杰克逊重建球队的第一个步骤是在队中强化了防守的概念，通过球员一层层压迫式的带有侵略性的防守将乔丹与皮彭从繁重的防守中彻底解放出来，使攻守呈现了一个双赢的局面。
接着杰克逊挖来了自己在尼克斯效力时的教头温特，并在其协助下祭出了著名的三角进攻战术，通过球员的频繁跑位为进攻创造出多样化的选择空间。
乔丹将自己平均每场的得分降到了315分，他牺牲部分进攻机会给公牛队带来的局面是61胜21负的常规赛战绩，并在最后与湖人队的总决赛里4比1拿下对手，为公牛赢得了25年来的首个总冠军。
此后的两个赛季，杰克逊率领公牛队蝉联了总冠军，完成了第一个三连冠的霸业。他还众望所归成为全明星赛东部明星队的主教练。
在经历了科林斯时代的低迷不振与杰克逊时代的一飞冲天之后，乔丹对杰克逊的景仰如滔滔江水一般，“菲尔具有一种能使人保持清醒冷静的能力，这让我们在喧器之中始终拥有面对现实的勇气，迎接各种挑战。”
94年不堪承受丧父之痛的乔丹退出了nb，杰克逊带领着失掉了主心骨的公牛队在常规赛里赢得了55场的胜绩，但他们最终止步于季后赛半决赛，杰克逊用皮彭与库科奇指引前程、维持公牛王朝盛景的希望落了空。
1995年与篮球难作了断的乔丹回归联盟，在经过一段艰难的恢复适应和调整磨合时期后，杰克逊率领着重振士气与声威的乔丹与公牛队闯入了季后赛，但他们最终同样被阻于东区决赛门外。
95年杰克逊的执教生涯达到了巅峰时期。乔丹与皮彭的状态都在稳步提升，其他球员也均有能力证明自身价值，尤其重要的一点是，公牛队在交易市场上得到了饱受争议的罗德曼。
由乔丹、皮彭与罗德曼支撑起来的三角进攻战术成为公牛称霸联盟的无敌杀手锏。公牛队在这个赛季所呈现出来的一种壮观局面是乔丹第次成为联盟得分王，罗德曼则连续第五次荣膺篮板王称号，球队在常规赛里取得72胜10负的nb联盟史上最佳战绩，然后他们以季后赛仅负一场的傲人战绩昂首挺进总决赛。
在与超音速队的决战中，他们以4比2享受了最后的疯狂，与此同时，他们所取得的整个赛季7胜13负的总战绩也成为nb历史上前无古人的纪录，杰克逊将公牛队带入了一个空前的境界。96年全明星赛，杰克逊再度毋庸置疑地成为东部明星队的主帅。
第二年杰克逊率领公牛队取得了nb史上的第二个最佳战绩69胜13负，并在总决赛里以4比2令爵士队俯首称臣，第五次亲吻了总冠军奖杯。