逃亡一空了。
大赦令倒是很快下达了，一些被抓的文士、小地主被释放了。蓟辽总督文球组织了一批粮饷运到了通州，缓减了那些官军的抢掠行为。
但是，徐光启关于停止征收海饷的意见，在朝堂之上几乎无人表示赞同。理由很简单，没有海饷，大明朝廷在财政上就彻底“破产”了。
徐光启关于利用西式火器操练新军的建议，则被大多数人视为惊世撼俗的言论，也是没几个人赞同。但是军事上的失利使得大部分官员觉得：用西洋火器练新军，可能是个挽救危机的办法，不妨一试。但是，练兵买火器，那是和钱有关的肥缺，大家都眼红了，这徐光启是坐了火箭升入内阁的，不能再让他在这项肥缺上占得头筹了。
于是，徐光启被挂上大学士头衔，升礼部尚书一职，担任谈判使者，南下南京，与中华公司头目尹峰谈判招抚之事。
朝廷官府这个时候还死要面子:明明是被人家用枪顶着脑门子逼着和谈，却还是要弄出个招抚的名义来。徐光启本来是要从运河南下的，但是此时山东境内徐鸿儒的白莲教叛乱武装掐断了漕运航线，山东官军和白莲教徒们正打得不可开交。于是，急于达成和局的徐光启带着人向天津卫方向进。
他这个举动把招抚副使、兵科给事中赵兴邦吓得不轻，他跳下自己马车，冲到徐光启的马车前面哭喊道：“徐大学士，不可啊！不能由海路走！那海上可是海寇的地盘啊！”
徐光启喝令停车，缓缓地下车对赵兴邦拱手道：“赵大人何出此言？台湾海寇既然已经撤军回岛，也就是真的想达成招抚之举，不会对我等朝廷使者做什么的。你放心吧，我在他们的枪炮之下，不也是平安度过了好几个月吗？”