因为满人镇军训练进度缓慢，效果非常不理想，翁同本来是不懂军事的，可是他却非常相信长麟的眼光，再加上他对谭延内心中的敌视，使得他先入为主的认为谭延在训练满人镇军的问题上出工不出力。正是因为有了这种先导思想，在他的授意下从九月起就不断的有御史上书弹劾谭延训练满人镇军不利。
等到十月份中旬，北洋陆军三镇又一混成协完成训练，并且在大沽炮台附近进行例行军事演习之后正式成军归建武卫右军，自此武卫右军拥有整整七镇新军，且创下中国对外开展完胜德军的纪录，这使得很多人对满人镇军的训练成果表示了很大的关注。
按照谭延以往训练新军的成果来看，一支由新兵组成的军队在训练四个月之后，就已经具备相当强的战斗力了，而在胶州湾事件中除了紧急调拨的一千老兵之外，作战主力全部都是萧轩事先驻扎在胶州湾附近刚刚训练不到十个月的新兵。如果按照这个标准来看，长麟心中的责难不是没有道理，而翁同也认为谭延想要拥兵自重----满人镇军是要成为京师禁卫军的，禁卫军一日不成，谭延的两镇新军就一日不会将京师防务交出来，一旦禁卫军成，就算谭延能够留着“步军统领”的官衔，但底下负责京师防务的可都是满人禁卫军，他就会像一只了拔毛的鹰一样有力无处使。
与翁同一样想法的人很多，有汉人大臣但更多的还是满族权贵，在他们看来手握十几万重兵的谭延还把守京师大门，这实在是太可怕了。这个年轻的状元郎胆子这么大，胶州湾事件和德国人一声不吭就干了起来，还把人给打了个全军覆没。直到打完了朝廷还不知道胶州湾发生了什么事情，这么一个人放在京师那不是找不自在么？！
与人为敌只要实力足够就不成问题，不过树敌天下就算有楚霸王之勇亦不过是饮恨乌江。谭延也在京师人脉上下了很大功夫，而他年轻有为又是太后面前炙手可热地人物，也不缺乏跟风马屁之徒。但是这一次满人镇军这件事他作假有些太过了。满人镇军训练时间长短与否也是他能够以主动姿态掌控京师防卫时间长短，训练的越慢，效果越差自然是符合他的利益，但是他却没有想到昏庸无能的满族权贵还能够注意到这支镇军是他们自保的根本所在，以至于联合翁同向自己来发难。
谭延以兵部尚书地名义上书光绪皇帝和慈禧太后，充分分析了满人镇军训练落后的原因，随后附上了萧轩的奏折，以证明满人镇军训练不利非是自己不出力，而是满人镇军的前身是积弊难返的京师禁卫军。他们吃喝嫖赌抽已经积重难返，并不是以冠以镇军的名头就可以改变的。
除了在奏折中诉苦之外。谭延还直接将冒头对准了户部和满人镇军镇统长麟----谭延训练新军一向主张军中将士饷必足，械必精，可是因为户部缩减军费的缘故，使得满人镇军的军械到现在还欠着天津机器局的帐没有还，并且根据萧轩地上书，军中将士的军饷也存在克扣的现象。
谭延是不怕查账的，因为满人镇军的训练虽是出于他的主张。但是除了以萧轩为首的军官训导团负责军事训练之外，谭延从不干涉满人镇军地各个方面，并且还为其创造物质条件---天津机器局自从谭延接手北洋之后，就完全采用独立的企业运作模式，就算是旅顺造船所的订单，也必须是银子先到账才发货，而对满人镇军的枪械货款已经拖欠了好几个月都没有追缴。
至于说满人镇军中军饷存在克扣现象，谭延倒是相信长麟没有从中贪污，不过长麟作为满人镇军的最高指挥官，除了对镇军军事训练要负责之外。对于军队的管理更要负全责。一直都是“浮”在高层的长麟哪里知道他的部下军事不怎么样，这吃拿卡要的本事是一个比一个精，萧轩从谭延那里支取的两千两“特别公关费”原本以为能够用上一个月，没成想萧轩还算比较克制连二十天都没有撑过去，可见这些满人军官地生活有多么。为了维持他们的生活，丰厚的镇军军饷自然成了他们猎取的目标，至于长麟这个一本正经的长官，根本就不是他们的对手。
