多亏了信鸽系统，朱由检仅仅在一天之后，就获知了将近两千里之外的襄阳发生叛乱的消息。◇↓頂◇↓点◇↓小◇↓说，这可是石破天惊的大事，朱由检立即回宫，深夜召见内阁、六部、都察院、大理寺等部门官员，解胜、郝永忠、李定国、李来亨等武将也系数列席。
朱由检先介绍了叛乱的基本情况。据成基命禀报，此次叛乱为首者是德昌王朱由崧，洪承畴的洪兵为辅，并且勾结了高迎祥、李自成、张献忠等数十万流贼，声势浩大。他们的计划是等待朱由检被刺的消息传出，然后拥立洛阳的福王朱常洵为皇帝，取代京师的朝廷。至于叛军在军事方面有何部署，成基命和窦名望当然无法知晓。
朱由检同时告诉群臣，自己在潭柘寺险些被刺，已经确定是白莲教所为。也就是说，此次叛乱很可能是白莲教从中穿针引线，否则福王、洪承畴、流贼这三股势力也很难捏合在一起。现在事已至此，应如何应对，还请群臣畅所欲言。
这次东林系大臣难得地让朱由检满意了一次，他们先是感到极度震惊，然后立刻就炸了锅，坚决主张朝廷立即兴兵平叛。其实这也不难理解，本来在万历朝的“争国本”事件中，东林党就坚决主张立皇长子朱常洛为太子，早把朱常洵得罪了。
后来又发生了“梃击案”，即一个疯子突然闯入朱常洛居住的东宫，逢人便打，并很快被抓获。本来这是一桩莫名其妙的案件，当时的东林党人却巧妙地诱供，让疯疯癫癫的凶手指认支持朱常洵的生母郑贵妃手下太监为幕后指使，最终让万历皇帝下定决心，送朱常洵至洛阳就藩。如果现在朱常洵竟能咸鱼翻身，那他们这些东林党人还能有个好？
但是在具体如何平叛这个问题上，大臣们照例是莫衷一是。有人主张“攘外必先安内”，要调动山海关、宣大边军进入中原作战；有人觉得洪兵再加上流贼，兵力多达数十万，各地官军数量处于绝对劣势，不如暂时放弃河南、湖北，先确保京师和南京的安全再说；还有人认为福王说不定是一时糊涂，未必真敢与朝廷对抗，不如先遣使面斥，使其主动请罪。
朱由检则一言不发，认真地听众臣议论。直到天交五鼓，很多人实在熬不住了，他才宣布暂时散会，两个时辰以后在朝会上继续讨论。众臣纷纷散去，朱由检却密令秘书处把孙承宗、王在晋、袁可立这三位懂军事的老臣及几位心腹将领留了下来，继续开小会。
他开门见山地说道：“众臣虽有忠君之情，却不懂韬略，方才所言皆不可行。眼下的局面确实非常困难，首先，关外还有一个强敌对我们虎视眈眈，‘皇上不急太监急’刚刚铩羽而回，必定存心报复。若把边军抽走，满清铁骑骤至，如何应对？
“第二，此次叛乱是官军与流贼勾结在一起，危害更大。流贼虽然战斗力一般，但他们机动能力强，走到哪便抢到哪，抢到哪便裹挟到哪，如同蝗虫过境，对地方破坏极大。如果任由他们在中原肆虐，甚至切断京师与江南富庶地区的联系，时间一长，南方的粮食运不过来，官军无饷，百姓无粮，必然不战自乱。至于洪承畴，更是个老奸巨猾、心狠手辣的难缠对手。
“第三，这次叛军还不单是叛乱，他们还要拥立朱常洵，企图另立朝廷号令天下。京师在国中居于最北，洛阳却地处中原，在散布谣言方面肯定有很大优势。届时谣言满天飞，各地官民不知真相，就算不敢助叛军，亦未必敢助朝廷平叛。”