1406年，朱棣等主持收集编成《普济方》(载方六万一千七百三十九个，是我国现存最大的一部医方书。)1567年在宁国府太平县试行中国人痘接种方法预防天花。(种痘预防天花是人工免疫法的开端，是医学史上的重大成就。十七世纪我国种痘技术已相当完善，并已推广到全国。我国种痘法于十七世纪初传入欧洲。)1596年李时珍著《本草纲目》在南京正式出版刊行同期问世的还有《濒湖脉学》《奇经八脉考》等1601年，杨继洲著《针灸大成》1617年，陈实功著《外科正宗》(收集了大量有效方剂。他注重实践，勇于革新，创造性地进行了截趾（指）、气管缝合等外科手术，对我国外科学作出了贡献。书中对一些肿瘤也作了论述。)1624年张景岳撰《类经》刊行，同年，景岳再编《类经图翼》和《类经附翼》1640《景岳全书》64卷成书1641年吴有性撰《瘟疫论》王夫之在《思问录·外篇》中提出了关于生物体的新陈代谢的观念，他说：“质日代而形如一，……肌肉之日生而旧者消也，人所未知也。人见形之不变而不知其质之已迁，……”
农学
1376俞宗本著《种树书》(记载了多种树木的嫁接方法，如桃、李、杏的近缘嫁接和桑、梨的远缘嫁接等)1406年，朱橚《救荒本草》问世(收集四百一十四种可供食用的野生植物资料，载明产地、形态、性味及其可食部分和食法，并绘有精细图谱)1511年中国种植玉米（有疑点，可能不正确）1547年马一龙著《农说》(记载了水稻的精耕细耘、密植、育苗、移栽等的种植经验，是我国第一部运用哲学观点来阐述农业技术的著作。)1582年藩薯传入中国，1596年屠本畯（jun）著中国现存最早的海洋生物专著《闽中海错疏》(记载了沿海一带以海生无脊椎动物和鱼类为主的二百多种水族生物的形态和生活习性等。)1608年，喻仁（喻本元）、喻杰（喻本亨）合著《元亨疗马集》(著名的兽医学著作，内容包括对马、牛和骆驼的治疗经验，至今仍有实用价值。)1617年赵蛹著《植品》(有关西红柿的种植技术等)1628年徐光启撰《农政全书》
地理
1405－1431年郑和率大型远洋船队到达西洋三十余国；徐霞客著《徐霞客游记》1425年《郑和航海图》编成1536年黄衷著《海语》(记录东南亚史地与中国南洋交通情况)1565年胡宗宪编《筹海图编》记录中日交通及抗倭事1589年出现最早的世界地图《坤舆万国全图》1639年顾炎武开始编著《肇域志》《天下郡国利病书》
化学、冶炼及化工
1521年四川嘉州(今乐山)凿成深达数百米的石油竖井1596年记载以火爆法的采矿技术1596年，李时珍在《本草纲目》中记载了二百七十六种无机药物的化学性质以及蒸馏、蒸发、升华、重结晶、沉淀、烧灼等技术1637年，宋应星在《天工开物》中记述冶炼技术时，把铅、铜、汞、硫等许多化学元素看作是基本的物质，而把与它们有关的反应所产生的物质看作是派生的物质，从而产生化学元素概念的萌芽。
《崇祯历书》
崇祯二年（1629年6月21日），徐光启时任礼部尚书，再次提出修历建议，是年崇祯帝批准并下令设立历局，由徐光启领导，修撰新历。并要求他“广集众长，虚心采听，西洋方法不妨兼收，各家不同看法务求综合。”徐光启奉崇祯帝旨，在钦天监开设西局。1629～1634年徐光启、李之藻和李天经，先后以西法督修历法，任用西方人汤若望（德）、罗雅谷（意）、龙华民（意）、邓玉函等修成《崇祯历书》共46种137卷。
全面发展科学的设想
徐光启重视演绎推理，并特别把重点放在数学上，认为数学是其他一切自然科学和工程学的基础。徐光启在崇祯二年（1629年）即成立西局同年的七月二十六日，给崇祯帝上奏《条议历法修正岁差疏》中说“盖凡物有形有质，莫不资与度数故耳”，提出“分曹”料理，即分学科研究的思想，并论述数学和其他科学的关系，及数学在生产实践中作用。他认为数学是“从用之基”，提出“度数旁通十事”：治历、测量、音律、军事、理财、营建、机械、舆地、医药、计时。在他掌管的“历局”内开展以数学为根本，兼及气象学、水利工程、军事工程技术、建筑、机械力学、大地测量、医学、算学及音乐等学科的研究工作。历局有了科学研究机构的雏形。崇祯帝对此积极反应和支持，下旨批示“度数旁通，有关庶绩，一并分曹料理，该衙知道”。徐光启开创的“格物穷理之学”有李之藻，李天经，孙元化，王徵，其后又有方以智，王锡阐等发扬。
明朝火器与神机营
明朝永乐八年（1410年）征交趾时，明成祖朱棣在京军中组建了专门的枪炮部队——神机营，这种独立枪炮部队建制在当时中国乃至世界各国都处于领先地位，比欧洲最早成为建制的西班牙火枪兵（创建于1510年），要早一个世纪左右。
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对外关系
郑和下西洋路线郑和下西洋
