在武器弹药方面，借着崇明和嵊泗列岛扼我国18000公里的海岸线的中心，处长江、钱塘江的交会要害，黄复华以十五文一斤，购得从日本运来的硫磺上万斤；以每百斤1.5两的价格大量收购佛山等地来的生铁和铁器。
卫队和水军全部实现火器化，手榴弹，子弹，炮弹等不再有短缺之虞。
前述的1600公斤大铁炮成为一六三一式岸防重炮，最远射程达到了七八里。不过，此炮并没有大规模铸造，1631年全年仅造四门，全部部署在嵊泗列岛。
黄复华为了增加通用性，减少弹药补给的难度，决定暂时只大规模制造一种口径的火炮。
一六三一式步兵火炮，弹径约为78毫米，与89毫米外径的钢炮保持一致的弹径，炮管重量达到260公斤，最远射程约有1000米，弹重达到1.2公斤，装药量0.5公斤，为开花弹。黄复华特别重视炮车的建造和改进，配上的炮车重250公斤，不仅牢固可靠，可以较为方便地调节仰角和左右方向，还使用了橡胶做成的实心轮胎，灵活机动。
一六三一式海军火炮，弹径还是78毫米，与步兵炮一致。但炮管长度和厚度，以及炮弹重量，装药量都相对减少，最大射程仅有500米左右。因为海上要打击的是移动目标，而在这个时代要击中太远的移动靶，只能是靠大神保佑。
在船只方面，1631年全年新增各类小型船只和辅助船只二十余艘。如“联环舟”，“其舟约四丈许，外视之若一舟，分则为二舟，前半截三之一，后半截三之二，中联以环，前截载火炮、神烟、神砂、毒火等器，首装大倒须钉数枚，锐向其利，后截二夯施数桨，载兵士”。这种“联环舟”在作战时，“以首钉撞于敌舟之上，前环自解，后载则回”。
另外，新造或改装排水量100~150吨左右的战船三艘，这些船的身长在20米到30米之间，宽6米到7米之间，深2米到2.5米之间。不过，这些战船并不是很耐用，估计使用寿命也就六到七年，黄复华准备用满五年就更换。还购得了宁波府五百料战船一艘，船身长12.25丈，面阔3丈，深1.15丈。
1631年3月10日，黄复华以自己的两条四百料武装沙船和雇得的一条六百料大沙船，共载米近两百吨，组成了海运船队。黄复华请来1597年（明万历二十五年）参加过运载沙兵，东援朝鲜行动，经验丰富，年近五十的船老大陈瀛为押运指引，开始了恢复元代海运的征程。
说到元代海运，必须提到一个人。朱清，生于1236年，卒于1306年，字澄叔，崇明县姚沙人。原来是一个姓杨的大户的家奴，后来杀了主人而只能避迹海上，沦为海盗。再后来受到宋朝朝廷的招安，南宋灭亡后，朱清就降了元朝。至元十二年（1275年），朱清任运管军千户。至元十三年，1276年，奉元朝丞相的命令，朱清将南宋库藏图籍运至大都。至元十九年，朝廷寻求南粮北调的运输路线时，朱清和张瑄建议海运。两人移居太仓，与上海总管罗壁造出平底海船60艘，自刘家港运粮4万石至大都，开创了元代海运。以后，运粮数逐年增加，最高达三百多万石。
根据《元朝的海运》一文记载，海运航线前后有三次变更：
第一次航路，从至元十九年首次粮运，到至元二十八年新航路的开辟，共沿用十年。航线大体是：从刘家港（今江苏太仓浏河镇）至海门黄连沙头（在今江苏启东东部海中）、万里长滩（在今江苏启东东部，西南向呈长条形，后来部分形成陆地），经盐城（今属江苏，当时濒海），历海宁府（治今江苏连云港西南）界，可至莺游山（今连云港东北东西连岛），下入山东境，由密州（治今诸城）入胶州（治今胶县）界放灵山洋（今青岛南、胶南以东海面），北至浮山（青岛附近）、劳山（青岛东北崂山）、福山（崂山县东），沿海岸达延真岛（今山东荣成沿津岛），东北转过成山（在今荣成成山角），最后进入天津界河口。该航线沿海岸航行，迂回曲折，委实水路艰难，深为繁重”，航期长达两个多月。
第二次航路，至元二十九年由朱清聘请长兴（属今浙江）李福四“押运指引”，路线是：从刘家港开洋，转过撑脚沙（在今江苏常熟璜泾北江中），至三沙洋子江（在今江苏崇明西北，后来大部分形成陆地），东北至扁担沙大洪（今启东东南，今已成陆地）、万里长滩，再往东北一千里至清水洋、黑水洋，过黑水洋可见延真岛。西北至成山与刘岛（今山东威海东刘公岛）、芝罘岛（在今山东烟台北）诸岛，进入天津界河。该航道从万里长滩到成山一段取远海航行，线路较为径直。一路顺风，半月可达目的地；风水不便，则需要一个月或四十天以上。
第三次航路，至元三十年开辟，从刘家港出发，过黄连沙转西，东北取道成山，“亦为不便”，故“继为千户殷明略踏开生路”。这条新航道是：从刘家港出发至崇明三沙，东行入黑水大洋至成山，以下大致与至元二十九年新航路同。航船至崇明三沙后，避开万里长滩直入黑水洋，取远海航行，顺风十日即可驶达。此后海运均取这条航道。