由于有马六甲要塞的屏障，中华军成功击退了来自不同方向的多次进攻。
为了攻陷马六甲，亚齐人倾国而出，在柔佛人、北大年人的帮助下，整整围攻了马六甲城5个月。为此，苏门答腊的马来人叛乱很快被终止，巨港苏丹国因为没有了亚齐的支持，在三月间被华人开拓团和南洋舰队陆战队打败，不得不向中华军投降。
在此期间，马六甲的居民被困在城中，最大的问题是缺少食品供给，四万余平民、6000多武装人员不得不食用野猫和老鼠，甚至不得不在三宝山华人公墓边上挖野菜。
其实作为南洋行军总管所在，作为苏门答腊、马六甲商业区及各地农庄、勿里洞锡矿区的赋税集中地，马六甲原本有着充足的粮食储备。前一年，为了辽东之战的军粮和赈济需要，中华公司庞大的海上运输能力将南洋地区出产的粮食都尽量向北运。结果，在天启二年二月底马六甲被围后，城内的食品缺乏成了大问题。至于弹药倒是没什么问题，这里原本就有葡萄牙人留下的小型兵工厂，后来被中华公司加以扩建，可以制造颗粒火药和火绳枪，修缮燧发火枪。火药原料是早几年从吕宋镇守府兵工厂运来存储着的，在五个月围城战中被用掉了大半。
到七月底为止，马六甲城内由于饥饿、疾病和各种战斗伤死去的人已达4000人。其中战斗伤亡不过近千人而已。
赵宣明守卫澎湖岛、雅加达的经历已经成为中华军统治区的传奇，在马六甲保卫战中，他再次完美组织了一次守城战。中华军及华人武装充分利用自己手中的先进火器，凭借马六甲城堡良好的工事，用最小代价，给那些冷热兵器混用的土人兵士以最大杀伤。
但是随着周边华人据点陆续陷落，赵宣明不得不一次次派兵出去救援各地华人，尽力把他们救回城来。这样，中华军和华人民兵不得不在出城时与大队马来人恶战。在不利于发挥火器威力的田间地头、红树林中，中华军士兵tǐng着刺刀、民兵们挥舞砍刀、长矛和马来人进展肉搏，伤亡不小。华人武装力量在马六甲围城期间的战斗伤亡，大多数都是发生在出城作战时。而救回城中的华人百姓，陆陆续续有五六千人，大多数是一无所有死里逃生，无疑又增加了城内的粮食危机。
五月间，得到求援信息的南洋舰队爪哇分遣队主力还在清剿各地爪哇叛乱者，只派出几艘纵帆战舰回援马六甲，但是面对成百上千的马来人帆船，没能打破马六甲城的包围圈。最后他们只能和飞鹰号战列舰一齐，依托淡马锡岛封锁海峡东南出口，防止亚齐人船队从海上包围马六甲城东。在马六甲城东围城的是柔佛军及马来半岛上其他杂七杂八的马来叛乱者，完全彻底的一盘散沙，象土匪一样忙着攻打各个华人农庄，战斗力比亚齐军差多了。因此，马六甲守军在这个方向只放了几支华人民兵武装防守。
第六师在婆罗洲的部队得到赵宣明求援信后，收拢了在各地镇压叛乱的部队，会合平定了那些本地叛乱的华人开拓团，在新崖州港口集结了近六千人马，二十门大炮。但是，此时是婆罗洲海面无风季节，天气情况导致部队无法及时出发前来援救。只有一艘飞剪船-通讯舰驶出新崖州港，带着一百来号jīng锐战士前往马六甲，给守城的人们带来了聊胜于无地援助。
不过，他们成功为马六甲城守军带去了三架雷击蜂窝枪---在辽东战场上发挥了重大作用的手动36管速shè枪，为守城战带去了利器。此时，速shè连发枪还没有在参加辽东战役以外的中华军中配置，马六甲守军原本只有城堡正门有一架100管的暴雨枪。而第六师也是刚刚从台湾兵工厂接收到这几支速shè连发枪而已。
