当9S消灭了舞姬后，又触发了新的记忆：
舞姬变漂亮后，再去找那个帅机器人，乞求对方的喜欢。
“她”为了变美，付出了无数艰辛，只要有一丝可能，都会去尝试。
“但他还是不喜欢我……”
“不管我做什么，他都不喜欢我……”
最后，“她”意识到，自己付出的一切，都是白费的，毫无意义。
在尖啸声中，舞姬爆炸成一团火焰。
这时候，上官言明白了二周目使用9S的意义：
他可以黑入机械生命体的系统，自然也能感受到对方的记忆和思想。
这些东西慢慢影响了他，让他意识到，自己的敌人并不只是冷冰冰的机械。
接下来，二人跟随代表和平的机器人一起，前往村庄里面。
此时又多了一段画面：
亚当和夏娃正坐着晒太阳，夏娃很奇怪为什么要穿裤子和吃苹果。
亚当解释说这是人类的行为，他们要尽量活得像人类一样。
夏娃很听哥哥的话，认真地执行了对方的话。
另一边，2B和9S从村庄回去，解决了巨型机械兵器后，遇到它自爆炸出一个大坑。
他俩追踪外星人的踪迹，进入指挥大厅后，遇到亚当和夏娃，获悉外星人已经灭绝的真相。
二人再次和对方打了一架。
出来之后，外面多了很多站在高处发呆的机械兵。
它们似乎是在思索自己存在的意义。
有的过于纠结，甚至还跳下去自杀。
后面的剧情便是前往“森之国”搜寻情报。
这时候多了三段画面，介绍“森之国”的历史：
256年前，一台巨型机器人打算自立为王，建立一个王国，让治下的所有人民都成为他的家人。
128年前，国王死去了，护卫们将国王的内存放置在一台小孩机器人内，以为这样可以将国王的信念传承下去。
最后一段是4小时前，护卫们为国王没有成长而烦恼，但它们觉得小孩非常可爱，仍然决定用生命守护它。
当然，它们没能守住。
和之前一样，A2出现，杀死了小孩机器人，并与9S和2B发生冲突。
A2走后，二人前往水淹之城，执行护卫航母的任务。
此时又多了一段关于亚当和夏娃的画面，内容是他俩如何尽量变得更像人类。
在水淹之城，9S和2B遭遇了古代巨兽并消灭了它。
此时又多出了一段画面：
2B的POT042要求9S的POT153传输战斗情报（之前是战斗数据）。
受巨兽爆炸的影响，9S被冲击波掀飞，落入亚当手中。
在昏迷的这段时间内，他进入了机械生命体的网路，获悉对方一直在模仿人类的事情。
途中，他和亚当产生了争论，对于机械生命体与人工智能机器人的区别感到疑惑。
亚当也将自己的信息（病毒）传输到9S体内。
这时候，触发了一段剧情动画，里面出现了一段晦涩的独白：
“机械生命体都很珍视自己的宝物，有的视“宝物”为家人，有的认为是兄弟，有的则认为是美丽……
不过，也有的机械人认为是——【憎恨】。”
接着，9S苏醒，看见2B击杀了亚当。
他被2B抱起，送回总部进行修复。