第三天，李玄带了一面军旗，来到营地。
这是一面黑色的旗帜，上面画着白色的北斗七星。李玄集合队伍，正式将这面旗帜授予崔宁，同时将这支三百人部队正式命名为“指南军”。
“指南军，将会成为大唐军队中最强的强军！你们每个人，都是强中之强！记住，你们不是一个人去战斗，而是以一个整体去战斗！只有每个人强了，整个军队才会强。而三百人合在一起的力量，将会无敌于天下！”
简短地训话结束之后，李玄便正式委任徐土根，作为指南军的教官。并交给他一份详尽的《指南军军规》。
随后，在很长一段时间里，他再也没有在军中露面。而是由土根每天晚上接受他的任务，第二天去执行。
李玄将这支军队定位成一支擅长山地丛林作战的特种部队。他拟定了一个详细的训练计划。
土根是一个简单的人，他可以忠实地将李玄的命令变为执行。
指南军有了自己的营地，训练场，军营的伙食好得不能再好，但训练的强度和方法却让人痛不欲生。所有的人，包括崔宁，都把李玄看成了一个恶魔，一个折磨他们的魔鬼。而这个恶魔，却躲在背后。土根只是他的替身。
无休无止的体能训练，三天一次的攀岩，爬山。十天一次的野外生存训练。搏击，近身格斗，偷袭，潜伏，刺杀，下毒……这些，跟大唐军队平日的操练完全风马牛不相及。但在李玄定下的奖惩制度下，没有人敢违背军规。
渐渐地有十来个军士被淘汰，李玄让土根将他们集中起来，只让他们每天干一件事，往远远的一个大箩筐里投掷石块。
李玄自己则一头扑在了武器的开发上。
由黄庸负责的“军研所”，设在一个小山凹里，为了保密，李玄还调了十来个士兵轮流在外值守。
李玄将后世记忆所及的一些特种武器，一个一个地开发出来。
首先他设计了一系列的攀登工具。比如狼牙状的手扣，可以套在脚上的钉齿鞋套，系在腰间的带着钩子的皮带等等。
还有三棱军刺，手弩，甚至忍者使用的飞菱，飞镖。
没有教官，李玄便让土根从军中选拔。一些擅长格斗和使用暗器的军卒很快被升了官，变成伍长，什长，充当教官的角色。一张标明了人体各个脆弱部位的示意图，也交到了这些肉搏教官手里，每个士兵都习惯于一招制敌于死地的方法。
这支队伍不再操练各种战阵，而是分成三个人一组，专门训练如何潜伏，接近目标，突然实施有组织的刺杀。每个人分工明确，在李玄制定的奖惩制度中，战功不再是以个人夺得首级为标准，而是以整个任务的完成为标准。
指南军很快地脱胎换骨，成为一支十分诡异的军队。
李玄自己则把重点放在了开发火药武器方面。凤磊已经从龙门老君山运来一船纯净的硝石。采购的“舶上硫黄”也又悄悄运到。。
黄庸在李玄的指导下，将硝石硫黄运用水飞的办法提纯，而拌上研细的炭粉，加水经过仔细的搅拌，弄成了颗粒状，再用孔目筛反复筛取，得到了性能极好的颗粒火药。
李玄对这种黑火药的威力相当的满意，有了这个基础，他才能放心地发展火器。