在此后的几千年中，中医在医学领域“一枝独秀”。春秋战国时期中医理论已经基本形成，出现了解剖和医学分科，已经采用“四诊”，治疗法有砭石、针刺、汤药、艾灸、导引、布气、祝由等。
西汉时期，开始用阴阳五行解释人体生理，出现了“医工、金针、铜钥匙”等。东汉著名医学家张仲景，他已经对“八纲”（阴阳、表里、虚实、寒热）有所认识，总结了“八法”。
华佗则以精通外科手术和麻醉名闻天下，还创立了健身体操“五禽戏”。唐代孙思邈总结前人的理论、经验，收集5000多个药方，并采用辨证治疗，因医德高，被人尊为“药王”。
唐朝以后，中国医学理论和著作大量外传到高丽、倭国、中亚、西亚等地。两宋时期，大宋朝廷设立翰林医学院，医学分科接近完备，并且统一了中国针灸由于传抄引起的穴位紊乱，出版《图经》。
金元以后，中医开始没落。明清出现了温病派时方派，逐步取代了经方派中医。在明朝后期成书的李时珍的《本草纲目》标志着中药药理学的另一高峰。
只可惜，自清朝末年之后，华夏受西方列强的侵略，国运衰弱。同时西方思想和现代医学（西医）大量涌入，严重冲击了中医发展历程。
清末民国时期，那些全面接受西方思想的精英人物，西方最精华的科学技术没学习到多少，回到自己的国家看什么都不如人，全盘否定自己的传统文化。废除古文，废除中文，废除中医，废除一切他们认为可以代表华夏文明的一切，恨不得把自己的老祖宗的根挖断。
在这种背景之下，在华夏医学史上，我国曾三次发生废除过中医的运动。
1879年，清末国学泰斗俞樾先生在其《废医论》中首次明确建议废除中医。俞樾先生认为中医的所有理论均建立在阴阳五行之上，辅以一些肺腑经络的学说，这是一件非常荒谬且愚昧的事情。
而俞樾先生的这一倡议顿时得到了晚清一大批学者的响应，比如著名学者严复认为“其例之立根于臆造，而非实测之所会通”，也就是说当时的学者对于中医的质疑基本上来源于对中国古代“玄学、巫术”也就是“迷信”的质疑。
当你连基本理论都是错误的时候，还怎么能去说建立其上的学科是正确的？
不过相较于其他学者，俞樾和严复已算是较为理性派，比如俞樾先生晚年的著作《医学说》则认为“医可废，而药不可废”，虽然他有着别人所没有的理性思维，但是“药不可废”依旧表明了那个时代以及一名国学研究者，而不是医学研究者的局限性。
在那个西医尚且存在着很多荒谬之处的年代里，当时的科学技术不可能从分子层面去分解中药材，而得出诸多中药才是身体健康最大的杀手的结论。
梁启超就曾激烈的抨击中医为：“学术界之耻辱，莫此为甚矣！”
陈独秀更是在《新青年》报上撰文，“不解人身之构造，不事药性之分析，惟知附会五行生克寒热阴阳之说，其术殆与矢人同科。”在陈独秀看来“杀人以中医与弓，有以异乎？”
到了1912年，北洋政--府颁布《壬子癸丑学制》，并将中医排除在正规教育系统之外。教育总长汪大燮公开表示：“吾国医毫无科学概要根据、余决意今后废去中医，不用中药。所请立案一节，难以照准。”
上述两次废除中医运动还只是一部分人的提议，属于个人对中医的反对行为，对中医本身有冲击，但是危害不大。