这一回，徐光启带着他们去京师，是想让他们出面介绍一些中华公司内部情况，以便说服朝廷与中华公司讲和。
但是，在那些巡逻陕西兵丁看来，这两个西洋人的存在，就更加证实了徐光启一行的奸细身份。
在官军部队中纷纷传说，中华军的强悍火力，来自于西洋番僧的法术与奇技淫巧。因此，官军连战连败，实际不是自身不能打仗，而是海寇太过狡猾奸诈。而且，从中华军行的报纸上看，这些海寇确实提倡讲学杂学、西学，这都是和这些传教士有关的。于是，那些外来的西洋传教士就成了某种替罪羊，禁止天主教传播的禁令一再严厉地被重申。
徐光启出头用官话强硬争辩了几句，却被对方砍杀了一名仆役，全体被捆绑起来押往通州官军大营。沿路，他看见无数的当地百姓被官军抄家，各路官兵对手无寸铁的百姓显得十分暴戾无情，与面对中华军时的表现完全不一样。很多地主乡绅被官兵押解着加入到了徐光启一行的队伍中，大多被打得鼻青脸肿。徐光启想到在中华军统治区所见到的场景，不由地叹了口气。
徐光启的命运还算好，通州大营的押粮官、蓟辽总督属下的昌平守备原先在朝中与徐光启相熟，在大营门口认出了徐光启，把他解救了出来，顺带着把两名传教士也救出来了。
徐光启匆匆道谢，带着人急忙向京师赶去。
他先来到方从哲家中拜见，将自己在海寇统治区见闻诉说了一下，还把两名传教士介绍给方从哲。
徐光启第二天被任命为大学士，再次进入了朝廷政治中心中。
徐光启在众多老于世故的官僚看来，属于另类的人物，过于实在的实干家。在他致仕去天津种田前，他就和同僚格格不入，遭受各种排挤。而这些年过去后，徐光启重返朝廷中枢，却是依旧与以前一样实在办事，不会做人。
他公开提出了一项计划：和中华公司谈和，然后朝廷裁撤军队、重新编练新军，规划新火器，以十年为期，到时再拨乱反正，平定海寇之乱。
在他的推动下，主和的声浪过了主站的论调。而现实是，战争确实是没法打下去了。京师聚集的勤王兵已经三个月未放饷银了，京师冬春交界之后，已经明显出现粮荒。各路援军纷纷战败，中华军在京衢如入无人之境。同样在江南，中华公司似乎已经在江南稳固人心，大有长期盘踞下去的姿态。这样的现实已经宣告剿灭海寇的政策是无法执行了。
其实，在两京战事紧张的时刻，福建、广东的中华军也没闲着，水军舰队连连出击，不但巩固了泉州、漳州占领区，还占领了闽粤交界处的海防要地南澳岛，攻打了潮州城。从海南岛出的中华军水军，不但将广东沿海岛屿抢占一空，将沿海海盗势力统统席卷一空，把各自分散的南海海盗势力统一为中华水军海南分舰队。中华军最新的铁甲巨舰威远号一度冲入虎门，炮轰广州，耀武扬威，使得朝廷征调广东等地军队的计划无法执行。
不说其他的问题，仅仅就是江南财赋重地的税收收不上来，漕运通道被掐断，这两件事就已经卡住了朝廷的脖子，使得诸位官僚清醒地认识到：不谈判是不行了。
万历皇帝在太监们、大学士们鼓动下，终于站出来下达了中旨也就是皇帝直接通过太监下达旨意，绕过文官系统繁琐程序：责令诸大臣招抚台湾中华公司海寇，务必要达成和局。
这是方从哲出的主意：中旨绕开了官僚系统，避免了内阁中的反对派的阻碍，以及群臣中那些以反对一切为能事者的刁难。而且，这样看起来主张招抚的是皇帝陛下本人，和方从哲就没什么关系了。
旨意一下，群臣耸动，交头接耳之后，有人提出问题：谁来担任这个和谈的钦差大臣，去和海寇们谈判？
这个谈判的人选就成了大问题。这是吃力不讨好的差事，很可能到时招抚不成，主持谈判者就会成为替罪羊，人头落地都是有可能的。