事情的经过很简单，山东问题，在崇祯皇帝朱由检对白莲教实行了征剿的同时，也对当地老百姓杀戮过多，这杀戮过多的后遗症就一直没有终结过。
崇祯皇帝朱由检也知道迟早会出事，但他没有办法，历史该怎么发生，他是阻挡不住的。这一点，他早就反复的印证过，尤其是对于像毛文龙手下这种，不在他调动范围之内的人，他只能希望这这些人不要反，却由不得他。
早在崇祯三年（1630年）一月，孙元化随孙承宗镇守山海关，三月加山东按察副使，五月升登、莱二州巡抚。后来袁崇焕杀毛文龙，於皮岛的毛文龙旧（www.hao8.net）将哗变，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元诸将。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
当时崇祯皇帝朱由检就预料过这帮毛文龙的这帮手下，日后会成大祸患，但是知道历史的进程，并不代表着就有能力能够解决，军队不是老百姓，崇祯皇帝朱由检杀不动！他一直给这帮人优渥的待遇，却没有想到历史该怎么发生，换个状态，却仍然还是要发生的。
崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大淩河城（今辽宁锦县），祖大寿受困城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足。又部队行抵吴桥时。与山东人屡有摩擦。县人皆闭门罢市。有一士兵强取山东望族王象春家仆一鸡，该丁被“穿箭游营”。於是士兵击杀该家仆，事後象春之子不肯罢休，要求查明真相，李九成把孙元化给的市马钱花尽，恐遭非议，於是抢劫哗变。
孔有德受李九成、李应元父子的煽动，在吴桥发动叛变。在山东境内连陷数城，黄龙遭叛兵割去耳鼻，史称“吴桥兵变”。广东道御史宋贤上疏抨击山东巡抚孙元化：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞於江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”，广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德，又说张焘“卸罪於波涛。借词于风汛”。
后来，孔有德倒戈杀回山东半岛。连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州。孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大发兵抗击，以两路成合击之势。但张焘部与孔有德旧（www.hao8.net）职，张焘的兵卒随即投入孔有德行列，而张可大部自是大败。与孔有德是旧（www.hao8.net）交的登州中军耿仲明、陈光福等人，立即举火开门，双方战事胶着，东江兵志不在攻城陷阵，而在于劫掠物资，要不然，整个登州都早已经失守。
崇祯皇帝朱由检听完了前因后果，一阵愤怒（www.ibxx.com），却并没有像过去一般，又是摔茶杯又是骂娘的。
崇祯皇帝朱由检早就知道，山东的问题，迟早还是会走上前世的老路，他想将大明的南北连接到一起，最大的问题便是这山东的问题，这地方人多且贫穷，自己根本无力镇抚，上一次又因为白莲教的事情，十里连坐，杀死上百万人，可以说，自己在山东是很不得人心的，崇祯皇帝朱由检虽然意识到了自己的问题，但是让他再来一次的话，对待这样的民风彪悍的贫寒之地，他还是会照样来一次！