在佛入灭一百年后开始的几百年间，佛教分裂成二十部小乘教派。其中属于大众部分出之部派有：一说部、说出世部、鸡胤部、多闻部、说假部、制多山部、西山住部、北山住部。属于上座部分出之部派有：说一切有部（音译为“萨婆多部”）、雪山部、犊子部、法上部、贤胄部、正量部、密林山部、化地部、法藏部、饮光部、经量部、说转部等。至玄奘赴印时，二十部派中有些转向大乘，有些已消失。剩下的仅上座部、大众部、说一切有部和正量部四部派。
正量部是犊子部下四部之中最胜的一派。正量部的教义，是将如来一代教法分为过去、现在、未来、无为、不可说等五藏。此部以本体论的中心，即是“非即非离蕴我”的不可说藏，破斥凡夫的“即蕴我”及外道的“离蕴我”，而以非即非离蕴我作为诸法的本体。因此，这一不可说藏，又相似于大乘阿赖耶识的思想，但此部仍执有一个诸法本体的“我”，是有我论者。
正量部般若毱多论师在《破大乘论》中，针对大乘中观内部，佛护论师的“必过性空派”和清辩论师的“自意立宗派”之间，关于论破异执的性空学上的矛盾；唯识学系陈那菩萨关于唯识中“识带相”之说以及中观学派与唯识学派之间的争论等提出破义，指出大乘教法中诸多自相矛盾之处，直斥大乘佛法非佛所说。
玄奘详细披阅了《破大乘论》，发现了几处自己也解释不通的疑点，于是问摩离多罗有没有听过《破大乘论》。摩离多罗道：“写《破佛论》四十义时曾精研五遍。”玄奘即以疑点向他请教，但摩离多罗却说：“大师！小人现在是您的奴仆，已没有资格在主人面前谈经论道了。”
玄奘道：“但说无妨，在学问面前那有尊卑之分？更何况玄奘是为学法而来的。”
摩离多罗道：“若然如此，小人只好听从主人吩咐，但主从奴问道会有损主人声誉，小人就晚上来为您解释吧。”于是，当天晚上，摩离多罗为玄奘述说了一遍《破大乘论》。
至此，玄奘已了解了《破大乘论》的要旨，全面掌握了其中的错缪之处。玄奘为了报答摩离多罗，就对他说道：“仁者因辩论失败而屈身为奴，这已经十分委屈你了，现在你自由了，喜欢去哪里就到哪里去吧。”摩离多罗于是欢喜地拜辞玄奘，回东印度的迦摩缕波国而去。
玄奘大师以小乘《俱舍论》、《成实论》；马呜菩萨的《大乘起信论》；龙树菩萨的《中观论》；无著、世亲菩萨的《摄大乘论》、《显扬圣教论》、《大乘庄严论》、《唯识三十颂》，和自己刚著成的《会宗论》等经论为依据，对《破大乘论》七百颂的原文，逐一分析，加以批驳。把“识带相”的“带”字解释为变带和挟带二义，将大乘中观与唯识思想融会贯通，以无垢之智写成了《会宗论》一千六百颂。
《论》成之后，呈给戒贤法王，法王赞叹道：“斯论穷天下之勍寇也，何敌当之！”《会宗论》经那烂陀寺诸大德确认后宣示大众，大家看了都额手称庆。那烂陀寺空前团结，原来各执一词的小乘各部派之争、大乘空、有之争，大、小乘之争，都被圆融大小乘佛法的《会宗论》一千六百颂一一化解。
玄奘大师的《会宗论》，解开了大乘教派面对《破大乘论》十二年来无辞以对的尴尬局面，证明了所谓的大、小乘佛教本为一乘，其声闻、缘觉、中观、瑜伽等，都统一在一乘佛法之中。
《会宗论》得到大众的肯定之后，玄奘的心情比以前轻松多了。一心要学的《瑜伽师地论》已经学成；整顿印度佛教的心愿已做出了一些成绩；而最重要的是，在那烂陀寺藏经阁所求取的经典都抄写整理完毕，再加上游历五印所搜集到的经典、圣物等，真可谓满栽而归了。
玄奘归志已决，向戒贤法王请求东归，得到法王的赞许。于是庄严经像，准备辞别戒贤法王和万众僧友，启程东归。
在玄奘正准备返回大唐的时候，那烂陀寺的僧众都前来挽留大师继续留在印度，但都被玄奘一一婉拒。玄奘平静地对他们说：“维摩诘菩萨曾说：‘太阳为什么要去瞻部洲？’然后就有人回答道‘是为了消除冥暗。’我想要回到东土大唐也是如此啊！”
众僧虽然一再挽留，但是玄奘大师始终执意回国，于是众僧只好求见戒贤法王，报告玄奘大师要回国一事，希望通过法王留住玄奘。
百多岁的戒贤法王也泛起泪光，他对大家说：“老衲也舍不得玄奘离去，但玄奘大师不远万里前来佛国，完全是为了东土众生而来求取三藏真经的。大师归国之后，还要从事译经传法的工作，让东土有缘众生同得见闻佛法，藉以回报佛恩。因此，我们都应该随喜欢送才是啊。”说完就吩咐寺众，将抄写好的经典和佛像圣物等整理打包，准备送玄奘回国。
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