他在一处蛮荒岛屿上拉扯起的中华公司和中华军，如今已经展到他自己也没预料到的高处了，正在撼动大明王朝的基业，改变历史的轨迹。正是由于他游离在传统官场之外，甚至是游离在传统文化之外，手下这一群人也是缺乏儒家传统文化熏陶的边缘人群，所以才能展出中华公司。
这个怪胎一般的中华公司本来仅仅是为了向西班牙人复仇而聚集起来的，人数不过两千多人；而如今中华公司直接控制区内，不包括江南地区，直接管辖人口已经过了35o万。每月在山东、南直隶、浙江、福建、广东沿海，还有数万到十数万民众在中华公司组织下，出海移民。所谓安土重迁的中国农民，确实有，但是勇于开拓新土地的中国农民实际上也不少。
如今，中华公司以一个商人武装团体，一举打败了庞然大物般的明朝政府，士气高涨已经到了无以复加的地步。
尹峰感叹不已，激动之下向前迈出一步，向士兵们举手平胸敬礼，然后振臂高呼：“中华军万岁！”
“万岁！”
“万岁！”
凯旋仪式从中午一直持续到晚间，最后是最新下水的两艘主力舰定远、镇远以百炮齐射，各炮台射烟花火箭无数结束。
台湾港二十万民众目睹了此情此景，相信百年后有关这场大规模凯旋仪式的故事，还会在民众中流传。
尹峰不是第一次搞凯旋仪式，但是这一次凯旋是影响巨大的。中华军百战百胜，中华军士兵现了明朝的虚弱，对明朝的正统性已经完全无视了。中华公司的统治区内，新来移民对中华公司的认同也更进一步。
战事暂时告一段落后，与朝廷的密约实际上还有很多细节问题都没定：尹峰的身份、中华公司的地位等等，双方的谈判实际上还在镇江举行。
尹峰开始整编部队的时候，已经是六月份了。
现在朝廷上下已经把中华军忽略了，或者说是故意无视了。谈判实际上还没谈完，徐光启就在言官的攻击下，被撤去了大学士头衔，以南京经略身份主持谈判。原南京经略南京兵部尚书张鹤鸣成了闽浙总督，打算组织编练新军，熊廷弼总算被正式启用，暂时为南京代理守备。
万历皇帝自从三月份后，就再也不上朝了，重新和以前一样不见朝臣。这些日子，他实际上都在病痛煎熬中度过的。万历四十六年入夏以来，万历皇帝身体始终不好。六月初六日他对内阁辅方从哲说:“朕入伏以来，着湿熏蒸，不时腹泻，头目眩晕，身体软。见今服药未愈，临御不便。”
他不能御朝，还得为辽事操心，可是全国上下疲惫已极，国库空空如也。在中华军连番打击下，再要筹集兵力、粮饷、武器去征讨建州女真，除了增加税收之外，已经毫无办法。从万历四十五年内阁次辅吴道南丁优归里后，内阁辅臣只有辅方从哲一人，而方从哲偏偏不是一个勇于任事的有为之臣，当此多事之际畏缩不前。他因儿子方世鸿杀人遭巡城御史弹劝，索性借此机会乞求皇上罢官。不久，天上出现彗星，京师又有地震，方从哲到神宗优旨恳留，才放下心来，入阁视事如故。为了减轻压力，方从哲希望皇上到文华殿召开九卿科道等官会议，共图保辽保京师之策。实际上，他根本是想有人能分担一下自己的责任。
神宗派文书官到内阁传谕，因疾病缠身，无法出席文华殿会议，希望大臣谅解。以后方从哲又请求从补充内阁成员，为此连上十几道奏疏，甚至在文华门候旨六天，还是不得要领。过了两天，神宗向方从哲解释，实在是由于病得不轻，无法批阅奏章，不得不拖延，“少侯朕稍愈，即且夕详览简”。方从哲实在沉不住气了，一反常态，改变以往那种虚与委蛇的态度，直言批评皇上并无真心实意:“辗转延误，日复一日，是皇上原无增补阁臣之意，不过借此以示笼络耳。”矛盾已经尖锐到这种地步，神宗不便再拖，同意由吏部会推六七名候选人供他从中点用。过了几天，神宗点用了史继偕等两人，感到不太满意，又收回了自己的意见。
万历皇帝无论是真病还是假病，无论如何，他已经严重影响了对辽东的战事。辽东军主力先败于中华军，再败于八旗兵，结果，八旗兵比原先时空中更快地打下了沈阳、辽阳等地。