为宣扬国威，加强与海外诸国的联系，明太宗派郑和出使西洋。从1405年到1433年，郑和七次航海，访问过亚非30多个国家和地区，最远到达红海沿岸和非洲东海岸地区，（一说进行环球航行，见1421中国发现世界）。又派遣吏部验封司员外郎陈子鲁出使撒马儿罕、吐鲁番、火州等西域十八国，加强了明朝同世界各国的经济政治上的往来，为中国走向世界做出了贡献。
仁宗朱高炽继位后，停止下西洋活动。宣宗朱瞻基继位后，于宣德五年（1431年）闰十二月初六日，派郑和第七次也是最后一次下西洋，这一次，郑和在返航时去世，去世的地点正是第一次出海的终点，古里。到了明宪宗年间，曾有太监向宪宗提议再次下西洋，于是皇帝下诏到兵部索要郑和出使的海图等资料。但由于刘大夏等官员认为下西洋为一大弊政，有害无益，因此将当年郑和出海地图等资料藏匿起来（一说将其销毁），兵部尚书项忠命吏入库搜索无果，再次下西洋一事于是作罢。
戚继光海禁与抗倭
元末明初，元末明初开始随着元朝海军的灭亡，明朝前期后海军的弱化，日本的武士、商人和海盗，经常骚扰我国沿海地区，被称为倭寇。为防倭寇，朱元璋颁布了海禁政策。明朝中期，朝廷误以为“倭患起于市舶，遂罢之”。那时候，明显发展的私人海外贸易，受到严厉限制。中国东南沿海的一些奸商，与倭寇相勾结，共同走私、抢掠分赃，倭患愈演愈烈。
明朝派戚继光到浙东抗倭。他率领戚家军，在台州九战九捷，取得抗倭斗争的重大胜利。后来他又率军开赴福建、广东，与另一位抗倭将领俞大猷连续重创倭寇。到1565年，东南沿海的倭寇基本剿清，民族英雄戚继光的抗倭业绩，万古流芳。
倭寇平息后，朝廷有鉴于对外贸易对沿海居民的重要性，逐步解除海禁，使民间走私贸易正当化，国际贸易使中国进入了逐渐成形的世界贸易体系之中。
万历援朝战争
丰臣秀吉统一全日本后，意欲占领李氏朝鲜。万历廿年，日本进攻朝鲜，朝鲜国王逃到义州并派使节向明朝求救。明朝取得战争的胜利，中日进行和谈。但万历廿五年后，日本再次进攻朝鲜。万历廿六年，丰臣秀吉死，日军大败退回日本。此即为万历援朝战争。
中西交流
16世纪，新航路开辟以后，葡萄牙人于1511年占领了马六甲，愈甚渴望对中国的往来。明武宗正德七年（1513年），葡萄牙国王派出一支对华使团前往中国，并在广州登陆，希望与明政府建交。后来，中国皇帝同意葡萄牙人在澳门开设洋行，修建洋房，并允许他们每年来广州“越冬”。这是西方列强第一次正式性的登陆中国并接触中国。
万历二十年（1592年），罗马教皇派出利玛窦去中国教区工作。由于利玛窦很快学会中文，并穿儒服、通儒书，颇得明朝士大夫好感。后被举荐至京，颇得神宗信任。他进献坤舆万国全图、自鸣钟、日晷、西洋炮、望远镜、火枪、西药、圣母像、十字架等贡等贡品，先后在北京、肇庆等地展出。利玛窦不仅传播天主教，还启发徐光启、李之藻等人学习西学。另外他还将中国各种文化传入欧洲，如儒家思想、佛道学说、围棋等，可谓“贯通中西第一人。”另外，有不少明朝军队装备相当数量的火器，包括西洋“红夷大炮”“佛郎机炮”和中国自己发明改造的种类，当时有人评价，这些改造的火器，“犹胜西番”。
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帝王世系
明朝皇帝（16位）
姓名庙号谥号年号陵墓
朱元璋太祖高皇帝洪武（1368年——1398年）孝陵
朱允炆惠宗让皇帝（又谥惠帝）建文（1399年——1402年）待考
朱棣成祖（原为太宗）文皇帝永乐（1403年——1424年）长陵
朱高炽仁宗昭皇帝洪熙（1424年——1425年）献陵
朱瞻基宣宗章皇帝宣德（1426年——1435年）景陵
朱祁镇英宗睿皇帝正统（1436年——1449年）、天顺（1457年——1464年）裕陵
朱祁钰代宗景皇帝景泰（1450年——1457年）景泰陵
朱见深宪宗纯皇帝成化（1465年——1487年）茂陵
朱祐樘孝宗敬皇帝弘治（1488年——1505年）泰陵
朱厚照武宗毅皇帝正德（1506年——1521年）康陵
朱厚熜世宗肃皇帝嘉靖（1522年——1566年）永陵
朱载垕穆宗庄皇帝隆庆（1567年——1572年）昭陵
朱翊钧神宗显皇帝万历（1573年——1620年）定陵
朱常洛光宗贞皇帝泰昌（1620年）实际在位一个月庆陵
朱由校熹宗悊皇帝天启（1621年——1627年）德陵
朱由检毅宗（原为思宗）烈皇帝崇祯（1628年——1644年）思陵
南明皇帝（4位）
朱由崧安宗简皇帝弘光（1644年——1645年）待考
朱聿键绍宗襄皇帝隆武（1645年——1646年）隆武陵
朱聿鐭文宗节皇帝绍武（1646年）绍武陵
朱由榔昭宗匡皇帝永历（1646年——1662年）永历陵
注：明太祖孝陵位于南京紫金山南麓，惠宗与安宗葬处不明，景泰陵位于北京海淀区玉泉山北麓，隆武陵位于福州罗汉岭，绍武陵位于广州越秀公园内，永历陵位于贵州都匀高塘山，其余十三位皇帝陵墓位于北京昌平县天寿山明十三陵。
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