是日建安四年十二月下旬，刘琦攻破龙编城，士燮出城投降。至此，刘琦的势力已达荆交两州。
龙编城内，太守府上。刘琦英俊的恋师满是阳光的笑容，亲自扶起伏地请罪的士燮，答应道：“士燮大人，弃暗投明实乃，韩信投汉也！过去以往，我刘琦既往不究。你因献城有功，有大赏。”
士燮惶恐道：“刘征南，能不计前嫌。士燮就很惶恐不已，哪敢要什么赏赐。”
在龙编休整了三天。刘琦大军驻扎在龙编，同时令水军都督蒯越，骑兵都督张绣领骑兵九千同奋武将军士燮前去定安招募士黄。
士黄见了士燮的手书，二话不说只身一人来到了定安城投降，被蒯越热诚相待。余下士卒被张绣李严接受。交州最后一股势力也没了。
如此刘琦名义上占领了交州。士燮的投降影响很大，各地守军得知士燮投降后，也都纷纷放弃抵抗了。刘琦被朝廷任命为征南大将军，都督交州事宜，所以名义上也说的过去，使士燮没什么死忠出现。至于一些冥顽不灵者，刘琦让黄叙胡车儿等人率军横扫之。
战事没了，可是善后事宜更加让人头疼。为了扫除士族在交州的影响力，刘琦让士族全部搬家到了襄阳，并派人好生看管着，
为了进一步加强刘琦的统治，削弱地方的实力。刘琦把交州一分为二，分作交州、广州。广州下辖南海郡（原南海郡西郡被刘琦分开了）、揭阳郡（南海郡东部）、苍梧军、合浦郡以及荆州的桂阳郡，由韩嵩任广州刺史、南海太守；袁徽为别驾；许靖为治中－－刘琦考虑道，加上蒯越的建议，好歹人家是个名士，能不得罪就不得罪，反正没有实权；王猛为南海都尉，裨将军等。
交州下辖郁林郡、交趾郡、九真郡、日南郡、珠崖郡。赖恭为仍交州刺史，同领交趾太守；程秉为别驾，由袁徽推荐而来；刘熙为治中，由程秉推荐。刘熙来的同时还带了个弟子薛综，被刘琦考察一番，任命为九真太守，成为最年轻的太守。
从中原逃命来的士人，有才能的，都被刘琦任命为官员。如袁沛、邓小孝、徐元贤、张子云、许慈、袁忠、桓邵等。有余士族被刘琦迁移到了襄阳，许多职位空缺。一方面，刘琦让刺史们在当地考察有才之士，无论出身皆量才而用。另一方面，由刘琦建造的荆州大学堂第一批毕业的士子们纷纷南下交广来担任官员。
整理了一个月，刘琦留下诸葛瑾、黄叙分别都督交州广州事宜，操练降卒，围剿山贼。同时也留下了两万荆州士卒供二人调用。同时让当地官员配合诸葛瑾、黄叙招募流民，训练屯田兵。刘琦领大军五万返回荆州。