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夜晚，临时试验场的幸存者汇集处，葛城美里悠悠转醒：“我还活着……”
“加持……”转过头，葛城美里看到了守候在自己身旁的男人。
“太好了，葛城。”
“律子呢？”
加持回答道：“不要担心，她伤的比你轻。”
不远处，是一个直径数公里的巨大爆炸坑洞。
突然想起了更重要的事情，葛城美里问道：“明日香呢，EVA三号机呢？”
“她被当成使徒处理掉了，初号机干的。”加持回答道。
听到被当成使徒处理掉，葛城美里只是悲伤，虽然前因后果了解得有限，但也不难猜出是因为使徒出现了意外。
但是……被初号机处理掉……
初号机的驾驶员，是碇真嗣啊……
而碇真嗣……是明日香所喜欢的男孩子。
明日香……是在怎样的绝望中……
画面一转，一处巨大的空间中，EVA初号机正站在一座金属的巨大金字塔顶端，四周全是被他破坏的痕迹。
镜头拉远，从顶部的光线来看，这竟然是一个巨大的地下空间，巨大到完全不输于三体世界的地
下城！
司令室内，收拾好情绪的女工作人员报道：“初号机的联动回路被切断了！”
“弹出信号呢？”
“插入栓内部被反锁了！”
一旁的另一个工作人员总结道：“这是要固守城池啊……”
“快住手，真嗣！你知道自己在做什么吗！”一位和碇真嗣私交还不错的工作人员劝到。
他很理解碇真嗣的痛苦，但这里是全世界最重要的地方，是NERV的总部，实在是不能再闹的地方。
“别再惹我了……初号机还剩余285秒，这么长的时间，足够毁掉半个总部了。”
“真嗣，听我说，如果不是碇司令的指令，你可能就死了！”
“和这个无关……”
“但这是事实啊！”
碇真嗣愤怒的说道：“我都说了我不管这些！爸爸他……他杀了明日香！还是……经我的手！”
盛怒之下，碇真嗣驾驶初号机用力地踩踏着金字塔形的司令室。
“为什么！为什么！为什么啊！爸爸什么都不懂！我竟然相信他……我真是个白痴！我要让爸爸也常常失去重要的人的感觉！这样他就会明白了！”真嗣怒吼着。
然而，哪怕是司令室都在因为初号机的破坏而震动，碇司令也是不为所动，下令道：“把LCL液体的压缩浓度调到最大。我可没空跟小孩子耗着。”
碇真嗣这里，和三体世界的人类飞船里，用来呼吸的深海加速液一样的LCL液体浓度突然增加，呛了两口水，过浓的氧气让他很快失去了意识。
碇真嗣从梦中惊醒，眼前是熟悉的天花板。
室外，针对三号机体的回收处理工作正在进行。
一间黑暗的房间里，一团奇怪的设备发着诡异的红光。…
“细胞组织侵蚀的痕迹虽然已经消失，但不能确定她是否遭到使徒的精神污染。也只能先隔离她了。”房间之上的观察窗口，赤木律子说道。
她身后的助手有些担心地问道：“应该不会要除掉她吧……”
然而赤木律子的回答却十分冷血：“这可是宝贵的研究样本，不会的。”
另一处压抑的巨大房间内，碇真嗣被拷着三个手铐，站在碇司令面前。
“违反命令，私自占有EVA，幼稚的恐吓，这些全部都是犯罪。”碇司令的声音回响在巨大的房间内：“对此你有什么想
说的吗？”
“是的，我以后再也不要驾驶EVA了。”碇真嗣回答道。
“是吗，那就滚吧。”碇司令冷淡地回答道，不带一丝父子情面。
碇真嗣转过身，这时碇司令的声音再次传来：“又想逃走吗。”
无论是里，还是EVA世界刚刚开始驾驶初号机的碇真嗣，都皱起了眉头。
好像一开始，驾驶EVA都是被强加在我身上的责任吧，这样何来逃避一说？
“为了实现愿望，要有牺牲一切的准备，要用自己的力量来实现，而不是靠别人给予。真嗣，成熟些吧。”
碇真嗣沉默了一会儿，回答道：“我根本不明白什么是成熟。”
烈日下，碇真嗣一个人行走在路上，此时碇司令已经命令将他的资料全部剔除，从此以后初号机的使用，将以傀儡系统为基础。
基地内，和驾驶员们相熟的工作人员们讨论着，说凌波丽竟然没有挽留碇真嗣，觉得她明明最近变了不少，有了很多人情味，但她并没有付出行动。
“孩子们的关系还真难懂啊”
“但这下，驾驶员就只剩下一个了。”
一处垃圾桶，凌波丽看到了碇真嗣丢弃的，童年时