另外，海南岛的南洋舰队分遣队拥有一艘载70门大炮的飞字号战列舰，十多艘各种型号其他战舰。在得到求援信后，他们确实加紧了换装新式大炮的过程，在四月间就准备好南下支援马六甲。但是，还是因为天气原因：一场早早到来的台风袭击了海南岛全境，停泊在琼州港口的舰队船只全部都受到了损坏。
得到告急信的台湾中华军总部，不顾本岛兵力空虚，抽调第二舰队-台湾舰队的船只南下支援，结果也是在半路遭遇这股台风，分遣舰队的提督-被从舰队总管位置上撤职的台湾舰队副总管麦大海最后不得不带着本部舰船来到琼州港，和南洋舰队船只一起接受紧急抢修。
尹峰此时在为江南新军叛乱一事cāo心，得知麦大海的信鸽报信后，不得不长长叹息一声：风帆战舰时代，无论哪国的舰队，被大自然玩弄时都是无可奈何的事。他的辖区实在是太大了，从南到北横跨万里海疆，最快的通讯舰从辽东到爪哇跑一趟，一般情况下得一个月。在辽东集结的台湾舰队分遣队现在正在南下，四月间刚刚到达琉球。
如今，只能指望马六甲城能够多坚守一段时间了。尹峰同时向吕宋镇守府发出命令，让那里军火工厂加班加点生产，为下一步对南洋的大反攻作准备。
时间很快到了七月，郑芝龙由锡兰岛返回，带领南洋舰队在印度洋的分舰队和海南、爪哇的分舰队齐聚马六甲海峡，台湾舰队分舰队及第六师支援部队也到达了淡马锡河口。
马六甲战场上，亚齐人攻城时死伤惨重，在天启二年四月之后就采取了围困的战法。马来人联军根本就无法做到联合作战，只是各围一边各自作战，互相之间无法配合作战。亚齐人在西、南两面发动进攻，两外两面的盟军却是毫无配合作战的表现。
亚齐苏丹阿拉坦亲临战场，召集邀请柔佛苏丹、北大年女王前来商议，结果只有各家的领兵将领前来会面，没人有决定权。与盟军的会商毫无结果，亚齐苏丹决定单干。他布置部队分兵焚掠各地华人据点，同时，他在几个欧洲人顾问建议下，在马六甲陆地这一面挖掘长濠，每隔百步设立竹制望楼一座，驻兵防守。晚间在望楼上点燃火把，沿长濠绵延十余里。
这项工作遭到城内守军不断出击破坏，结果亚齐人不堪其扰，望楼经常被袭击后点燃成夜sè中的大火把。等亚齐人把全部长濠工程完工，中华军各路援军也就到了。
七月份，尹峰制定了《地方议事会法》、《商法》和《海外开拓地法》，派出通讯舰送往各地。就在这时，中华军在马六甲城周边地区开始了反攻。同一时期，基本平息爪哇岛的中华军及华人开拓团在苏门答腊岛东岸登陆，会合巨港华人武装向亚齐王国的腹地进攻。亚齐军除了苏丹亲卫部队外，大多数也是有多个地方封建主sī兵组建的部队。在自己的老巢受到威胁，腹背受敌，攻城无望的情况下，在中华军发动反击的第一天，数万亚齐封建小邦主的sī兵首先崩溃。这些已经完全不成队伍的亚齐人纷纷夺船渡过海峡，想要逃回苏门答腊岛去。南洋舰队的战舰全力封锁海峡，火力全开，炮口下毫不留情，马六甲海峡东南段彻夜被火光照亮。
第二天的早晨，台湾分遣舰队出现在柔佛海岸线上，麦大海除了将柔佛港口用大炮轰成了平地，还派出1000名水手陆战队直掏柔佛苏丹的老巢。