可是超梦对这一切视若无睹，抱着小智他们来到雷之岛后，小智虽然有万般想说，但也知道当务之急是阻止纷乱，于是进入岛屿直取雷之宝珠，然后拜托超梦将他们送到亚西亚岛的人面前，去了解下一步方案
在保护罩里待着的这段时间，他们终于有了空闲，但是奈何这只超梦的速度特别快，一晃便是个好几十公里的距离，这种状态下他们也无法对话
在行程中，看到某种岛屿上的芙萝拉，于是转换目的地，往那边赶去
“小智，你们没事吧，这只宝可梦是？”，芙萝拉似乎也在这里等着他们
“他是叫做超梦，对吧”，小智终于有了时间，给各位介绍
“恩！我帮你解决这次危机，你之后也要帮我一个忙，帮我劝说那个家伙”，声音较为柔和的超梦看上去似乎也有自己的目的
“现在不是闲聊的时候，快把宝物放在那里啊”，芙萝拉身边的一只河马王心急如焚，心想这都什么时候，还这么悠闲的聊天呢
“哦”，小智反应过来，立马答应，把火之宝物和雷之宝物放到了祭台对应的位置上。
“三只圣鸟，要来了”，超梦感应到了对方
与此同时，海面上出现一道旋涡激流，将准备前来的三圣鸟挡在外面，从里面缓缓升起了一只银白色的大型宝可梦
“海之神，洛奇亚”，河马王望着洛奇亚呆呆的念叨
“洛奇亚，我有事找你帮忙。不过在那之前借给我们力量阻止三圣鸟的斗争吧，拜托你了”，小智陈恳的在洛奇亚面前
“恩”，洛奇亚了解了小智的心意，通过水力让小智缓缓升空，和皮卡丘一起来到了自己的背面，然后承载着小智往三圣鸟那边飞去，去阻止他们，后面的超梦也跟了上去
闪电鸟的怒吼在天空降下无尽落雷、火焰鸟的圣火也开始往其他颜色转变，暗淡的火焰在天空四处扫射，急冻鸟的暴风雪在天空无边无尽
三圣鸟各自破坏着，也各自攻击着，似乎已经不能再称之为三圣鸟了，应该是三魔鸟，不过好在洛奇亚载着小智赶到，一道高空爆破直接吹散了暴风雪，刮起的台风将火焰也给熄灭，并将落雷全部引入其中，而那只超梦并没有进攻，只是在一旁其掠阵作用
海之神只有在拯救世界的时候才会出现，不过也无法阻碍世界的灭亡”，芙萝拉看着天空中和火焰鸟、闪电鸟、急冻鸟缠斗的洛奇亚说道，看来她知道一直流传的传说。
“对啊，如果传说正确的话，笛子就可以了”，芙萝拉想起了一直流传下来的传说，于是拿出笛子，开始吹奏起来，‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’，随着芙萝拉的吹奏，悠扬的笛声开始向四周扩散，让人感受了宁静。
在洛奇亚身上的小智也注意到了洛奇亚现在身上散发着虹色的光泽
“我要感谢一下，感谢抚慰我的笛声，但是凭此笛无法抚慰三只神奇宝贝，只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒，能完成这件事的只有优秀的指挥者——人类”，而后洛奇亚通过心电感应向小智和芙萝拉表达了解决这次事情的方法。
“那就交给我吧”，小智当仁不让的战了出来
“只剩下冰之宝物一件了，我觉得会的到手！然后阻止三圣鸟的斗争”
“在那之前，就拜托你了，洛奇亚。还有就决定是你们了、巴大蝶、卡咪龟、喷火龙”，小智临走前还派出三只宝可梦来支援洛奇亚，与其一同作战，估计是因为对手是三圣鸟，所以选了两只飞行系，而卡咪龟借着高速旋转，也能有一定的制空权
‘火吼！！’，喷火龙一出来望着强大的对手便兴奋的吼叫，首先就是喷射火焰打招呼，另外两只也一起动起手来
而小智准备独自去冰之岛，不过那只超梦又过来主动带着小智往那边前进了，瞬移般突然就直接到达了
