在尹峰和中华公司全力投入到辽东战役和南洋大战中去的这两年，大明朝廷高层政治斗争异常jī烈，最终结果是形成了一个“众正盈朝，而小人侧目”的局面。
天启元年开始，东林党人渐渐在朝廷占了上风，与他们不和的大臣统统被轰下台。在天启二年年初，围绕着万历朝的妖书案、tǐng击案以及泰昌朝的移宫案，东林党人重翻老账猛烈攻击对手。到这一年年底，叶向高、韩光方辅政，**星掌铃，家居三十年的高攀龙起用为光禄寺少卿，孙承宗以兵部尚书兼东阁大学士，参预机务。其余比如杨涟、左光斗秉宪，李腾芳、陈于庭辅佐，魏大中、袁化中长科道，郑三俊、李邦华、孙居相、王之案辈悉登卿贰，而四司之属邹维涟、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏……朝堂上下、内阁六部及科道诸臣，几乎全部被东林中人把持。
天启皇帝是有名的木工爱好者，司礼监掌印太监王体乾以及魏忠贤每每等天启帝于斧砍刀削、解衣盘礴之际，非平素亲昵近臣不得窥视的时候，向他呈报奏章文书，天启帝毫不在意地一概推给他们自行决定。不过，此时的司礼监秉笔太监兼掌东厂太监魏忠贤羽翼未丰，在外受到东林中人压制，在内还有王体乾争权，因此还在宫中养jīng蓄锐等待时机。
既然是正人君子当朝，朝政当然得焕然刷新。本朝如今内忧外患层出不穷，当务之急之一，就是威胁到了南直隶安危的浙北新军叛乱。从天启二年五月开始，朝廷集结大军在浙北，准备剿灭新军叛乱。
平心而论，此次剿灭浙北叛军，东林的上上下下，无论在朝在野，确实也是下了狠心、动用了血本。兵部、户部从辽东军饷抽调银子给江西、四川各路官军发饷，孙承宗以兵部尚书之尊亲自来南京督阵督饷。原先为“新军”协饷的那些江南富户，也在很多同为江南人士的东林党人带动下，主动为朝廷大军助饷。
有了充足的饷银，各路官军向聚集杭州周围的叛军围了过去。
其实，在围城刚开始，罗晓明炮营中的大部人马就已经脱离叛军大队，抛下那些重火器投往江南中华军控制区。两个月后，久攻杭州城不克的叛军已经发生了内讧：原属新军、明朝官军的叛乱分子和各路裹挟进来的各路叛军、土匪开始争抢粮食补给，在指挥权、战利品分配权上发生争吵，最后发展为内讧火并。
这时全国范围内到处有官兵闹饷叛乱，江西、南直隶、浙西各处叛乱士兵陆陆续续向杭州集结，使得江南灵秀之地，变成了一片生灵涂炭、水深火热的人间地狱。原新军中的骨干军官，凡属中华军地下工作人员系统的，都已经脱离了叛军；还有一些本来属于新军和官军低级军官的叛军头目，因为原本就来自明朝官军系统，也在战局不利的情况下，试探着向明朝官府和中华公司两方联络。
本来这是一个迅速结束浙北混乱局面的机会，但是东林党人政治上的顽固和不知变通使得这个机会转瞬即逝。坐镇南京督战的兵部尚书孙承宗自持已经集结了十万各地官军，一口拒绝了叛军提出的投降条件：专立一军镇守浙东。他写檄文发布浙北各地，声言“天朝绝不与叛逆言和，务必痛剿。”
本来内部分崩离析的叛军至此不得不暂时团结起来一致对外。
在各大叛军头目会商后，原新军炮营副统领江成被推举为首领。此人原为义乌鸟铳兵，浙江原副总兵罗庆的属下。他打过澎湖之战、南京之战，实在是位经验丰富的百战老兵。在他指挥下，各路土匪分掠浙江各地打粮，诸路叛军士兵分几路sāo扰牵制江西、福建、南直隶等官兵，原新军为主的叛军在杭州城北设伏。
杭州城北皋亭山下，天启二年的五月，一个chūn光明媚的rì子里，朝廷官军的进剿主力-南直隶军与川军在行进中遇到了伏击。叛乱军队中唯一的骑兵，原先驻守南直隶的江西九江兵-哦，当时应该称为九江叛军了。他们袭击了官军后，迅速脱离战场，引yòu官军大队追击到了皋亭山南麓。早就埋伏好的原新军炮营在山上开火，连四门西洋红衣大炮也用上了。虽然叛军炮营的骨干基本都投奔了中华军，但是剩下的那些接受过葡萄牙炮手完整训练的炮兵，还是能够把这些大炮cāo作起来的。官军密集的追击纵队被一阵阵炮火打击，立刻陷入一片混乱。叛军这时四下里伏兵突起，将官兵立刻打得彻底崩溃。他们甚至追杀官兵一直到了长兴县城，浙江与南直隶的交界处。
就这样，官兵第一次对浙北叛乱武装的全面进剿失败了，损失极其惨重。
其后，孙承宗果断下令周边各军以守为主，力主全面防御战略，堵截浙北叛军向浙南浙西及省外的发展。他为坚持防御，不惜与朝廷中的东林官员反复争论。虽然他自己也算东林一员，原先却是极少参与朝堂争吵的。