上元节才过，清军便在官长的驱使下向宁波扑来，在郑军无心抵抗之下，清军次第收复了宁波府城和镇海县城，名义上将郑军再次逐出了大陆。为了防止郑军再次闯入甬江及钱塘江，浙江巡抚张鹏翮力主在乍浦港和镇海建筑炮台。然而建炮台也好、铸炮也罢都需要钱，清廷财力本来已经极为困顿了，自然兵部是拿不出这笔开销的。
清史上号称清代第一清官、政声甚至好过大小于成龙的张鹏翮自然不会把来钱的目标放在老百姓头上，张鹏翮不但不把来钱的路数使在老百姓头上而且上疏北京声称绅民一亩地捐谷四合，实在盘剥过重，旋即又以杭州、嘉兴、绍兴、宁波等府兵祸之后秋收无存为由，请户部暂免缴纳第二年的赋税。
结果这两个折子到了北京，康熙一看自然心头不快，不过张鹏翮是为民请命，若是否决的话岂不是说自己是无道昏君吗？所以康熙在两个折子中寻了一个差错，批示道“昨岁浙江兵祸，循例蠲赋，并豁免钱粮，岂可强令捐输？鹏翮原题力不能者听，自相矛盾。”并籍此下部议，心领神会的吏部自然知道如此处置，于是张鹏翮就此贬为了兵部侍郎。
虽然清廷马上任命贵州布政使蒋寅接任浙江巡抚，但张鹏翮的去职还是使得浙省的军政出现了空白，不过郑军并没有利用这个机会重新踏足大陆，这倒不是郑军的消息闭塞，而是郑军正根据苏浙之战的战后总结进行整编。
苏浙一战的结果表明郑军的兵力不足以支撑大规模的战事，而且不但是总兵力不足，师团两级的建制尤小，在单独投入作战后不足以应对复杂的局面，为此郑军便迅速调整了现有的编制，将原来的团级编制扩大为八个哨。如此一来步哨的数目扩大一半，单个团的总兵力也有原来一千一百多扩大为一千五百余。除了团级建制扩大以外，师一级也增加了一个选锋哨和一个只配有少量战马的斥候哨。选锋哨与跳荡哨一样是重甲纯肉搏部队主要用来在混战中突破清军阵线、阻挡清军攻势；斥候哨接替骑军哨承担探查和传递情报的工作，骑军哨则整编为轻甲燧发枪骑兵，在继续承担远程侦查任务之余可以充当突破的另一把尖刀。
经过整编，郑军师一级的兵力扩大为五千六百余人，陆师十三个师的总兵力达到了七万三千五百余人，再加上直属参军院的臼炮团、重甲骑军团，直属郑克臧本人的安平城留守司等部队以及东宁地方汛兵，东宁陆师的规模达到了空前鼎盛的状态
康熙三十年二月二十日，只需补充两个步哨便完成了整训的海龙骧师第四团在舟山分舰队的掩护下闯入黄河口。当时的黄河入海口在苏北云梯关一线，原是灌河的入海口，宋光宗绍熙五年（1194年），黄河夺淮以后，即变为黄河入海口，不过在康熙年间由于黄河几乎年年决口，因此冲积平原大肆向海中扩张，海口已经距离云梯关有五十余里之遥了。
不过云梯关在明代曾经是苏北海防重地，筑土城五座，设置大河卫，驻兵防守，清廷承明代制度在此也驻有漕标及河标各营，但是由于海岸线的东移，因此这些承平已久的守军官兵固然知道郑军在东南纵横，一时也无甚防备，自是被郑军一鼓而下。
云梯关失守之后，河道总督及漕运总督所在的清江浦便直接暴露在郑军兵锋之前，时任漕运总督董讷和河道总督王新命都是文臣，淮安知府更是没有经历过战事，所以上下一时惊慌失措，只得紧闭城门死守淮安，同时向在安徽的寿春镇、归德镇以及扬州、徐州等地求援。
由于清廷规定清江浦以北的运河只能由漕运船只通过，因此大量旅客都必须在此进行“南船北马”的交通方式的变更，所以清江浦当时繁华不亚于扬州、苏州。但关闭城门的命令一出却使得相当数量的商贾在此进退不得，不得已一众商人只能以各种方式向决定封门的两位总督大人求情及施加压力。
鉴于这些商人中不少是阿哥、王爷的门下包衣，董讷、王新命不得不作出妥协，于是在郑军前锋还没有到达之际，无数的商人携带着金银珠玉等积蓄或乘船南返或骑马北行，纷纷逃离了清江浦，繁华的城市立刻变成了死城。不过这些急于逃遁的商人并不知道郑军其实没有力量攻克淮安，而零散出逃的商人却成了郑军斥候们的最好猎物
鉴于清江浦的自我封闭将导致漕运中断，闻讯的各地清军不敢怠慢，纷纷向淮安增援而来，郑军则虚晃一枪掉头原路返回，并在返程路上一把火烧掉了云梯关。
得到郑军撤退的消息后，王新命和董讷如释重负，立刻向清廷大吹大擂自己的功绩，却忘了在第一时间通知各路来援的清军，结果导致正在淮上执行追剿任务的清军寿春镇、归德镇回撤不及时，以至于一度已经山穷水尽的赣西义军所部趁机向西杀入河南境内并与活跃在新蔡、息县、商城等地的熊心部会师。
两股赣西义军合流后，势力迅速膨胀，但由于担心各路清军的攻击也将纷至沓来，为此熊心率部一路西进，杀入豫西山地，连夺正阳、确山、泌阳、唐县等地，此时清军南阳镇已经先开赣西后赴皖北，而狭西清军也不过只在河洛之间，因此义军得以迅速站稳脚跟。
但义军此时犯下一个大错误，熊心按捺不住自己的野心，随在舞阳登基自立为大明皇帝，年号绍佑，并大肆分封百官，此举固然使得意欲从龙的豫西豪强纷纷投靠，但也招来了清廷的极度敌视，清廷调集湖北勋阳镇、狭西汉中镇以及河南南阳镇、归德镇并入河洛的狭西绿营齐齐向豫西南压来，在经过了数场大战之后，只有少数后来投靠的豫西部众逃入伏牛山地外，熊心部在舞阳城下灰飞烟灭了。