谭延的自辩奏章非常有杀伤力，而萧轩和满人镇军中的军官交好也不是没有收获，只是扭头就将昔日还在酒桌上称兄道弟的同僚给卖了。多少有些不厚道，不过去满人镇军当教官本来就是他不情愿，这次替谭延当挡箭牌也没有什么大不了。
谭延一边上书慈禧太后和皇帝，一边指挥两镇新军趁着满人镇军正在吃午饭的功夫将军营团团围住，逼迫其缴械投降。随后一批北洋幕友堂中专门负责抄家查账地先生直奔满人镇军筹备处。一一核对账本得到自己想要的东西之后将其封存。在光绪皇帝震怒之下要彻查满人镇军的时候，谭延这边已经连物证人证俱全的全部扣押起来就等着上堂审判了。
事情走到这一步。就算这些欺上瞒下的镇军军官没有贪污，谭延地手下也会让他们承认，更何况铁证如山根本由不得他们辩解。谭延地这一手直接将翁同提过来的球又踢了回去，先不说那些御史如何，单单长麟这个曾经得罪过慈禧太后地镇统肯定是当不了了，说不好还要治罪。这样一来不仅暂时解了谭延面临的危局，还顺手将翁同阵营中唯一接触军权的长麟给收拾了，本来拔毛的人变成了被拔毛的，这一变化怎能让翁同咽得下这口气？！
最终满人镇军事件以长麟被罢黜，原禁卫军数十位军官砍头砍头，流放的流放为最终结局而告终。谭延依旧站在自己的位子上冷眼看着朝中时局地变化，而朝廷还是责成他来收拾局面。下放了更大的权力给他来训练满人镇军----这一次满人镇军的军官朝廷一个都没有派，而萧轩的训导团将会变成满人镇军的军官团，直接负责满人镇军地训练管理，直至成军之后再委派军官。
谭延在看到这一结局之后也不禁有些哭笑不得----也不知道谁出得这个馊主意，看来这个腐朽没落的王朝已经真的到了不可救药的地步。没有最荒唐只有更荒唐。看来小皇帝想拥有自己的军队都想疯了，满人镇军的军官暂时需要汉人来代理，这样的军队还能够称为“满人新军”么？！不过这样的安排下来也彻底将谭延逼到了死角上，以后可就没人来替他顶缸了，这满人镇军以后的训练最终的成果必须由自己来承担。
即便如此，谭延心中并不着急，满人镇军问题完全是由翁同对自己抵达京师执掌京师护卫，倚仗权势对他公然开价地不满所造成的，这不过是一个小插曲并非时下政坛的主流，真正主流是康有为而非他谭延。有的时候他真的很“感谢”康有为。正是因为康有为的存在才使得大清政坛的局势变得更加扑朔迷离，只有康有为才可以将这潭浑水搅得更加浑浊，让他有机会浑水摸鱼。
在领旨之后，谭延立刻像模像样地开始组建满人新军，依照北洋新军的选兵模式，在满人当中挑选合乎身体条件的新兵，大刀阔斧的裁减那些原有军队中身体不合格的、有吸食鸦片等不良嗜好的旧兵。几乎将原有的禁卫军裁汰干净。至于裁汰下来的满人善后工作却不归谭延管，朝廷既然让他训练出有用之兵，还像不裁汰那些积重难返的老兵油子，根本就是不可能的事情。
也许是满清统治阶级已经对拥有一支可靠武装地渴望，使得他们居然可以忍受裁汰下来的老兵闹事----能够加入禁卫军的绝对不是一般的满人，这么大规模的换血肯定招来一片骂声，这对于统治高层的压力也是非常重的。要知道根据大清建国初期的规定，满人是不可以有其他营生的，他们的存在就是武力地存在，禁卫军的待遇有多高。普通旗人的待遇又有多高，这中间的差距足以让心生不满的旗人怒火滔天。