童贯是一个很狡猾的人，他知道方腊起义，是由于人民群众受不了花石纲的骚扰而引起的，起义爆发后，花石纲仍然没有停止，群众十分恼怒，如果不在花石纲上做点文章，要想平定方腊起义是很困难的。
因此，他一到苏州，就命令幕僚董耘写了一个“御笔”，四处散发，宣布罢免花石纲，撤消苏杭透作局，有关官员一律撤职查办，假如以后谁还敢以供奉为名危害百姓，以抗旨不遵论处。
与此同时，宋徽宗也罢免了朱勔父子的职务。
这些做法，欺骗了一部分群众，使宋军在舆论上得了一定的主动权。
童贯一方面在政治上耍弄花招，借以麻痹人民群众的斗志，另一方面在军事上调兵遣将，对起义军进行血腥镇压。
他先派宋军在江宁和镇江，扼守长江，防止义军顺江西上，然后集中精锐分两路进兵，分别由王禀、刘镇带领，向杭州和歙州开来，企图在睦州会合。
由于起义军缺乏作战经验，兵力分散，战线拉得太长，一味攻打州县，没有建立稳固的根据地，并且对宋军的反扑缺乏足够的警惕，因而给了童贯以可乘之隙。
王禀所率的一路宋军先在秀州，打败了起义军将领方七佛，杀死了九千名起义军将士，进而攻陷杭州、睦州和青溪县。
刘镇所率的另一路宋军，也接连攻陷歙州、衢州、婺州，两路宋军按原定计划在睦州会合，围攻退守在青溪帮源峒中的，二十万起义大军。
起义军将士依据岩壁坚守，步步为营，顽强地抵抗宋军的猖狂进攻，七万人壮烈牺牲。
最后，宋军从小路攻入峒中，方腊及妻子邵氏、儿子方毫、起义军丞相方肥等五十二人不幸被俘。
童贯得意洋洋，派人把方腊等人押往东京邀功请赏，并且命令宋军继续残酷镇压分散在各地的农民起义军，这场镇压又延续了将近一年才结束。
在镇压方腊起义的过程中，童贯下令军中，杀一人赏绢甚至于匹，于是官军不论对起义军，还是对起义地区的其他居民都大肆屠戮，有时连过往行人也惨遭毒手，甚至闯入民宅，杀害百姓全家，割取首级，以求受赏。
童贯对此不闻不问，反而大加鼓励。
在镇压起义的450天中，宋军共杀死平民百姓不下二百万。
童贯的血腥罪行，使被花石纲弄得遍地疮痍的东南地区，变得更加残破不堪了，社会经济受到严重破坏。
而童贯这个双手沾满人民鲜血的刽子手，却再次“立功受赏”，升为太师，晋封为楚国公。
在保卫边疆的战斗中，这个无勇无谋的大草包，屡战屡败，而在镇压农民起义时仿佛变了一个样子。
制定方略周密细致，调兵遣将有条不紊，指挥作战心狠手辣，仅在几个月内，便把声势浩大的农民起义镇压了下去，真可谓“外战外行，内战内行”。
张军知道历史上的方腊，是怎么败的，战线拉的太长，贪多吃下烂。
所以张军接受了方腊失败的教训，从一开始，他便没有想着占领多大的地盘，因为实力跟不上，占领了之后也守不住。
但缩在杭州城固守，积蓄实为，也必须有充足的人力和物力作为基础，所以他派兵攻占各州县，抢掠一番之后，便果断的弃城而去，只带走大量的钱粮物资，以及各种铁器，工匠，青壮男子。