4月初，苏北南通、如皋、海门、启东、泰县等六个县的游击队汇聚海门近郊，向县城之日军发动围攻。游击队冲进城去，打死日军特务主任答尼和警备队长长久留等四十余人，一度占领县城，威胁南京至上海的长江水运交通。39年冬季，苏北敌后的游击军，直接投入冬季大反攻战斗的有四万五千余兵力，主要攻击了运河下游地区之敌。游击军曾攻克江都、高邮等县城。
1939年2月，新四军两个营的兵力，在扬中渡江，进入苏北。他们在扬州、泰州和扬中沿江一带开展游击活动，部队发展很快。翌年6月下旬，李明扬、李长江调集了十三个团的兵力，向新四军苏北部队发动“摩擦”战，结果，二李的部队被歼灭三个团。
新四军为了冲破苏北顽固派韩德勤的种种限制，打开抗日局面，于7月下旬，以主力七千余人，采取远途奔袭战术，直插黄桥重地，歼灭韩德勤的江苏省政府所辖保安第4旅两个团和陈太运税警部队一个营。一举占领了黄桥、蒋垛、古溪等地。
韩德勤为独霸苏北，把新四军诬蔑成“匪”，召集李明扬、陈太运等人开会、谈话，统一思想，意欲统一行动，将黄桥地区的新四军消灭或赶走。
第89军主力和省府所辖保安旅，共一万五千余人，分三路进攻黄桥。于是，引发了一场大规模的黄桥“摩擦”战。
正当韩德勤和新四军苏北部队这两支抗日的武装在黄桥打得难解难分，枪炮声震撼了苏北水乡之时，第第师，从鲁西南与苏北交界地方，乘机南下，进入了苏北淮阴的苏家咀一带，声称如果你们还要动手，还要“摩擦”，本军就要继续南下，以“武装调停摩擦”了。这时，李明扬、陈太运两支人马则陈兵黄桥北面的泰州、姜堰一带，静观黄桥方向热热闹闹的“摩擦”战，过了一阵，还打电话去前线，假把意思地查询战场胜负情况。
驻守泰兴的日军，听到黄桥方向隆隆的“摩擦”炮声，一下沸腾起来，他们也扛了枪炮，操起家伙，倾巢出动，急匆匆赶到黄桥西边是五公里路的地方，便停止了前进，坐下来聚精会神地参观中国的这两支抗日队伍精彩的“摩擦”战。鬼子们被不时传来的震动山河的喊杀声和炒爆米花似地枪炮声，激动得按捺不住心头的兴奋，举起枪杆一跳八丈高，热烈欢呼，拍手称快：国共两军摩擦战大大的好！要是他们的力量都“摩擦”得干干净净，就免得大日本皇军进行艰苦的支那征服战了！
直到那边“摩擦”完了，枪炮声完全停息了，鬼子们才意犹未尽地唱着皇军战歌，兴高采烈地回转泰兴营房。
韩德勤部在黄桥一战中，损失一万多人，吃了大亏，他很是咽不下这口恶气，向蒋介石去电报说：新四军“非法越轨”，“此不特使袍泽寒心，且直为敌寇张目也。”想要倾注全力，把吃的亏捞回来。蒋介石觉得韩德勤的力量能在苏北自保就算不错，在黄桥吃的亏就算了，就不信在黄桥吃的亏，在其他地方补不回来。因此，当即去电，叫韩某“镇静固守，切勿挑战”
三、水沼地带扎营盘
1941年2月。
日军为了彻底剿灭韩德勤的游击军，出动了五六千的鬼子和大批伪军，从泰州、扬州地区北上，采用水陆并进，航空兵轰炸掩护的手段，对当时韩德勤的省府和战区副总司令部所在地兴化县发动扫荡战。在日伪军层层包围中，韩德勤率部向北突围转进，到达盐城西乡的安丰镇。
日军占领兴化县城后，未能捕捉到韩部主力，便在河湖沼地里打死清剿搜查了一阵，向根据地老百姓炫耀了一番武力，留下了一些伪军驻扎兴化城，便“乘胜”而去，返回扬州、泰州老巢去了。
韩德勤率领机关和部队从盐城地区西进，穿过茫茫水沼地，到达里运河的淮安、宝应以东，沼泽地以西的地带，建立根据地。
他的省府和副总司令部设在淮安县东乡的蒋桥镇；第第第第第第第第第师的部队，分别驻在阜宁县的益林、泾口两地。
这一地区条件十分艰苦。西边，运河沿线都驻有日伪军，为敌人之封锁线；东面，是苏北水沼地，水沼遍野，芦苇连绵。
韩德勤部进入此地，当时，他所能控制的地方仅盐城、阜宁、淮安、宝应四个县的部分地区，南北长约七十华里，东西宽约八十华里。韩部此时仍有三万多兵力。加上省府机关人员，被日伪军压迫于这块荒僻狭窄的地方，四面受到严密封锁，不仅武器弹药无法补充，就连粮秣供给也难以解决，处于十分困难境地。
因为这里处于华北日军和华中日军防线的交界处，亦是敌人防守的结合部，因此，这里遭受的扫荡就没那么凶险。韩德勤部在此地，从41年春坚持到43年春。
四、策反伪军
韩德勤要在那块狭窄的沼地里坚持下去，就必须掌握南北两个方向日军的动向，以采取有效的对策，否则，就有被歼灭的危险。
驻扎在宝应城的伪军第1集团军总司令潘干丞，原为韩的旧部，当了伪军后，继续跟韩某暗中勾搭，其部第28师多为韩部的投降分子，表面上服从汪伪政府，暗地里与韩打得火热。韩德勤通过潘干丞这条线，随时掌握那南面日军的动向。
对于北面的敌情，他得益于淮安县城西湖心寺主持愣定和尚帮忙，策反了伪方人员——淮安县伪知事沙贵章。
愣定和尚是个很有活动手腕的出家人。驻在淮安县城的日军宪兵队长百川信佛教，常去湖心寺拜佛，愣定和尚便与此人拉上了关系，于是，淮安城里的日伪人员都敬他三分。
韩德勤也信佛教，且十分喜欢收藏字画。愣定擅长绘画，便将自己的几幅字画，亲自送上门来，于是，他与韩主席很熟了。
韩通过愣定与日伪方面的关系，很快将淮安县的伪知事沙贵章暗中串了过来，用一张“委任沙贵章为抗日游击第17纵队司令”的委任状，把沙某争取过来。于是，沙某就天天坐在淮安城里的办公室与日伪军周旋，暗地里却给韩德勤递送日伪的情报。
日军出动三个师团的兵力，对韩德勤的部队发动春季大扫荡。在西北面，日军太田部队主力，从淮阴向淮安东乡地区进攻；在南面，日军从扬州出发，分两路北进，一路从高邮向宝应北乡出击，另一路从兴华向盐城地区攻击。
日军穷追不舍，大肆清剿扫荡。韩部难以立脚，于3月间渡过运河，向西转移，达到苏皖边界。由于情况复杂，仍难以立脚，他决定离开苏北。走前，对苏北敌后抗战作出安排：正规部队统由第89军军长顾锡九将军指挥；省府保安部队均归江苏省保安处处长贾韫山统领；江苏省政府主席一职由秘书长马振邦代理。
韩德勤的部队仍旧留在苏北和苏皖边区，打了约一年的游击，其后，第89军军部转归鲁苏豫皖四省边区总部指挥，顾锡九继续担任军长，所辖部队为第第第117师，从苏北根据地撤退后，转移到了江南，归第三战区部队序列。