“你还真是个好的宝可梦呢，太谢谢你了”，小智抱着皮卡丘在离开之前对超梦道谢着
“这就是令我的同族拥有改变契机的人类吗？”，这只超梦喃喃自语
小智到达冰之岛，一路往神社那边奔去，将蓝色宝珠握在手中，然后原路返回，来到了超梦身边，并拜托他将他送回去
不过这里却突然出现了急冻鸟，一道急冻光线将石壁完全覆盖着冰晶，身后的火焰鸟和闪电鸟也紧随其后，娜姿浮现在空中和一只与超梦一模一样的宝可梦站在一起，看来三圣鸟重新被控制住了
“两只超梦！但是那只看上去也不是常磐道馆的那只，看上去面无表情的。这种会说话的宝可梦到底有多少只啊！”，小智也有点迷糊了，
“拥有者特殊力量的人类和未知的人造宝可梦啊，不要再继续伤害他们了，难道你们听不出他们内心的愤怒嘛！”，洛奇亚和伤痕累累的三只宝可梦也赶了过来
喷火龙一赶过来就立即使出自己目前的最强组合技，龙神俯冲加蓄能焰袭的巨大火龙，只是火焰鸟的喷射火焰破坏其平衡，导致此招对喷火龙自己造成的伤害远大于对敌收益，让喷火龙损敌不足一千，自伤超过八百
而此时三圣鸟不再使用之前的招数，这次是急冻鸟的暴风雪，并且将其冰雪最小化，融入其中，从内部破坏，让其自行消散，喷火龙的最强组合技用无可用，然后闪电鸟的打雷往喷火龙这边打来
洛奇亚本想去保护喷火龙，但是却被娜姿那边的超梦给拦住了和圣鸟给拦住了，只能与其僵持
卡咪龟使出高速旋转，挡在喷火龙的面前，喷火龙的自尊无法接受这种事，将面前的卡咪龟用手甩开，准备自己承受雷电的总攻击
就在喷火龙做好准备的时候，一闪而过的一束白光抓住了他往一旁闪去，当喷火龙反应过来，面前抓住的他是一只比雕
而后跟来了许多比比鸟跟波波，最后一只巨大快龙和一只耿鬼挡在了喷火龙的身前，和三圣鸟那边对峙着，从他身上大木博士和花子也缓缓降下来到地面的小智的身边
“这是！比雕，还有快龙和耿鬼，你们赶了过来啊！是为了帮助我吗”
‘比~’
‘kai~’
“你说呢”，耿鬼没好气的说道
“比雕，你来了真是太棒了，让娜姿那家伙好好看看我们的实力，MEGA进化吧！”，小智看到来帮忙的老宠，兴奋和比雕联系起来，比雕通过联系进行形态变化，变成了MEGA形态
“这就是MEGA进化”，大木博士还是第一次见
“比雕，暴风、耿鬼，黑夜魔影、快龙，龙之波动”
小智这边到来了几只强力援军，巨大快龙可以和其中一只圣鸟战斗，耿鬼虽然只剩一半力量，但是平时多边兽都藏在他的身体空间里面，合力借助多边兽的分析能力至少也能立于不败之地，比雕虽然实力比较弱，但是他不仅MEGA进化了，还带着一堆族群，配合洛奇亚打辅助亦能有不错的成效，现在双方的实力已经持平甚至反超了
众多宝可梦在天空之上不断的迎击，你来我往，天空被各种光芒不断的笼罩
巨大快龙的龙之波动往圣鸟那边攻去，虽然体型过大行动不便，但是因为体型原因导致他的攻击范围亦在增大，三圣鸟暂且脱离了娜姿的组合控制，致使娜姿只能各自控制
比雕的暴风配合洛奇亚的高空爆破，将娜姿那边的超梦给卷入其中，而那只超梦召唤出汤匙，同时刮起一道巨大龙卷风，进行逆风旋转，破坏比雕族群的阵型，让他们无法继续当辅助，还好比雕借着洛奇亚造成的空隙使出顺风让族群们脱离了危险，并让他们飞远一些再观战好了
耿鬼亦和一只圣鸟各自进行着攻击，然后不断的分析，将情报透露给在场的所有共战者，让娜姿那边心里颇为烦躁
不知何时，声音较为柔和的超梦也加入战阵中来，和洛奇亚一起对抗那只面无表情的超梦，一开始那只超梦还能僵持一阵，但是面对超梦和洛奇亚的联合进攻，以及比雕的辅助，那只超梦也撑不下了
