日军在占据了203高地之后，就开始将从美国购入的280毫米炮转移到高地上来，这样这些巨炮就可以覆盖整个的旅顺市区和港口，俄军所有的的目标就都直接暴露在日本人的炮口下了。
在第一轮突袭中损坏了的几条战舰，俄国人费尽了力气总算勉强修好了，如果他们的动作能够快一些的话，比如修复的时间能够提前一两个月，那么这支舰队还有机会在炮台的掩护下，驶出港口，和日本舰队来个决一死战。虽然旅顺分舰队的实力不如联合舰队，这一战肯定凶多吉少。但是，联合舰队也不可能毫无损失。而这个时候，波罗的海舰队已经开始了他们的史诗般的远征，如果联合舰队在和旅顺分舰队的战斗中损失过多，那他们在面对赶来的波罗的海舰队的时候，还有多少战斗力就会很成问题。然而，如今的情况完全不同了，就在俄国舰队努力的修复船只的时候，日本舰队发起了针对旅顺港的航道的堵塞行动。
日军不断的派出装满了石头的老旧船只，将它们开到旅顺港出港的航道上沉没掉，以此来封锁旅顺港的航道。当然，俄军的炮台也不是吃素的，自然会开火拦截。而且相比舰炮，炮台上的大炮的射击精度要高得多（军舰会摇动，但炮台不会，而且炮台对于射界内的任何一个目标区域都进行过试射，所以一开火就可以直接是效力射，不需要试射调整。）所以，很多的执行这种任务的船只还没行驶到位置，就被炮台击沉了。不过日本海军发挥了不怕伤亡的猪突精神，组织了一次又一次的船队，顶着巨大的伤亡，最终还是在旅顺分舰队恢复航海能力之前，用沉船将航道堵了个严严实实。所以，如今的旅顺分舰队，已经是瓮中之鳖，无处可逃了。以至于俄国人只能将军舰上的大炮拆下来，搬上岸当做岸炮使用了。
将280毫米巨炮拉上203高地不是一件容易的事。这种炮实在是太重了，必须先铺上铁轨，然后利用蒸汽机、绞盘，才能慢慢的将这东西拖上去。这一来一去的竟然花费了一个多月的时间。等到日本人总算把手里的十多门280毫米炮都拖到203高地的炮位，才开了几炮，俄国人就派出了军使，提出要向日军投降。
旅顺的俄国人一投降，那些化学武器是怎么来了的秘密当然立刻就让日本人知道了。他们自然也知道，自己花了大价钱买回来的防毒面具什么的其实一点用都没有，因为俄国人根本就没有化学武器。这一切完全就是美国佬做好了的圈套。
然而虽然吃了这样的亏，但是日本政府却发现，他们完全没有反击的办法。如今虽然旅顺港已经被攻占了，但是俄军还没有完全失败。如果这时候和美国人翻脸，只怕美国人立刻就会又和俄国人勾结起来，然后会发生什么事情，那就真的难说了。别的不说，就比方说防毒面具吧，如今订购的防毒面具还没有完全交货，但是日本政府虽然已经明知道俄国人没有化学武器了，却还是不敢提出终止合同或者退货。原因很简单，因为一旦提出这样的要求，恐怕俄国就会突然变戏法一样的有了化学武器。
就这样，在战局的压迫下，虽然明知道被美国佬摆了一道，但是日本政府也只能打落牙齿和血吞，暂时装作什么都不知道。据说山县有朋为此还狠狠的发誓，有朝一日，一定要给美国人一个报复。
旅顺投降之后，第三军的兵力就得以被解放出来，并用于奉天方向的作战。在得到了新的兵力的增援，装备上了防毒面具，（普通的日军还不知道俄军上次使用的毒气是来自于美国的消息，事实上，除了高层有限的几个人之外，这件事情就没人知道了。原因很简单——这样的事情要是让士兵们知道了，会很伤士气的。）拥有了更多的火炮和机枪的日军士气大振，连续发动攻击，打得俄军节节败退。陆地战线上，俄军已经原来越支撑不住了。
这时候，俄国后勤补给方面的弱点也暴露无遗。这个弱点甚至还不仅仅是绝对运力的不足，还包括后勤组织的混乱。前线极度的缺乏弹药，但是从后方通过修了一大半的西伯利亚铁路运过来的却往往是些不知道是什么玩意儿的东西，比如说，一整车皮的耶稣基督像，一整车厢的圣经什么的。当然，这还不是最坑的，最坑的还是太平洋第二舰队，也就是原本的波罗的海舰队和黑海舰队。他们因为在路过北海的时候，将一条英国渔船不知怎么的就识别成了日本军舰，然后一顿炮火给打沉了。结果给了英国人借口，英国人不但不允许他们使用苏伊士运河，从而迫使他们不得不绕过好望角赶赴亚洲，还向沿途的各个中立国施加压力，要求它们不要向俄国舰队提供可用于修整的港口以及燃煤。
俄罗斯地大物博，石油储量更是大得惊人，然而在当时，俄国的石油并没有完全的开发出来，同时缺乏大型耐压容器生产技术，也使得俄国即使生产了原油，也缺乏炼油能力。所以为了便于补给，他们的船还是在使用煤炭的。
为了能有绕过整个非洲的航程，俄国人不得不在停靠法国港口的时候，尽可能的给自己的军舰装上更多的煤炭，结果不但煤仓里装满了煤炭，就连甲板上，甚至水兵们住宿的房间里都塞满了煤炭。