尹峰向来相信：对于已经生的问题，最重要的不是后悔，而是要解决问题。（pm）得到林晓的报告后，尹峰想起了达斯马里纳斯家族和中国人的三代仇恨。从潘和五时代开始，西班牙达斯马里纳斯家族的两代人先后成为菲律宾总督，也先后死于中国人之手。这个第三代的达斯马里纳斯居然是在日本传教的耶稣会修道士，这是谁都没法预料的事。
如果真的是他偷走了燧火枪，那么必定是有军营内的西洋人教官做内应的。而达斯马里纳斯作为神职人员，在教堂里可以方便地公开和那些西洋人联系；同时，传教士们是可以公开进入外籍雇佣军和外籍教官住所的，因为一些西洋雇佣军和军官在生病时，只相信西方的医术。当然，想进入军营宿舍区的传教士必须在监军部领取通行证。丢枪后进入过营区的确实有一名意大利的耶稣会见习修士，而当日值班的监军部军官是马尼拉回来的天主教徒，轻易就放过了这位见习修士，没有对他进行搜身检查。
他迅让林晓派人查封了教堂，把所有在教堂工作的修道士统统抓起来审查。同时，曾瑞对于所有经常去教堂做礼拜、弥撒的西洋人军校教官也进行了人人过关的审查。
林晓动用了他当年当衙役时学到的刑讯手段，很快撬开了这名见习修士的嘴；确实是他，在丢枪的第二天，从葡萄牙炮兵教官罗安达的宿舍中，偷**了被拆解成零件的燧枪。而他之所以这么做，是受到了达斯马里纳斯修道士的宗教蛊惑和金钱引诱。
而罗安达确实是在教堂内被达斯马里纳斯说服，去为他偷取燧枪的。整个偷枪计划是达斯马里纳斯策划的，而教官罗安达是为了钱被说服，耶稣会的意大利修士则是为了给教堂筹集资金。由于葡萄牙人在澳门的贸易情况近几年来越来越差，因此由澳门拨给耶稣会中国传教省的资金也越来越少，台湾主教巴拉达斯如果不是有李跃等中华公司的身为教徒的股东资助，根本没法维持传教会。
“平心而论，耶稣会的人不是为了自己赚钱而参与这次事件的，他们是为了给教堂筹集资金，而达斯马里纳斯答应由日本耶稣会提供他们一笔资金，因此……”
眼下在尹峰的书房内，李跃、尤文辉等人正在为耶稣会修士说情。
教堂被封后，一批汉人天主教徒自来到中华公司总部门口请愿，东家和各级掌柜之中的教徒也来尹峰处为教会说情。
这并未使尹峰网开一面，而且使他立刻感觉到了教会势力的威胁。公司高层中很多人也不喜欢洋教势力，韩平韩京父子在马尼拉深受教会迫害，因此和鲁大海、新任董事黄逞、林晓、曾瑞等人一样认为应该严惩耶稣会势力。曾景山如果不是赶回马尼拉处理年底的土地拍卖大会事务去了，一点也会支持尹峰的举动。
说实话，明清之际很多中国天主教徒把传教士视作父母，甚至禁教时期一些信教的村寨立堡自卫，几乎成了宗教割据势力。天主教是个充满扩张性、排他性的宗教，尹峰受到后世传统政治教育的影响，从来对它无好感；在穿越后，他也是在传统儒家文化氛围中受影响，对天主教势力非常警惕。实际上当时西方各国的天主教教会势力，根本就是各国殖民政策的先头部队，确实不是什么好东西。明清之际的中国百姓缺乏国家认同，很容易被这种专一独断的宗教情绪所忽悠。
尹峰召开临时董事会，安和平和曾景山缺席，支持教会和反对教会的董事各缺一人。但是，反对天主教传教会存在的毕竟在董事会占了大多数。
到现在为止，尹峰的民主作风仅限于在董事会中，一般而言，出于对他的信任，还没出现过他的提议遭到反对的事。
现在，他提议封闭教堂，暂停各个传教会在台湾活动的提议有人反对了。李跃虽然不是教徒，但他的家里人都是教徒，所以他为教会出头反对禁教，他提出了另一个理由：“如果禁教，很多在技术学校上课的传教士就会离开，一些西洋工匠和教官也会离开，那么我们的损失就很大了。”
尹峰想了想说：“这是两回事，李大哥，教会方面私自联络倭寇，这就是违反了我们公司的规矩。教会犯了错就必须为此负责，耶稣会必须停止一切传教活动。教堂封闭后，那些外籍人员可以让传教士去自己家中做礼拜，反正，我不允许西洋人对中国人传教了。除非是中国籍的传教士，才可以为我国民众传教，而且，我公司可以给那些中国教士薪水。今后，各个传教会只要能培养出中国籍教士担任神职人员，我就允许他们在台湾传教。当然，这些传教人员由我们公司组织管理。”
大家面面相觑，不理解尹峰的意思。尹峰得意地说：“我们这样就能培养出忠于我们公司的传教士，这叫做自办教会。”
……
中华公司只允许本国人传教的规定布后，耶稣会中国教区震动极大，连远在北京的利玛窦都坐不住了。他如今居住在北京宣武门内顺城街的新建教堂内，这里就是有名的北京天主教南堂的前身，另一时空的清顺治七年（1650），汤若望在其旧址改建大堂，名“无玷始胎圣母堂”，后称南堂。
年老体衰的利玛窦多年来忙于和中国上层打交道，如今已经成功打入中国最高层。台湾禁教的消息并未传遍中国官场，这个荒僻的小地方传教也好禁教也好，基本不会损害影响什么官绅势力，因此，京师的官场完全无视了福建官府上奏的台湾禁教一事。这件事由两名在福州的耶稣会传教士上告到了福州巡抚衙门：要求巡抚出面调停开禁。
巡抚徐学聚正在忙于与下一任巡抚交接的事宜，懒得管这事，直接上告到了朝廷，一则为了推脱责任，二则是临走时让尹峰难过一下。