中华军汉城驻防营是由颜思齐第五师抽调组成的，战斗力很强，但是没有重火器。政变时他们在城外的操场训练，因此政变者成功地夺取王宫后，立刻将汉城全城封闭，全部朝鲜守军上城墙防守。
政变发起的同一时刻，留在城内营房的一哨中华军守军被十倍于己的朝鲜军突袭。由于事发突然，中华军驻军疏于防范，结果是一百多名中华军汉城驻防营士兵被杀被俘，储备在营房中的弹药辎重，包括数百枝新式燧发火枪全被朝鲜军队夺走。
汉城驻防营在汉城城外的部队没有去攻城，而是夺占了朝鲜军汉江北岸炮台，在此地构筑工事打算长期死守待援。一名忠于光海君的朝鲜禁军军官为中华军汉城驻军传递求救信，化装潜行到了平壤府，结果发现这里的中华军也被朝鲜政变部队包围了。
汉城政变的同时，平壤府的朝鲜驻军也突然袭击了中华军和中华公司驻地。
自从中华公司逼迫朝鲜王国签署了通商条约后，平壤是中华军在朝鲜北方的最重要据点。
此时的平壤城池分内城、中城、外城、北城四部分，内城北端有北城，南有转锦门，北有玄武门。这个面积不大的北城在三年前被中华军完全占据，所有本地土著一律不许住在北城范围内。中华军驻军营房和中华公司商馆等都在北城，城墙都被加固加高，安置了大炮和几架“雷击蜂窝枪”-手动机枪。在北城玄武门上，中华军还构筑了城堡式的炮台。所以，中华军在平壤的驻军和公司职员及华商移民，在朝鲜人突然发难之时，基本上都及时躲进了营房和商馆内，还通过大同江水路及时派人发出了求救信。
此时，八旗余部和蒙古科尔沁部正在骚扰辽东北部铁原等地，赵铁、颜思齐以及中华军辽东行军道的主力都在前线，大规模出击东蒙古草原的战役正在策划中。
因此首先对朝鲜政变做出反应的是海军北洋舰队。不过，他们的主力大半都在长江沿线，所以，陈衷纪才会在第一时间接到了辽东及北洋舰队的求援信。
按照尹峰规定的中华军军法制度，各个单独的战区司令—所谓“行军总管”，是不能擅自调动兵力超越自己的战区出击的。只是江南战役有北洋舰队的战舰划归江南行军总管指挥，那么北洋舰队在紧急情况下，要求所属战舰归还建制，应该也是合理的。陈衷纪现在就面临这个问题：由于朝鲜政变，江南战区的作战力量有相当一部分必须北上，江南战区必须停战了。
当晚，曾岳、陈衷纪、罗全修三人商议决定，把问题上交最高决策者。第二天晚间，停泊在镇江的通讯舰离开码头，飞速向长江口驶去。同时，五只信鸽向台湾方向放飞出去。
中华军一旦停战撤兵，大明钦使就去台湾岛谈判—双方的谈判僵持在这一关键点上了。曾岳等人很是郁闷，招抚谈判的主动权终究还是没能完全掌握住。能解决这一谈判僵局的，只有尹峰的决策。
其实，陈衷纪在向台湾发出信件的同时，已经开始布置逐步撤军的计划，同时还让五艘北洋舰队的三桅巡洋舰返回旅顺口，归还给北洋舰队指挥。
除武昌城、芜湖、湖口、安庆四个战略要点以外，中华军已经开始从长江沿岸各城市撤离。不过，对金陵城的包围圈并未撤销，巡弋在长江上的中华军战舰，还时不时地向金陵城开上几炮。
徐光启也做出了点缓和姿态，与盛以弘联名以江南总督名义对长江沿线明军发出命令，要求暂时停止与中华军作战—虽然，明军在整个战争期间的主动出击次数屈指可数。
等待台湾传来反馈消息起码还得二十天，而大明使团四十多号人一直被关在织造府衙门内，确实也不合适。