前来拜访尹峰的，是号称天主教中国传教三大支柱：徐光启、杨廷筠、李之藻三人中的杨廷筠与李之藻。此二人是应中华军总统领尹峰的邀请，前来接收一批被关押在南京大狱内的天主教徒。这些教徒都是前一年、万历四十四年南京教难中的受害者。
南京教案是天主教在明朝中国传播时，第一次遭遇到的政治上直接打击。主使者是南京礼部侍朗沈榷。他分别三次上书朝廷“参远夷”，指控耶稣会传教士潜入中国，行踪可疑，图谋不轨。列举的罪状有二：一是西方传教士参预修历，违背了尚书尧舜以来的中国传统历法；二是不让教徒祭祀祖宗，乃是大逆不道。沈槯要求朝廷将传教士驱逐出境。
万历皇帝对他的奏章不置可否。但是沈槯有司礼监太监的支持和内阁大学士方从哲的支持，不待朝廷明旨，就将王丰肃(后改名为高一志)与谢务禄(后改名为曾德昭)等十三名传教士、教徒抓了起来。
王丰肃在狱中被狱卒打得体无完肤、半死不活。随着沈槯的又一道上疏直接指控天主教谋反：“据其所称天主，乃彼国第一罪人……矫巫称尊，欺诳视听，亦不足辩也。但使止行异教，非有阴谋，何故于洪武岗王气所钟，辄私盘据；又何故于孝陵卫寝前，擅造花园。……据查，台湾海寇俱奉其教，肆孽海上，大逆不道……”神宗荒于政，沈榷勾结太监，矫诏驱夷。南北两京传教士纷纷被捕入狱。他们的住所被拆、教堂大多被毁。
说起来，中华公司反抗海禁一事，也影响了这次教难。由于台湾公开允许天主教传教，因此这也成了天主教谋反的一项罪证。
尹峰的军队攻入南京城时，这伙传教士和教徒刚刚被移解到了都察院。当官员衙役都逃跑之后，这些特殊的犯人就落入了中华军之手。
这些教难受害者不仅有王丰肃与谢务禄等西洋传教士，还有中国籍教徒钟鸣礼与钟鸣仁两兄弟，已经被判押往关外为奴。钟鸣仁，是第一个入耶稣会的中国人，他的号叫念江，广东新会人，通晓葡萄牙语等多种西方语言，曾任利玛窦的翻译，从行数年。另外还有十多名中国籍教徒，其中有耶稣会的实习修士。他们受到了中华军很好的对待，由中华军中的天主教徒照顾。
在朝廷拒绝和谈之后，尹峰一方面决定再次扩大对朝廷的军事攻击力度，另一方面向在朝野之间寻找能够上下斡旋的人。
这时他想到了这群教难受害者，立刻向在杭州的杨廷筠、李之藻出信件，信中说：久仰二位是努力弘扬西学的大家，我中华公司也是一向致力于融合东西学问的。我军现了南京大狱中的天主教徒，想把这些受难传教士救出大狱带往台湾；在两位家中避难的传教士和教徒，我们也可以帮忙转移，不知意下如何？
南京教难一起，北京城就留下了耶稣会中国传教会会长龙华民和日耳曼人邓玉函两个传教士。其余的传教士不是被抓捕入狱、驱逐出境就是躲藏到了信徒家中被保护起来。其中，庞迪我、郭居静、毕方济、艾儒略、史惟真等传教士安全隐藏於杭州的杨廷筠、李之藻两人家中传教。
本来，杨、李这两位科举出身的中国天主教徒是绝对不会和叛逆贼寇交往的。无奈，他们正好在此时接到了龙华民从北京传来的信：要求他们想办法搭救南京的教友，并且千方百计和台湾中华公司结好。
杨李二位在教会中的地位，使他们知道台湾在耶稣会中国教区中的重要地位，中华公司统治区有近4ooo名中国受洗教徒，比整个中国内地的教徒数量还多。出于同教情谊，他们想了解结识一下中华军中的教徒，顺便搭救出那些狱中的教友，因此才会有两人的南京之行。
他们二人在澳门教徒石宏基陪同下来到中华军在南京的老营。
石宏基，字厚齐，澳门华人天主教徒，今年第一批华人天主教徒之一，第一期学员，毕业后即赴内地教区担任“画师”，当时仅13岁。16o3年又到北京会院协助利玛窦工作，161o年后在中国各地传教，和尤文辉非常熟悉，同样是最早学习西洋油画技法的中国画家。
杨廷筠和李之藻听说了尹峰身边随行人员中，有一位是石宏基的同乡教友，因此才让他陪同的。
他俩进入南京城时，非常吃惊地现南京城内秩序井然，各行各业兴旺达，甚至还有不少金碧眼的西洋人来往在街道上；中华公司抓紧时机，把台湾港的外商也带到了南京，大肆做买卖。
苏州战役后，颜思齐的第五旅攻占了苏州及嘉定、金山等地，基本上整个南直隶的南半部地区都已在中华军占领下。这一带是江南的主要蚕桑养殖区，每年的四月到十一月都是江南收购蚕茧的季节，此时正是蚕丝收购时节的尾声。江南的蚕桑养殖业并未被战争打断展，随着中华军的迅获胜，战争破坏范围很小，而且中华公司这个海外丝绸贸易的最大主顾直接前来收货，这一行业还达到了**，南京城满大街来往的都是蚕农和丝商。已经有人在问中华军临时设立的市场主管说：“……你们明年还来吧？或者，你们要在这里住多久？”