鹿港的东南面，便是是一望无际的彰化平原。此地引浊水溪的水灌溉的水稻，其米煮饭又香又黏，后世是台湾重要的水稻产区。水稻种植面积大约占耕地的50%-80％，而双季稻占水稻种植面积的80％一100％。后世的彰化县地区年产稻米约40万吨，素有“台湾米仓”之称。
此时的彰化之地，依旧是一幅原始面貌，土著部落和移民村落星罗棋布于彰化平原之上，疟疾、各类热带病、血吸虫、天花等疾病每年都会带走不少人的性命，而当地的土著们的收入主要便是靠捕猎以及种植，捕猎获得的鹿皮常年有商人收购，而种植方面也从移民们身上学到了不少耕种相关的知识，至少不再是像北部的土著那样种子撒下去，收成全靠天意。
彰化平原地区的天花自鹿港逐渐向南北传播，鹿港第一时间沦陷并被元老院封锁，准进不准出，因离海边较近，且水系发达，倒是方便痘师们深入此地各移民村落接种疫苗，而有些离鹿港不远的土著村落，例如离鹿港最近的马芝遴社便深受其害，更远的东螺社、西螺社、二林社、眉里社、半线社、柴仔坑社、阿束社、猫雾捒社等人也因交易鹿皮之故，接触过鹿港或是当地移民，均有不同程度的感染。（天花这东西的传染性真的点满了，感染病毒者的唾液中病毒含量是最高的，是人类历史上传染性最强的疾病之一，看看新冠的传染速度就知道，二者传染方式有不少类似的，如飞沫传染等）
后世各土著部落根据汉化程度被分为生番熟番，但对此时的穿越者们而言，这土著们全都是生番，习俗完全不同，将来的同化过程必然艰难，而目前的疫苗必然优先供给中原或是其余地区的移民，之后才会考虑各地商人以及土著，但土著们可不会坐着等死。
十月中旬，第一批支援彰化的痘师在穿越者的领导下前往彰化，以鹿港为彰化大本营，穿越者医生和部分士兵坐镇鹿港，带来的痘师们在剩余武装部士兵和民兵的保护下前往各村落，目标直指此地民心，此事过后，想来彰化也能开始设县事宜，并直接由新港城直辖。
等到十月末，依靠新港强大的后勤保障，最高70km/小时的水路运输速度，全台各地大型移民村聚落点都已完成接种事宜，只剩下极少部分疫情未大规模爆发，未曾接种的偏远村落。最大程度保存民力，同时元老院主导下，接种疫苗时完成了第一次人口普查。
全台除穿越者外移民人口共18661人，北方淡水城221人，新港城移民4533人，彰化移民2832人，云林移民3227人，嘉义县2588人，安平城3471人，凤山县为新设，当地垦殖基础不足，人数最少，共1789人。
人口正普查完成时，一同呈上元老院商议的还有鹿港附近发生的大事，新港附近村落接种不久后的村民，被马芝遴社之人强掳去，同时有两名痘师被抓去。
穿越者医生和痘师们在南部各地威望日隆，一呼百应之下，召集了不少人前去讨要村民与痘师，最终马芝遴社归还人员，村民倒是无事，但一名痘师已重伤不治，纵使用上现代医药也是无力回天，另一名痘师在被严刑逼迫之下不得不违背元老院禁令采集被掳村民手臂上的牛痘浓浆接种至土著身上，从此接种之法流传出去，此后彰化之地，时有村落遭受土著进犯，主要是一些没有痘种的土著们为了抢夺已种好痘的村民，目标便是村民们手臂上的痘种，同时顺势抢夺粮食耕牛，烧杀掳掠的也有不少。