伏羲大神与女娲圣人，自洪荒世界开辟之后，就诞生于这个世界，可以说他们是洪荒中第一批先天神灵，化形之时，就是太乙境界的高阶修为，只比大罗金仙低一些。化形之后，他们没有马上离开，而是继续待在诞生之地，进一步提高修为，直到他们达到大罗金仙，有了自保的能力，才来到了洪荒之上。
大罗金仙级别看来已经非常不错了，可是在洪荒上，这点儿修为还是不够看，当时的龙凤麒麟三族已经形成了三大阵营，把洪荒大陆大海都给瓜分了，形成了三族鼎立的局面，三族中的高手也非常多，大罗金仙成群，在自己的那片势力范围，那都是说一不二的存在，猖狂的很，一点不把散修放在眼里，甚至还强迫修为较高的散修加入他们的势力，否则，三族很生气，后果很严重。除此之外，还有不少老祖级别的存在，修为各个堪比龙凤麒麟三族的族长、长老，都有准圣以上的修为，虽然整体实力没有三族那样强横，但也是一方巨头。
在这种情况下，兄妹两人只能尽量避开三族的高手，也不去招惹那些老祖级别的恐怖存在，小心翼翼的生存与洪荒之中，慢慢的增长自己的实力。时间这样慢慢过去，直到三族生大战，罗睺出现，道祖败罗睺，结束了洪荒第一次大劫，兄妹二人才显于洪荒世界，开始传出威名。之后就是巫妖兴起，代替了龙凤麒麟三族，开始了巫妖二族的大时代，两族的矛盾，自然也慢慢产生了。
伏羲大神作为女娲圣人的兄长，一样有着对于妖族难以割舍的情怀。女娲圣人成圣之前，虽然站在妖族这边，可是并不参加巫妖二族的争斗，特别是三次紫霄宫听道之后，成为了道祖的入门弟子，争斗之心就更加的少了。而伏羲大神，虽然平时巫妖之间的纷争他没有加入进去，可是在巫妖大战的时候，还是忍不住了，参与了其中。
在人族诞生的前夕，巫妖二族每一方都有千多亿地仙以上修为的存在，在两族高层的带领下，在不周山附近展开大战。妖族帝俊太一鲲鹏十大妖圣都加入了战斗，与十二祖巫，以及刑天、后羿等大巫捉对厮杀起来。尽管太一有东皇钟这个至宝，但是奈何他没有炼化彻底，挥不出全部的威力，只能抵挡几个祖巫，这样以来，整个妖族就处于劣势当中。
伏羲当时在天庭做客，看到如此，也不能不出手了，于是也对上了一个祖巫，缓解了妖族的压力。趁此机会，帝俊把周天星斗大阵布置了开来，一下子就围困住了十二祖巫，杀伤了不少巫族。巫族也不示弱，陷入大阵之时，十二祖巫直接展开都天神煞大阵，十二祖巫力量血脉融合在一起，形成了手持开天神斧的盘古大神虚影，虽然看起来不如真正的盘古大神，可是其强大浩瀚的气息，也是直逼圣人的存在。
没有例外，周天星斗大阵很强，但是也挡不住盘古虚影毁天灭地的力量，没过几下，妖族引以为傲的周天星斗大阵，就破开了，帝俊太一鲲鹏伏羲等妖神，都受了伤，当所有的妖族以为马上会被巫族全部杀掉之时，道祖突然出现了，一指散去盘古虚影，然后令妖掌天巫控地，一元会内不得再战。
单说伏羲，大战结束之后，回到了娲皇宫，这时候女娲圣人还没有成圣呢，所以娲皇宫也不在混沌中。回来后，受了伤的伏羲就开始疗伤了，没过多久，女娲圣人就赶了回来，看到伏羲的样子大吃一惊，一看她就知道伏羲加入了不久前的巫妖大战，虽然她在外边，没能及时赶回来，但是两族大战双方强大力量碰撞产生的巨大能量波动，还是被洪荒中的所有生命感受到了。