26月凌晨，大降浓雾，江面城头雾气笼罩，一片黑暗，“咫尺不辨。”清军已经紧张了二昼夜，此时正“倚城而卧”，仅有少数乡勇巡守。太平军袭用永安、长沙经验，“乘雾放毒烟”。攻城突击队，“皆涂面，竖锥羽”，携带云梯潜行，逼近小东门城垣。之后在昏黑浓雾中，迅速“群乘梯上”。
巡守乡勇“见有花面二人登城”，以为天兵杀到，“大呼惊退。”守城清军从梦中惊醒，“急将木石击下，枪炮继发，声震屋瓦。”太平军攻坚受到阻滞，遂实施火力轰击，“火箭、炮矢雨至。”清军急忙“以水龙冲之”，破坏太平军的火力掩护。太平军无法登城，攻坚失利，撤离城垣。在赏银刺激下，兵勇出城掩击”，但遭到太平军狙击，参将罗兆元、绅士夏维祯毙命。日出时战斗结束。赵柄言、博勒恭武惊魄始定，宣布大捷，“赏兵勇各银一两，共赏银三千两。”
在试探性攻击之后，曾水源带领土营将士开始施工，挖掘隧道。东门外长春观一带最先开凿。博勒恭武大为惊恐，下令城军于“九门近门隙地掘坑，深四尺许，上橙巨瓶，使警者更番卧其中。”也是采用地听法，以探测隧道的施工方向。并且，遣练勇缝城袭击长春观外的施工地区，但遭到太平军掩护部队的反击。
随后几日，太平军的进攻一直小打小闹，直到11月2日“夜四鼓金，贼掘文昌门地道，既达城下。墙足有大木桩排立极坚，贼以巨斧伐之，登登有声。”穴地攻城的主要战术准备已完成
11月6日。黎明，洪秀全、杨秀清下令爆破，太平军发动总攻，轰塌文昌门，一举攻克武昌省城。
土营将士点燃导火线，三处隧道同时爆破。城中只听得“大声震动，文昌门城颓二十余丈”。城上“守兵四继逃窜”，太平军攻城突击队“数十人先登，见无御”，担心清军设伏，“不敢骤人。”遂“招贴大呼”。
林凤祥率所部一军“蜂拥而上”。诸军“继之复四围乘梯攻人”，迅速控制文昌、平湖两门城垣。林凤祥在文昌门缺口见清军毫无反击，游移未进。其时，武昌城内天地会信徒闻风前来接应与向导，林凤祥即率部冲人城内，荣立攻克武昌首功。李开芳等相继人城，肃清残敌，胜利已成定局。
而在林凤翔等人攻克武昌的同时，杨秀清带领大部与向荣等在长虹桥，洪山一线展开一场剧战，虽然没有如先前计划的那样聚歼向荣，但也将其重创，击毙总兵王锦绣。
林凤祥等攻取武昌、肃清残敌后，即在城内稍加布置，迎接诸王由汉阳移驻省城。平等王驻藩署，洪博爱王驻督署，自由王驻臬署，护法王驻学政署。均“以黄纸贴大门首，朱书‘某王府’;大堂书‘某王殿”’。又将抚署改作天王宫殿，“以黄纸贴大门首，朱书‘天朝门’，大堂书‘天朝殿’。xx0月17日，太平军“令民间扫雪”，迎接天王与诸王由汉阳渡江人武昌城。太平天国正式确立对第一座大城市的统治。
太平王庭康股瑞斯发出安民告示，城市秩序基本安定之后，护法王柳叶飞提请王庭，请男女合营。
根据太平天国既定军事编制，入馆者实施男女分行。女馆专设女官管理，禁卫森严，各街设有巡查，对奸秽者严惩不贷，坚决保护妇女的安全和利益。此外，还有老人馆、能人馆，分别收容年老和残疾的拜上帝居民。入馆后，生活资料由圣库统一支给。人们过着艰苦的军营生活，“每馆日发油一杯，人各发谷三合。”
太平军的女馆、老人馆等，统统交给老营，由老营丞相蒙得恩管理。青壮得以独立出来，卸下负担，专心作战。这在长期行军中是必要和有效的措施。
柳叶飞请求男女合营，就是说现在已经安定了，再分营，阻断夫妻以及其他的家人团聚，有碍人伦，也不利于安定军心民心。
博爱王冯云山不容自己发明的男女分营制度受到挑战，当庭训斥柳叶飞。
柳叶飞是有备而来，他首先分析了长期分营的坏处：
其一，它违背了中国人民社会生活传统。民间很多传统的道德规范都是围绕家庭长期形成的。拆散和废除家庭，无疑严重冲击与破坏了社会的生产、生活，有违民间传统道德。因而，引起群众的惶恐和厌恶，容易失去民心，使农民政权孤立起来。
而且，清廷从中找到厂攻击太平天国、煽动群众不满情绪的有利借口，对未来革命发展十分不利。
其二，从后果上看，太平天国如果在武汉三镇仍旧延续这一政策，把三镇人民强征入伍，而且全家从军，虽然部队人数急剧扩展，但是，这些市民从未经历战阵，不少人带有游民或市井习气，还有一批地主富豪，仇视天国。太平天国不加甄别，一概裹胁，实际降低了农军素质，将会引起大逃亡。