君臣几人又密议了整整一夜，终于议定了消灭郑芝龙海盗势力的大致方略。朱由检把这场即将展开的海上军事行动命名为“海狼行动”，由左都督、伏波将军戚显宗坐镇登州，北海舰队副提督李允浩直接指挥北海舰队去实施。
为确保这场战役的顺利进行，朱由检对北海舰队给予全力支持。首先是以密诏授予戚显宗全权指挥权，并赐尚方宝剑，可凭此节制沿海相关所有府县官府，以示皇帝对北海舰队将士的充分信任。此前朝中官员弹劾戚显宗的也为数不少，但朱由检一概置之不理。
第二，确保充足的粮饷军需供应。粮饷自不待言，北海舰队官兵的待遇一向是所有官军中最高的，甚至超过了朱由检的“嫡系”秦兵，最基层的士兵月薪都有白银十五两。
而在弹药方面，北海舰队的优先级一直排在所有官军的第一位。除了登州军工厂专供北海舰队外，京师军工厂也有相当一部分弹药源源不断地运往山海关备用。现在山海关军工厂也在建设之中，竣工后，弹药供应就更及时、更充足了。
第三，对这次战役采取绝对保密措施。现在北海舰队的大部分战舰还在向登州返航，待抵达登州后，趁着补给食品、弹药的时间，全体官兵放假三天，可以回家短暂地享受一下天伦之乐。返回舰队后，则再不允许一人下船，同时封锁港口，确保不会泄露舰队动向等秘密，直到“海狼行动”完全结束。
至此，朱由检此次离开紫禁城所做的几件大事已经全部完成，也该启程回京了。毕竟他需要总揽全局，至于仗具体打得怎么样，就只能靠将士们自己了。
当然，在返京之前，朱由检还向远在真腊的张煌言、郑森传达了新的旨意。在这封先经飞鸽传书送到广州，再从广州走海路送过去的密诏里，朱由检指示二人继续暂驻磅逊震慑安南阮氏，直到派其他战舰替换他们。
朱由检也知道那里的条件肯定十分艰苦，他也给不了什么实际的帮助，只得勉励二人，就是再困难，也须维护大明的国际形象。但若遇到强敌，第一要务还是保存自己，而不能意气用事。至于具体事宜，就由张煌言全权负责。
全安排好后，朱由检便起驾回京，去小汤山找陈子龙了。几位后妃当然一并前往，翁玉因为懂水战，朱由检就把他留在戚显宗身边，成为北海舰队的军官。可他却把黄得功带着回京师了，可把黄得功给郁闷坏了，一再向朱由检请求参加“海狼行动”。
朱由检却笑道：“你呀，给朕回京师，上武备学堂好好学习一段时间再说。俗话说人尽其材，物尽其用，你有本事，朕当然要用，还愁仗不够打、功不够立么？不过你身上毛病也不少，第一就是你这张嘴没把门的，想起什么就往外说什么。‘海狼行动’你也是知情者，朕就拿这个考验考验你：一年之内，只要消息泄露，朕就要你的脑袋。”
“臣遵旨！”黄得功愁眉苦脸地道，“可是圣上，万一这消息不是臣泄露的呢？”