‘火…’（这就是那只曾经平庸的比比鸟如今的实力吗….），喷火龙不甘的握紧了双拳
小智他们乘在洛奇亚身上战斗的同时也在往祭坛赶去，现在形式很好，对这边有利，小智的脸上终于露出了稍微安心的一点的笑容
“看上去你似乎认为你们赢了”，娜姿即使面对的不利的状态依然没有慌神
“那么看看这如何，出来吧，胡地。还有超梦，助我”，娜姿的精灵球里出现的胡地突然体型增高许多，直接到达了巨大快龙一般的高度，使用汤匙让超梦暂时退了回来，然后和娜姿以及超梦共用超能力，将三圣鸟痛苦的融合在了一起
于是一直长着三圣鸟脸庞的飞行怪物诞生了，看上去极其违和，似乎是把东西东拼西凑给拼出来，长得一点都不美感
“三圣鸟，合体了！”，小智还是第一次见到传说宝可梦合体这种操作
三圣鸟合体之后，使出充电给超梦注入了源源不断的体力，自己也同时使出三属性的大范围攻击，其中的冰系招数，巨大快龙实在是有些顶不住，不过喷火龙虽然已经受了一些声，但还是在快龙面前用火焰将暴风雪给燃烧了一部分，但是实力上的差距使得他只能不断的使出喷射火焰，同时还得忍受火焰和雷电的双重攻击，好在火焰的能量他能吸收一点点，但是时间久了，体力也开始见底了
“回来吧，喷火龙，不要再勉强自己了”，喷火龙估计也是没有体力，没有避开精灵球，真的回去休息了
“还有你们也是。这次就让皮卡丘来与他们一同作战吧”，巴大蝶与卡咪龟也被收了回来
“皮卡丘，十万伏特。比雕，暴风。耿鬼，影子球。快龙，破坏光线”，小智这边发动总攻击一起配合洛奇亚
“三圣鸟，高空攻击”，三圣鸟避开其中一招，而后超梦用念力汤匙扭转其中一招路线，使得发生连锁反应，让招数全都在碰撞在一起而不伤害到他们
不过这只超梦的分神而受到了神速梦的猛攻，面对神速梦的速攻，他也有些无可奈何，只好在原地刮起巨大龙卷风，但是神速梦打开一个缺口，瞬间移动到外侧，然后超能力反控制龙卷风，将那只超梦困在其中，不过那只超梦也使用超能力来进行精神的对抗，本来一开始还能抗衡，但是不知道为什么，从天空传来了和那只神速梦同源的超能力来协助他，这只超梦也只能被困在其中
巨大胡地也没闲着，暂且挡住洛奇亚神仙骚扰，三圣鸟作为主攻，不让他们靠近祭坛，而此时发现了超梦的不利状况，对着三圣鸟喊了一声，三圣鸟将其龙卷风利用起来，风暴渐渐扩大，将在场所有人和宝可梦都包围了进去
“现在你还认为你们能靠近祭坛吗？”，现在优势反转了
“我不会放弃的，一定会有办法的。皮卡丘，帮我看一下，现在到达祭坛了吗”，小智依然不放弃，但是由于不会看地图，将地图交给皮卡丘来观看
“皮卡！”，从皮卡丘这里得到了确认
“好的。我有个想法，就拜托你们了。快龙使用暴风，洛奇亚拜托你也能使出空中爆破配合暴风，然后比雕你是用顺风，耿鬼你用精神强念送我进去，我顺着风力直接降落到祭坛的岛屿之上”
“太危险了吧，要不要拼啊”，耿鬼惊了
“为了安抚他们的愤怒，这是必要的”
“好吧，就相信你好了”
“怎么，交待完毕了吗，那么再来吧，三圣鸟，三重攻击”
三圣鸟那边分别释放出大字爆和打雷已经暴风雪，胡地也用超能系招数加大输出，两只超梦不断的战斗着
而小智这边顺着小智之前的说法，相信着他释放出了技能，使用暴风和高空爆破来对抗，并将外围的龙卷打破一个缺口，再次期间产生烟雾遮挡娜姿视线，然后借助比雕的顺风，小智跳入风的正中心，同时借用耿鬼的力量保护自己的不会受到伤害，最终终于成功落到
