很快，总督的命令被执行了，马尼拉城少数被同情者保护起来的华人在一个上午的时间内全部被屠杀了。有的在街头被绞死，有的在保护者家中被暗杀，有的被前保护者押送到了马尼拉监狱，最终被绞死在市政广场上。
这些天，大主教贝纳维德斯忙得很，到处组织圣像游行。城里城外每天都有人抬着圣像唱着圣歌的四处游行，传教士们不知疲倦地组织着感恩游行。
在贝尔纳多的生意伙伴，新基督徒弗朗西斯科.迪亚斯.德.蒙托亚的家里，一群西班牙士兵闯了进来，把华人基督徒商人米格尔.奥托抓了起来。
生理人基督徒米格尔.奥托，原名施源，是第一任巴里安华人总管，也是德.蒙托亚的长期生意伙伴。德.蒙托亚拦住士兵：“你们要干什么？”
士兵凶恶地说;“先生，这个生理人参与叛乱，我们受命逮捕他。”
“奥托先生，您承认吗？”
施源——奥托说：“不，我没有参与叛乱。说这些没用了，这是我的命啊！谢谢您，蒙托亚先生，感谢您收留我。”施源微笑着向主人深深鞠躬。
下午，德.蒙托亚在马尼拉的市政广场上看到了米格尔.奥托——施源的尸体悬挂在绞刑架上。
几天后，整个马尼拉除了在圣地亚哥堡地下水牢中的黄康和李旦外，已经没有一个华人还活在世上了。黄康也在几天后被马尼拉皇家法院以叛乱罪判处绞刑。临死之前，他拒绝了马尼拉大主教贝纳维德斯给他忏悔;他看清了大主教的真面目，指责大主教贝纳维德斯是挑起战争的罪魁祸。然后，黄康自己走上了绞刑架，不再向西班牙人的上帝祈祷了，而是在心中向遗忘了许久的妈祖娘娘祷告：死后要能和自己家人团聚在阴间。
西班牙军队迅分派出去奔赴巴石河南北，一支西班牙、日本人混合部队再次进入已经大半成为废墟的巴里安，搜素最后的华人幸存者，顺便抢劫那些留在市场内的货品财物。
留在巴里安的最后一批华人在敌人脚步声响起的时候，不约而同点燃了自己的房屋。最后的大火顿时连成了片，铺天盖地的火焰把冲入巴里安的西班牙人和日本人又赶出了巴里安。财梦破灭了的混合部队成员只好聚集在城下，和城头的西班牙人一起目瞪口呆看着整个巴里安变成一片火海。华人没打算留下任何东西——包括他们自己的生命;他们把桐油泼洒在了所有街区的房屋上，连未烧尽的废墟也没落下;所以大火燃烧起来后，势不可挡，连续烧了两天，使巴里安彻底成了一片白地。
前一天失陷在巴里安的加斯帕尔上尉，最终也落得尸骨无存的下场。
阿兹奎塔少校的部队主要是邦邦牙省的土著步兵，他们顺利地赶上了混乱的华人逃亡队伍，在通多教堂附近将他们集体屠杀了。有一批华人拼死突围，想再次逃亡到沼泽地营地去避难，然而已经迟了。由于华人战败的消息已经传开，原先抱着观望态度的他加禄土著也开始攻击华人，他们抢在华人前面攻占和烧毁了通多沼泽营地。向北撤退的华人中的最后一部分，大约有400多人，于攻打马尼拉城失败后的第3天，在沼泽地边缘集体自杀了。
而这个时候的尹峰，正在为自己的逃亡队伍日益膨大而苦恼……
华人们从巴里安出来后，分为两路，一路去了圣巴勃罗方向。宿务驻军司令上尉维拉斯科率领的西班牙军队紧跟着去圣巴勃罗的华人队伍，他们杀死那些因伤和饥饿落在后面的生理人，并且追上了华人队伍的后队，用火枪弓箭射杀生理人。愤怒的华人反身向他们进攻，他们就迅后退，然后让土著步兵用长矛组成密集的方阵等着生理人进攻，同时用火枪不断射击。华人起义者大批大批倒在火枪下面，即便前赴后继，冲到长矛面前去攻击西班牙人也是毫无意义的行动，华人根本无法突破长矛阵。
华人们只好继续往前走，西班牙人则又追上来骚扰，不断射杀后队的华人。这样，华人们走一路，也就扔下了一路的尸体。最后，这一批大约多人的华人逃亡队伍没能到达海边，在一处丘陵的树林中被包围了。
愤怒的华人们在途经的地区，把所有西班牙人的教堂、修道院、和其它建筑统统付之一炬。留下了一路的废墟。
这天上午，维拉斯科上尉继续跟踪追杀华人，大批土著兵冲入树林中，却被华人们用最原始的武器-木棍打了出来。跟在土著兵后面的西班牙正规军士兵毫无防备，因为贪图华人随身携带的财宝，只顾着在华人尸体上收集财物，先是被一些在树林里挖芋薯的华人突袭，又被打退了土著兵的华人攻击，当场被打死了几十人。
维拉斯科上尉大怒之下调来了几门小炮冲着树林轰击，然后让所有士兵放火烧山。此时季节已近菲律宾群岛的旱季，大火很快吞没了整座山。
西班牙军队在山脚下列阵以待。但是，一直到大火因烧尽树木而熄灭，还是没有一个华人从火海中逃出来求饶投降，他们和整座山的树木一起化作了灰烬，宁死不降。?