科教部管理全国学校事务及科举考试，下设科学司，负责天文研究以及科学制造；文化司，管理人文地理，宗教、名人祠的修建与弘扬；教育司，管理各地太学及各地私学乃至科举，各地学校开办教学必须有文教司允许；卫生司，掌宫廷医药的储存，为皇室诊疗事务，并向全国传授医学教育及医药管理。
科教部尚书由在同耶律楚材的赌约中，面对庞大的公文事物，而认知到自己能力有限，从而卸任见习丞相之职的李白担任，科学司郎中，则由唐时著名的大科学家僧一行担任，南宋时著名的大数学家秦九韶担任科学司员外郎；值得一提的是，僧一行和秦九韶这两位顶级人物，都是由丞相耶律楚材千方百计请来的。秦九韶还好，但是僧一行，耶律楚材差不多跑断了腿，用尽了浑身解数。最后林凡在回到都城后，也第一时间亲自出面拜见。这才留下了这位早已遁入空门的奇才。
教育司方面，左丘明教育司郎中的职位不变，前宋旧臣江万里任教育司员外郎；文教司郎中王维职务不变，前宋礼部架阁吴必达为文教司员外郎；
卫生司方面，孟浩然卫生司郎中职务不变，戴煟、王执中、安道全三位宗师级名医担任卫生司员外郎。
财政部负责管理国库钱财，以及收入与调度，除含有的税务司、度支司以及钱庄以外，增设产业司，管理国有企业，并监管国中货物价格，在适当时候提出修整，确保物品价格在一定的阈值以内。
财政部尚书由刘晏担任，并监管钱庄的运营；马光祖担任税务司员外郎，辅佐蒋敬；杨辉担任度支司员外郎，辅佐萧嘉穗；贾似道为产业司郎中，真德秀为产业司员外郎。
军务部顾名思义，负责军队的一应后勤，其中包括原有的军纪司、甲坊司、火器司、军马司、武器司五司以外，另外附加兵役司，掌召募士兵并登记军籍；弓弩司，掌弓箭、弓弩的制造与改良。
军务部尚书暂定，曾从龙担任军纪司员外郎，辅佐裴宣；董槐为兵役司郎中，袁韶为兵役司员外郎；马和为弓弩司员外郎。
行政部掌国家政务，暂时只设了建设司与农业司，大师级建筑师彭大雅、李道传为员外郎，辅佐陶宗旺，杨国忠为农业司郎中，袁甫为农业司员外郎。
另设鸿庐寺，掌朝会、宾客、吉凶仪礼之事。凡国家大典礼、郊庙、祭祀、朝会、宴飨、经筵、册封、进历、进春、传制、奏捷、各供其事。洪咨夔担任鸿庐寺卿，方信孺担任鸿庐寺少卿。
史弥远在恒国收复宋国各地之时，出力不少，提为协办大学士；吴用因功升任东阁大学士；见习丞相耶律楚材正式担任丞相一职！
在林凡的调度，以及恒国这全名臣官僚机构的众多特性加持下，除了正在被金国围攻的3县以外，祥兴郡6县的内政系统都逐步稳定下来，虽然依旧有个别不甘宋国就此消亡的宋国遗臣、遗民以各种理由发动起义，但都被驻扎在泾河城的张巡以及临安的卫伯玉、马璘联合当地县兵迅速镇压。