进城之后，高旭所做的第一件事，自然是寻找阎应元的下落。撒下大批人手之后，各种破城后的讯息接二连三地摆在高旭的面前。
自十月初十之后，阎应元的病情日益严重，再也无法每日坚持巡城，只是病卧在明伦堂中，竭尽最后的心力布置江阴的防务，具体的细节主要由照顾他的女儿阎小玉传达，并由陈明遇等人协助实行。
当阎应元向陈明遇说明了以疫制敌的最后战术时，陈明遇情知城防已危在旦夕之间，同意了阎应元的计划。
以阎应元的布置，决定城破后把入城的清军引向疫区，把城中大批没有感染天花的健康儿童集中到明伦堂内，并且以明伦堂为据点，布置江阴城中最后的防线，搬下城头的数门火炮，拿出城内最后的一桶火药，到时在巷战中轰击清军，死守明伦堂。
当然，光靠江阴最后的力量死守明伦堂是不可能的，阎应元又以明伦堂为中心，在四个方向上相隔一条街坊，布置一个天花疫区。这些疫区由城内死于痘疫的义民遗体，以及痘疫已经发作的病患组成。
在江阴城内，天花已袭击了每个角落，大量的城民成为天花病毒的发病者和携带者。当清军破城后疯狂在大肆屠杀时，夜中这些零散的天花病患或许清军注意不到，但明伦堂为中心的四个大规模的外围疫区，清军绝对不会忽视的。
江阴城破当夜，陈明遇令闭衙举火，焚死男女大小共四十三人，自持刀至兵备道前下骑搏战，身负重创，握刀僵立倚壁上，不仆。训导冯厚敦，公服缢於明伦堂，妻与姊投井死。中书戚勋，合门焚死。贡生黄毓祺则是流离在乱军之中,不知所踪。
南门守将武举人王公略、汪把总等人都以身殉义，抵抗最烈的是镇守北门的冲锋营。作冲锋营的统领，季从孝已经在战火中从一个富家阔少成长为一个敢打敢杀的战将。他领着冲锋营这支江阴城内唯一的支柱力量，从北门且战且退，经过数条街坊的巷战，退守明伦堂。
自从感染天花之后，阎应元的病情更是雪上加霜。清军破城当夜，正是阎应元发病的第二天，他全身出现皮疹，发着高烧，引起了严重的并发症，陷入了重度昏厥当中。当时阎小玉守着父亲的床前，一边倾听着明伦堂外喊杀声，一边心如死灰着地望着奄奄一息的阎应元。
在染血的中华旗下，季从孝的冲锋营一直坚持到天明时分，就在他寡不敌众，打算与敌同归于尽的时候，清军却开始潮水一般退出城外。
那是天明之时，博洛终于得到了城内流行天花痘疫的消息，当即命令大军急撤城外，离开明伦堂为中心的重疫区。
这一战，敌我双方血战数月，都不是最终的赢家。
赢向胜利的是天花。
当高旭来到明伦堂之前，被眼前那惨烈的景象震撼得良久说不话来。
经过那些疫区时，堆积着一道道由天花患者的遗体所组成的壕堤，那些病患身上生长着触目惊心的痘疮和脓疱。尽管高旭戴着口罩,还是似乎闻到那种散发着让人作呕的臭气。这空气中不用说，就充斥着让人谈之色变的天花病毒。
如果说清军在夜里杀入城中，城内四散的疫情没有引起注意和重视的话，但只要清军到了这里，连瞎子都知道了。
如果在这样的疫区之前，清军还有前进的勇气的话，那是拿自己的性命开玩笑。
但到了这里时，基本上已经迟了。
明伦堂前的那面高旭亲手缔造的中华旗还在迎风飘扬。在旗帜之下，尽是堆积如山的死难义民的遗尸。在明伦堂的偏厢内，高旭见到了仍然还在昏厥中的阎应元。
高旭让医务兵拿来急救包，做着他身为医生力所能及的事。
暂时对阎应元急救一番之后，高旭命人把他转移到另一处没有疫情感染的地方，然后打听阎小玉的下落。
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在高旭所遇到的诸多女子之中，初遇的孙芸虽然是个风尘女子，但她有着让人无法忽视的家族传承，这种传承赋予她的是理想主义充满着压力，这使得她行事极端，不择手段，而又任性自我。
汤娘子是完美型的居家女人，老天给予她最蓬勃的体态，最诱人的性感魅力，在她怯怯的、弱弱的眼神中，随时准备激发你身为男人的那种纯粹的原始动力。
赵明月却是汤娘子的另一个极端，她没有东方女子传统的温柔，她是个混血儿，有着与众不同的异族风情，她是靓丽的，明媚的，像火玫瑰一样燃烧着她的活力与战斗力。
而阎小玉则如冷风中的那朵寒梅，她的坚强来自于她父亲的特质。在江阴城内，在她父亲病到之后，她肩负起一个男人的责任，尽管她只是有着一双细眼睛的清丽弱女子。她可以像男人那样丢弃一切，为了某一种坚持，可以是仇恨，也可以是忠义。
像她这样坚强的女子，很少会流泪。虽然泪水对她来说，或许是因为虚弱，又或许是某种寄托的倒塌。阎小玉曾经想象无数个再遇高旭时的场景，但她从不曾想到自己会当着他的面流下泪水。除了在她的父亲面前，除了在夫君陆楷负气战死的那一刻，她，阎小玉从不曾在男人面前流泪。
但在高旭明亮的目光下，她竟然流泪了。
尽管那一抹清泪，她擦得极快，但一种随之而来的莫名的慌乱，游离着矛盾的情绪充斥着她的心中。她总这样认为，在高旭面前，她从来不曾软弱过，至少在此之前。而在这一刻，她竟然带着某一丝复杂的心情，丝毫没有掩饰那种对高旭到来的期望，只是轻轻地道：“你终于来了？”