和七年前相比，此时宫崎骏不仅又老了七岁，在事业上更是攀上了一个新的巅峰。1999年《邻居家的山田君》表现不尽人意，人们一边呼吁惟有宫崎骏才能拯救吉卜力，一边也多少怀疑是否他真能继续神奇。但2001年的《千与千寻的神隐》再度证明惟有宫崎骏能超越宫崎骏自己。这部作品在上映后以304亿日元重新夺回了之前由《泰坦尼克号》刷新的日本票房纪录，在电视台播出时关东关西地区收视率都接近50%，获得了柏林国际电影节金熊奖和奥斯卡最佳动画长片奖，成为宫崎骏在世界范围内受到认可的最高荣誉之作，把自己的名字永远地留在了日本，乃至世界动画的影史之上，如果说《幽灵公主》的成就足以让宫崎骏觉得圆满，那么《千与千寻的神隐》无疑更有资格这么说。
2004年《哈尔的移动城堡》再度以196亿日元的票房超越自己的《幽灵公主》。列在当时的日本影史前五位，宫崎骏也证明自己不光可以表达日式风格作品，改编西方文学同样能够实现突破。随后他开始以实际行动确实地表达出退隐的意愿，减少参与吉卜力内部的各项工作，同时鼓励提拔新人。
但这期间因为一连串的决策影响，本应走上自己巅峰时刻的吉卜力却迎来了又一次的转折点，起因就在于宫崎骏的长子，宫崎吾朗接手《地海战记》动画的改编。最早在2003年，随着《千与千寻的神隐》在世界范围内取得成功，原作者娥苏拉·勒瑰恩和吉卜力就改编一事达成一致，但随后当时吉卜力的动画制作人铃木敏夫有些意外地起用当时并无任何动画及电影相关制作经验的宫崎吾朗接手作品，在公布之后立刻引来各方面的质疑，包括宫崎骏本人都不看好其前景多次要求撤换，但最终宫崎吾朗首次执导的这部《地海战记》还是在2006年如期上映。
《地海战记》背负着吉卜力和宫崎骏的双重招牌，最终结果却只能说是勉强及格的程度，76亿日元的票房在吉卜力历代作品里排名倒数，媒体对其评价更几乎是一边倒的抨击，原作者娥苏拉对此也表示了自己的不满，认为吉卜力方面辜负了自己的期待。而业内人士则认为这一结果不单是宫崎吾朗的责任，勉强将其推到前台的吉卜力更应该负责，尽管宫崎骏自己并没有促成，甚至相反还反对这一举动，大家还是难免产生联想。这导致原本已经打算淡出第一线的宫崎骏不得不再度执导下一部作品，在2008年推出了《悬崖上的金鱼公主》，很大程度上就是为了要证明吉卜力的招牌仍然屹立不倒，而在这之后，宫崎骏在内部再次向铃木敏夫表露了隐退的想法。
吉卜力的不归之路
2013年9月2日，在时隔五年后的新作《起风了》于第70届威尼斯电影节的发布会上，吉卜力工作室主席兼发言人星野康二宣布了宫崎骏第三次的退隐声明。
这一消息随后立刻成为各大网站的头条新闻，9月6日的正式退隐公开发布会上，宫崎骏本人也承认这次确实该到了说再见的时候，只是和那个“狼来了”的故事一样，大家私下里听到这消息的第一想法多半是“反正这次又是说说而已”——而就和大家估计的一样，很快这第三次的退隐新闻就加上了一些附加条件，比如宫崎骏很快就补充说并不是彻底归隐，还会制作一些自己想要的短篇作品；比如今年初吉卜力方面就暗示，将来不排除宫崎骏义务协助某些工作的可能；连多年老友高畑勋都不太给面子的马上拆穿：“他每次都说是认真的，但又很容易反悔，什么时候复出我都一点不奇怪。”
对于宫崎骏一再的“出尔反尔”，不同人亦有不同看法，有人认为是创作欲望，有人认为是追逐名利，甚至有人恶意揣测这等于是炒作造势。实情如何先不去说，一个明显的事实则是，现在的吉卜力依然无法离开宫崎骏，在1998年，宫崎骏第一次退隐又复归，吉卜力失去自己最有希望的接班人近藤喜文的那一年，进入**崎骏时代的吉卜力就已经走上了一条不归之路。
吉卜力成立的初衷，就如铃木敏夫所承认过的那样，就是为了让他们这些追逐梦想的人能够自由创作动画作品而诞生的。但当吉卜力名利双收，走上正规并成为一个品牌后，它就不再是一个纯粹的名字而背负着一批人的未来。在2005年成为需要承担运营风险的股份公司后，更是必需依靠每一部作品的票房收入让这个组织正常运作，每一次的盈利在支付这数年的成本后还要开启下一步作品制作的预算，稍有失败就可能陷入资金危机，而吉卜力相对传统的工房式经营，采取旗下雇佣全职员工从不外包的做法更加重了负担，也是一直以来宫崎骏无法彻底离开，屡屡出来救火的原因。
宫崎骏一手缔造的吉卜力留下了太多他自己的痕迹，客观上铸就了这个金字招牌的同时也限制了其他的可能，望月智充、细田守这些人不是没有才能，但最终都无法在吉卜力留下自己的色彩，让**崎骏的时代陷入了一个无解循环，因为新人难当重任而必须依赖宫崎骏，因为依赖宫崎骏而难以让新人挑起重任，转眼间十多年过去，已经73岁高龄的宫崎骏依然是吉卜力的实质力量，而不是精神领袖，即便他一再推迟自己的退隐计划，也终将还是有落幕的一日。今年开始，吉卜力就已经一再传出将会中止动画制作，转入已有作品的版权管理，目前已经中止了动画部门的员工契约，随着最后一部作品《记忆中的玛妮》的上映，未来的吉卜力动画或许真的只将成为一个过去的名词。
如果最终答案真的如大家所料，吉卜力会随着这位老人的淡出而沉寂，那也是不得不接受的一个结果，从《龙猫》到《天空之城》、从《幽灵公主》到《千与千寻的神隐》，从《哈尔的移动城堡》到《悬崖上的金鱼公主》，这位把自己名字写入日本动画史册的性情古怪的大师已经筑就了太多传奇，无论《起风了》是否他的最后演出，我们都应该理解他接下来选择的答案，因为他有资格任性。
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