秦旭整军的过程很简单，目的也很明确，那就是要将原来的私家军类型给打乱，重新编制，然后将军队整合，将军官的任命权全部抓到自己手上！同时将挑出相应的数量加入中华军为秦军设立的军校里进行学习！
其实这些事情在季老太爷和蒙僖手上已经有在慢慢的进行整合。只是，老太爷就是太顽固，而蒙僖又不能完全领会现代军队建设的精华所在，所以有些做的不伦不类。
例如，秦旭原先的设想是将中央进行改革和变法之后，把军队和文官集团彻底割裂开来，但是由于蒙僖的权威太盛，加上自古以来军人也同时是政治家的身份固定了蒙僖有时候必然要插手文官集团的政治决策！没办法，世界上力量最大最难以改变的就是惯性！当一种东西形成了惯性，想要把它改变可不是那么容易的事情！而私家军形式的秦军也是！虽然之前蒙僖对秦军进行了一些调整，如扩大秦旭这个帝王在军队之中的威慑力，鼎力支持秦旭建立后方总医院，不分派系和家族，将所有伤兵统一安排到一个医院进行治疗等等，但是对于乡土情节根深蒂固的中华传统秦人来说，他们打从内心里就有两个身份－－－既是皇帝陛下的臣民，也是家族族长的奴仆！
想想也是，中华上下五千年，实行的都是“上智下愚”的政策。每任帝王都将自己定位的很高，然后以刘邦自诩，认为能“将将者”为最佳，至于下层兵士，自有“将兵者”管理！这就可以了！
乃至到了近代社会，中华最后一个封建王朝，清王朝时期，这种只知有将而不知有君的私家兵仍然是中华大地武力后盾的基石！剿灭了“太平天国”运动的湘军，号称当时亚洲第一雄军的北洋淮军，甲午之后大清国唯一享有盛名的毅军……这些军队无不是私家军！他们都是分属于曾国藩，李鸿章，和聂士成的！这些军队在某些小战场上还是能体现出其强大优势的，例如对付太平军，例如后来在越南和法国人作战，这些时候，这些战事都不需要动用全国的国力进行国家间的对抗，而且军队的调度和战斗都是局限在一定的区域，那这个时候，只要主帅发挥好自己的个人魅力和指挥艺术，打胜战还是可以保证的！但是，碰到甲午战争这样必须举国之力进行民族大对决的战争时，私家兵是永远不可能爆发出中央军队那种奋死拼杀的勇气的！这也是为什么甲午战争之后，八国联军侵华时，号称中华唯一有战斗力的“毅军”仅仅抵抗了日军三天的原因之一。
而今，中华几乎是在和全世界宣战，虽然到今天为止只有四国发动的攻击，但是这个时候如果仅仅靠私家兵形式的秦军，秦旭对这场战争是抱悲观态度的！
中华军是经过开国领袖还有历代领导人“一个中华”熏陶了近百年的铁军，其战斗意志绝对不是现在还处在封建时代军队编制的秦军能相抗衡的。但是中华军却缺少了秦军那能防御子弹攻击，将战争由热兵器带回冷兵器的有效力量！
而秦军呢！虽然在战斗意志上肯定会输给中华军，但唯一获胜的是，这些秦人是始皇横扫天下，一统六国时带出来的无敌雄师！他们是在铁和血的荣誉灌溉下催生出来的战士！他们一出现就有一种天生的骄傲感和自豪感！他们身上有汉唐时期的军队才有的泱泱大国气度！这种气度可不是骄傲自大，目中无人！！而是如汉唐时那种“海纳百川，有容乃大”的气度！！！
这种气度是现在的中华军所不具备的。虽然中华自强自立了近百年，但任何人心里都明白，我们这是在赶超西方！说的明白点，其实就是我们一直在人家的屁股后面跑，在内心的深处我们就知道自己比不上人家，我们现在所做的一切只是在西方的基础上进行的创新而已！而且单单对比军事装备的话，除了“黑金战甲”，我们有的，人家也有，甚至比我们的还要先进！这是所有人的共知，不是什么秘密！
但秦军就没有这种负担！相反，他们一直都以自己所在的秦军为骄傲！“曾经在始皇麾下，扫天下，制**；如今在三世陛下麾下，必定也能重现当年盛况！”这是季老太爷和蒙僖不断给下属士兵灌输的观念！这种观念可以说已经慢慢深入人心，特别是伴随着秦旭几次出征的胜利，还有这次深陷重围却在最后不但打败敌人，还歼敌无算！战事的顺利其实就是对军心的最大鼓舞力！若是前线败讯频频，再高昂的战斗士气也会被打磨掉！
本着这样的想法，秦旭只能有他仅有的一些知识功底，将秦军进行整合。首先是将蒙僖南下南京所不需要的军队，也就是蒙僖放在首都周围作为“天子护卫队”的两万多人进行整编！
他先是将这些军队的编制按照自己认为的三三制原则进行整编，将这两万人整编成一个集团军，居然让秦旭整出了三部曲，每部曲五千人，剩下的五千人是秦家军，既然是自己的军队，秦旭也不想调动了，算是徇私一次吧！
所有校尉以上军官调离本职，调任新编的部曲任职，算是进行平级调动！同时告诉他们，他们现在接受了秦旭的调动就是“天子门生”。不得不说，“天子门生”的号召力还是很强大的！所有军官都服从调动。不过为了防止下面的士兵不知情况，发生哗变，秦旭让互相调动的军官一同出发去营地解释整个事情，同时不忘提醒他们要灌输给士兵这是皇帝陛下的诏命，增加宣传，提高影响力嘛！
而各部曲将军的职位，秦旭则打算委派自己最信任的人担任！秦旭虽然不屑学刘邦那个老混混，不过，还是不会忽略“将将之道”的，对于第一次由自己亲自操刀整编的军队，必然不能放松控制力度！