“小智”，没了阻碍，终于平安的到达了祭坛所在的位置，小霞看到小智后，立刻跑上前去，看到小智没事才彻底放下心来。
“我没事，第三个宝物我也拿到了”，和小霞说完后，小智就立刻跑上祭坛，把最后的宝物放到了所处的位置，“芙萝拉”，看到三个宝物就位后开始发出红色、黄色和蓝色的光芒，最后综合为绿色充填于祭坛，并从中流出绿色的泉水，绿色的泉水把周围的铭文充填后，攀上四周的七根石柱，把石柱转变为了翡翠，鲜绿欲滴后，小智对芙萝拉喊道
“嗯”，随后芙萝拉走上祭坛，吹奏起了笛子，随着‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’的笛声的不断传播，七根翡翠般的石柱也随着韵律和音符而发光，绿色的泉水不断的涌出，从祭坛向下流去，泉水向大海远处扩散，绿色的开始晕染，大海完全染成了发光的绿色
“啾啾啾~~”，而就在这时，争斗中的三圣鸟也随之复原了，围绕在四周飞舞，，乌云散去，天空开始慢慢放晴，明媚的阳光照耀着大地，覆盖的冰雪慢慢消融，绿光散尽后大海终于又呈现了蓝色，展现了它的广博
不过他们还记是谁害的他们变得之前那副惨样，先是那个男人，然后又是这个女人，三圣鸟还是给了娜姿一发破坏死光回应之前的对待，不过超梦重新回到胡地和娜姿身边，带着两人瞬间移动消逝在原地，神速梦也只是给对方留下了一个伤痕
如果他们用速度逃脱的话，神速梦当然追的上，但是因为使用空间能力逃脱，神速梦无法感知另一只超梦所感知的地点，只好让他们逃掉了
“太好了”，看到一切都恢复了，小霞非常高兴的说道，小智的脸上也洋溢着笑容，非常幸福的观看着这个由自己拯救一切
“上来吧”，洛奇亚看到世界复原后，俯下身对小智说道。
“好”，而小智则是非常兴奋的攀上洛奇亚的背，皮卡丘也跳上了小智的肩膀，而后洛奇亚就带着小智飞上了大海上空，小智俯瞰着下方的大海非常的兴奋，虽然刚才也经历过，不过那是毕竟是要带回冰之宝物，没有时间欣赏，而且这时洛奇亚的身后从海里带出一股海流，在空中前进，非常壮观，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞在一旁，当然小智的比雕也带着自己的族群来凑热闹，而巨大快龙和耿鬼就坐在海边观看着一切，之前来橘子群岛的神奇宝贝们也要各自回自己的故乡了，现在是真正的天海交融了
飞行了一段时间后，海流回落于大海中了，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也各自飞回了自己的岛屿，洛奇亚则是把小智送到了祭坛所在的岛上，芙萝拉这时也停止了吹奏，祭坛也恢复了原样
“就把我当成传说中的存在吧，对于这个世界来说也是一种幸福”，事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了，他通过心灵感应对大家说道。
“对了，我有件事想问你，不知道你可不可以先回答我”，小智想起了正事
“问吧，优秀的指挥者”
“我想问这个GS球，据说是你用身上的银色之羽和凤王的虹色之羽部分制造而成的，形成的金银二色，而且我还听这颗精灵球能够接触到时拉比，时拉比可以穿梭时空，是不是真的！洛奇亚你能告诉时拉比的行踪吗”
“没想到我们的羽毛被做成了这种精灵球啊，确实能感应到部分我的能量和另外两股未知的力量，而且还是处于被封印状态，也许其中一种就是时拉比，我试试能不能解开封印吧”，说完洛奇亚将精神力量附在GS，一会后，GS球上传来了一声脆响，看来是解开了一部分封印
