万历三十五年（1607年）的农历五月十八日，中华公司占领吕宋岛两个月后，两艘“西班牙大帆船”忽然出现在马尼拉港外。为了对付南方棉兰老岛穆斯林袭击而刚刚出航准备南下的飞虎号战舰迎头撞见了两艘体积庞大的卡拉克型船。于是飞虎号率中华公司水军第五战船队15艘战船立刻出击，包围并且俘虏了这两艘大帆船，抢占了船上满载的拉丁美洲产银元、银锭、可可子以及羊毛等物华公司凭空夺得了价值近二百五十万两银子的财物，其中白花花的银元银锭有近200万两。
要知道，万历年间明朝皇家太包银库每年得到的全国税赋收入是300万一400万两银子左右，由此可见中华公司真的是凭空抢到了一笔巨款。尹峰是在从澎湖回台湾后才听说此事的，公司上下人人闻讯大喜；这一下不但出征吕宋岛的军费和征服统治的费用有了着落，连这次澎湖之战的开销都弥补回来了。曾棋和李旦用这批资金招抚土著，并且大肆招募华人移民。很快随着中华公司组织的大批华人移民的到来，马尼拉附近的地区先被国化。
和大帆船一起来的100名西班牙士兵莫名其妙成了俘虏，这其中还包括了前来马尼拉上任的新任菲律宾殖民地总督席尔瓦。他们从墨西哥的阿卡普尔科起航，在茫茫太平洋上足足航行了五个月。这个时候可没有无线电什么的玩意，西班牙人在茫茫太平洋上什么消息都不知道，也没办法知道，然后就直接撞到了中华公司舰队面前的。这些俘虏是送上门的礼物，直接增强了中华公司与西班牙帝国讨价还价的筹码。
俘获“西班牙大帆船”的飞虎号继续南下宿务，一举击溃了穆斯林部队，拥有轻快艇70艘，战士4000人余人的棉兰老岛穆斯林各酋长国联军损失了过半的兵力。麦小六带兵反攻，一举夺占了西班牙人不久前放弃的三宝颜炮台，在南方穆斯林地区的腰部占据了重要战略支撑点。历史上，西班牙人为征服南部“摩罗人”，从征服吕宋一开始就与穆斯林纠缠不休，反反复复争夺三宝颜、比萨扬岛等地，没完没了地打了三百年，直到西班牙人殖民统治被美国人推翻之前，还在和南部穆斯林作战。美国人接手统治菲律宾，照样还得和南部穆斯林纠缠，足足又断断续续武装冲突了一个世纪。在尹峰穿越前的时空，一直到二十一世纪，菲律宾南部穆斯林争取独立的战斗还在持续，菲律宾政府军和新人民军、摩洛民族解放阵线的战争打打谈谈，没完没了。
尹峰当时策划反攻吕宋时，就没有把南部穆斯林区算在占领区域内；一则菲律宾南部资源极其有限，不值得费劲去征服；二则，尹峰并不想让桀骜不驯的南方穆斯林把对西班牙人的仇恨转到中国人身上，也不想和穆斯林打个几百年战争。
不过，针对穆斯林乘火打劫、企图乘乱捞一把的行为，中华公司如果不把他们一次性打痛打残，那也是会后患无穷的。所以，李旦极力主张动用中华公司主力部队攻击南方穆斯林联军。在这一点上，传统型的中国官僚吕宋镇守府大总管曾棋，出于他以前在崖州和黎族人打交道的经验，倾向于息事宁人，甚至想放弃宿务。多亏了李旦的坚持，还有护卫队赵铁、麦小六等人都主张先严惩后招抚的措施。
在宿务、三宝颜大胜后，中华公司并未深入棉兰老岛地区，只是占据了三宝颜炮台据点，派出了泉州回族商人为代表，去棉兰老岛上谈判。中国人比西班牙人多一项优势：大多数华人本质上是现实主义和兼容并蓄的民族，对于宗教不会象西班牙人和穆斯林那么狂热，所以菲律宾群岛南部的穆斯林和新的吕宋统治者中国人之间，没有宗教矛盾。
同一时期，潘和五为的南洋辅助军解散，大部分人回了越南，潘和五则留在了吕宋岛南部，继续征服南部土著部落。为了早日平定吕宋岛，尹峰还把运来屠杀罪犯的飞龙号主力战舰派回了马尼拉；新的主力战舰已经在马尼拉湾甲米地船厂开工建造，这将是中华公司即将拥有的最大战舰……
……
万历三十五年（1607年）的农历七月十八日，一支荷兰舰队忽然前来台湾港访问。而第二天就是预定中审判西班牙杀人犯的日子。
这一天中华公司从澎湖撤回了主力战舰飞龙号，官军也在这一天基本撤离了澎湖。尹峰已经正式成为朝廷从九品小官台湾巡检司巡检，还有个千户的衔头。台湾巡检司和台湾千户所，官府一文钱的费用都没有出，全得靠尹峰自己来搭起这个机构。他正在盘算如何从福建官府方面榨一点钱，然后名正言顺地扩军；最近他手头有点紧，年初到现在战事不断，军费开支太大了，而这时都是向海外出货的季节，白花花的银子要等下半年才能收回来。他正在烦恼时，却听闻荷兰人舰队的到来，不由地一拍桌子：“有人送钱来了！”
前一年，荷兰使臣达·尤该（Jonge）携奥伦治亲王致万历皇帝的信来到暹罗，请求暹罗国王代为联络，与中国直接通商，但没有结果。今年，1607年初，达尤该和新任荷兰东印度公司海军司令——海军上将麦特利夫()指挥八艘船只组成的舰队前来中国沿海寻找和中国皇帝直接联系的机会。舰队除了主力舰orange号外，还有rinetice号、de1f号号和一艘小艇，全舰队共551人前来中国，第一件事就是乘前一年澳门被中华公司打败和占领的机会，再次袭击澳门的葡萄牙人。
葡萄牙人还没有从上一年的失败中恢复元气，不过此时澳门驻扎了中华商馆的300名卫兵和五艘战船。荷兰舰队企图袭击澳门时，遭到六艘葡萄牙船只和五艘中国船只的抗击，损失一艘战船和一艘小艇，在靠近海岸线企图登6时，又遭到海滩上一队武装人员大炮火枪射击，荷兰船队只好狼狈撤离澳门海域。
海军上将麦特利夫听说中华公司出兵攻打马尼拉，台湾本岛守卫兵力空虚，而且同时和朝廷的军队在交战中。他对台湾又动了心思。
但是，舰队的向导是以前的中华公司外籍雇佣军，在台湾港待过，他劝说麦特利夫海军上将放弃这个打算。
“将军，台湾港不同于你所见到东亚任何港口，防御严密程度不亚于伦敦港或者我们荷兰的任何一处港口。我们现在只剩下6艘船了，能够战斗的人员480多人；可是，中国人仅仅在台湾港北岸炮台堡垒就驻扎了400多名全副武装的战士。还有他们的舰队，他们的主力战舰拥有和我们的主力战舰不相上下的火力！在我离开台湾港时，中国人正在南岸建造炮台，而现在应该已经建成；我们的舰队根本不可能有丝毫胜算！”