开始二周目后，最初的画面是一对机器人兄弟。
圆圆的脸，大大的眼睛，看着有些可爱。
只不过，哥哥倒在地上，眼睛失去了亮光，俨然已经死亡。
弟弟仍然积极地抢救，跌跌撞撞地提着水桶，去接满机油后回来，倒在哥哥身上。
只不过，终究是白费力气。
这时候，视角拉远，熟悉的声音传来：
“你就算再怎么努力，机械兵也不可能做一家人的。”
9S正坐在高处，查看某些数据。
原来，第二周目操纵的不再是2B，而是9S。
他周围的环境，正是那个巨大的工厂。
最开始的任务，是协助寄叶部队解除地面的防空系统。
9S换上机甲，一路杀进防卫系统内部，黑掉了四个终端机。
以9S的视角去游戏，可以发动对地方的“黑客攻击”。
此时，界面会变成击倒方块或圆球的小游戏。
完成小游戏后，被黑的机械生命体会受到很高的伤害。
搞定了防卫系统后，9S再次杀出通道，去支援进攻部队。
当他发出导弹解决掉那只巨大的机械臂时，熟悉的画面出现了：
在2B的注视中，驾驶机甲的9S从空中缓缓降落。
二人相互打了个招呼，恍如初见。
这个画面，和一周目开场时一模一样。
顿时，上官言明白了——原来二周目是以9S的视角，去重新体会一遍剧情。
随着那些熟悉的台词一句句出现，上官言又重温了一遍2B和9S初次相识的场景。
原来，之前2B在工厂里面搜寻时，9S陷在金属通道中，所以那么晚才赶到。
同样的，9S舍身救2B，被巨型机器人击中，落在它背上。
只不过，在他昏迷后，多了一段修复自身系统的过程。
接着，2B开走他的机甲，和头目正面战斗。
他则操纵BOT，解决朝自己冲来的机械兵。
二人合作干掉巨型机器人后，周围又冒出三个同样的大家伙，包围了他们。
于是，他俩取出各自的黑匣子，碰在一起，引发了巨大的爆炸……
接下来的画面是在基地中，9S前往2B的房间，协助对方恢复了各项功能。
二人相互介绍了一下，前往指挥中心领了任务后，便一起驾驶机甲飞向废墟都市。
后面的剧情也都大致一样：前往反抗军的营地，领取任务后，去沙漠中调查，遇到一个逃跑的机械兵。
只不过，中途多了一段动画，介绍机械生命体遇到火山爆发后，突然找到了活下去的意义。
然后是进入沙漠中的城市，遇到大群模仿人类的机械兵，它们组合成巢，孕育出一个银发的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛后，它再次复苏，引起建筑物崩塌，迫使2B和9S逃离。
接下来的目的地是游乐场，中途又多了两段画面。
第一段中，2B的POT042要求9S的POT153开启权限，传输战斗数据；
第二段则是延续了火山爆发的动画，讲述机械生命体们找到了宝物-感情，并且每个人都产生了不同的感情。
然后是在游乐园中探险和，与前面的剧情一致。
在和头目-舞姬战斗时，又出现了一段新内容：
当舞姬还是“矮丑”的机器人时，试图赢得一个高大帅气机器人青睐，结果遭到了拒绝。
它发誓自己会装上很多饰品，让自己变得更漂亮。