“我只能解开契合我那部分的封印，但是凤王的力量封印以我目前的状态不太方便，只能强行冲破封印，但是这样会引来那家伙，又会引来无畏的争斗，所以就这样吧，现在的GS球已经能唤醒时拉比一部分力量”
“哦，好的，谢谢你，洛奇亚”
“那么这次就暂且告别了，优秀的指挥者啊”，事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了
“恩，再见！”，大家也挥手告别洛奇亚
“小智，小智——”，这时一旁有人在呼喊小智。
“妈妈”，原来是小智的妈妈他们终于从祭坛后的山上爬了下来，小智看着急切的跑过来的妈妈
“小智，我看到了，为什么做这么危险的事”，小智的妈妈气喘吁吁的跑过来就非常生气的问小智说
可是，小智拯救了这个世界”，小霞则是在一旁替小智说话，希望缓解一下气氛
“那又怎么样，你还是小孩子，不能乱来啊；拯救世界，赌上性命去做？小智不在的话，就没有小智的世界了，就没有我的儿子了，因为有你，所以才有世界”，小智的妈妈花子说着说着语气就弱了下来，眼中开始出现泪水
“妈妈，对不起”，小智也有点尴尬，但也理解了母亲心里的担心，就如同自己的那些宝可梦一样，如果他们做出了超过能力范围的事，直接也会非常心疼
“恩，知道就好，乖孩子”，花子抱着小智说道
“好，快点来研究这件事吧，返回真新镇了”，大木博士刚到这里后就急着要回去研究了，而后就跑开了，主动跳上了快龙的背上，和比雕以及耿鬼开始回城
“比雕，耿鬼还有快龙，我们真新镇再见！”，这次是和自己的宝可梦暂且告别
“对了，还有超梦那个家伙？咦！她人呢？”，小智准备去寻找超梦的时候发现其已经不见踪影了
天空上
“这就是让你拥有了改变契机的人类吗？确实不错呢！”
“是啊，不过也还是有一些类似坂木那样的家伙。没想到他居然又成功的造出了我们的同位个体。他模仿我的语气招呼各路训练家是为了把我引出去吧，但是你与我的相同以及差异打了他一个措手不及，还将那只超梦成功的引到了这边来，我也把那些人类救了出来”，一只声音比较凌厉的超梦身后有许多睡着的训练家浮在空中，其中包括一位在开头和信封快龙战斗的那个叫做勇次的训练家
“那么这些人类就交给那个叫小智的吧”，说完他们不负责任将这群人直接安落在小智面前，小智看着突然出现的众人，有点吓到
不过小健上前来观察，发现大家都没什么大碍，于是给他们喂了许多药，让他们清醒过来，各自清醒过来之后和小智他们道谢之后就离开了，不过勇次却留了下来
PS：第一次码剧场版，真的有点不适应。本来是想让这写好多内容的。比如娜姿拘束了那个抓三圣鸟的大叔将其带到火箭队，抢取其科技。战斗中也想让坂木加入进来，然后让橘子群岛的首席训练家勇次加入进来，让其知道小智的实力，和小智打一场友谊赛得了（不太想写橘子联盟），然后三超梦混战，本来开头设置的送信的超梦就是逆袭梦，逆袭梦不认同神速梦的理念，但也看那只听命火箭队的超梦不爽，神速梦无法理解逆袭梦的纠结，还得面对火箭队超梦的攻击，火箭队超梦纯属阵营问题两边打。但是写到后面，突然就不想这么码了，干脆变成神速梦和逆袭梦一队算了。还有通过GS球让其和背后灵的过去联系起来，洛奇亚在战斗中解开GS球的一部分封印，金色的封印代表着过去，银色代表未来，然后通过GS球的力量带着战斗中的众多PM和小智穿越到了既是未来又是过去的时空（背后灵曾经在PM世界冒险时的胡巴剧情）