绝对能力者计划已经开始数月，数月来，不知用了多少种不同的方法，也不知道杀死了多少张同样的面孔，但一方通行还是能够明确的感受到。
自己的能力并没有变强太多，仿佛进入level-5之后便遇到了一个巨大的瓶颈，尽管知道想要救出郑战自己就必须达到level-6。但不管怎么努力，能力的提升依旧比不上过去提升的速度，数月来甚至没有发生太大的变化，达成绝对能力者的目标开始变得遥遥无期。
数月来，为困在SAO中的玩家四方奔走的上条当麻也发现了一方通行行为的异常，但因为SAO游戏玩家的原因，却一直腾不出空来关注这位自己兄长的女朋友。
在上条当麻眼中，铃科百合子是郑战的女性朋友，换句话来说就是女朋友。
但可惜的是，数月的努力却和一方通行一样，没有解救一名被困在SAO中的玩家，反倒是好几次因为自己朋友的尝试差点伤到学园都市各大医院中的SAO玩家。
SAO这款游戏依旧牵动着无数人的心弦，而绝对能力者计划也在正式开始数月后被一些曾经的参与人员发现了其中的端弥。
这其中便有食蜂操祈这位蜜发星星眼的常盘大小姐，本来受上条当麻的邀请开始想方设法解救SAO中的玩家，但却在偶然之下发现了绝对能力者计划中量产的克隆人。就和曾经发生在自己身上的事情那样，食蜂操祈想到了自己过去的友人，于是在好奇心驱使下，在帮助上条当麻的同时开始关注起那些频繁出现在学园都市各处的克隆人。
学园都市排名第三的level-5能力者的克隆体，被称为御坂妹妹的存在。
在食蜂操祈的记忆中，那是自己好友的妹妹，当然这个好友指的并不是同样身处常盘中学的超能力者。
更多的人在不同人的影响下发现了正在进行的绝对能力者计划。
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p;学园都市能力开发的终极目标是“SYSTEM-成为宛如神明意旨一般降落凡尘的人”，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在——绝对能力者（Level 6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了“绝对能力者进化计划”。
经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的超能力者中只有郑战和一方通行有机会进化为绝对能力者，但需要250多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者。
因为没有能使人能够活250年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好128种战场将超电磁炮杀害128次，一方通行便可以进化为绝对能力者。
而郑战则需要根据自身的力量创造出数万种这个世界不存在的东西，或者创造出自己无法转化制造的名为生命的东西便能成为绝对能力者。
但是因为无法准备128个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的“量产型能力者计划”中的“妹妹们”，由于量产型的“妹妹们”只有level-2级能力的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及20000名“妹妹们”也可以达到相同的目的。另一边，想要让郑战达到成为绝对能力者，则需要独自一人消灭破除由数万人精神力结成的名为御坂网络的精神网络。
本来这个计划只是针对郑战一人，不需要妹妹们做出实际的牺牲，只要用她们连接的网络无脑向郑战压下便能达到想要的效果。
但御坂网络的作用明显不止这么一点，光浪费在郑战一人身上，学园都市的高层显然不会满意。
于是在绝对能力者计划开始前，他们想到了一个一石三鸟的计划，由茅场晶彦的协助将郑战困在他自己开发的游戏SAO，同时让外界的一方通行开始模拟实战，接着再将实战中损失的克隆体所有的将身体经过桥接的方式转移到游戏中，而将人类的灵魂转移到游戏中的技术也多亏茅场晶彦提供。
从一开对一方通行的实验便建立在户外环境，由于妹妹们组成的御坂网络已经和SAO连接，在她们死去之后的数秒内精神能够通过御坂网络传入SAO中，因此唯一的问题便是尸体处理。
但这点显然难不倒学园都市的研究者。
几乎就在御坂妹妹们开始大量死亡的同时，绝对能力者计划的实施者们便控制住了碧玉大楼内的游戏服务器，在碧玉游戏还未宣布破产的情况下，在山田秀一的帮助下转移大楼内的服务器。
数月后的现在，留在碧玉大楼的服务器已经不再是最初的那批，原来的游戏服务器通过各种方式被运出了学园都市，同时一具具鲜活的尸体也随着服务器的更替而增多。
就是在这种情况之下，名为御坂美琴在学园都市中排名第三的超能力者发现了自己身边出现的异常情况。
因为绝对能力者实验次数的增多，克隆人的目击事件越来越多，身为学园都市明面仅有的七名超能力者之一，御坂美琴自然也发现了绝对能力者计划。
一方通行前往约定实验地点的同时，这个消息也被知情者食蜂操祈透露给了因为妹妹们而讨厌的超能力者御坂美琴，同样的地点，不一样的目的，学园都市中最为强大的存在将会在不久后发生最为真切的冲突。
此时，游戏中，郑战却刚刚通过莉兹贝特强化完自己的武器。
由于时间的不同步，虽然游戏中已经过去近一年时间，外界也不过过去半年不到。但仅仅是这么短的时间内，SAO在开服之后的玩家死亡退出事件后，终于再次出现了对普通玩家来说有着巨大威胁的杀人玩家组成的杀人公会。
与依依不舍的亚丝娜告别，将塔尼娅暂时寄养在亚丝娜身边，独自一人带着阿尔戈提供的信息，郑战向艾恩葛朗特下层区域而去。