在日本东京，无数不甘心失败的狂热份子纷纷来到皇宫门口，请求天皇陛下收回成命，大声叫嚣着要和华夏人决战到底。
甚至有人不惜以死明志，在皇宫门口剖腹自杀，以此种极端的方式请求明治天皇收回成命，但是一切都是徒劳的。明治天皇好不容易下定了决心，自然不可能因为几个人自杀，就会改变主意。
不仅仅如此，一些狂热的少壮派军官，认为天皇之所以下达终战诏书，完全是被那些贪生怕死的大臣们蛊惑所致。这些少壮派军官很快勾结在一起，在一些不愿意投降的高级将领的纵容之下，公然发动政变。叛军冲入东京城内，占领政府办公机构，许多日本官员及陆海军高级将领被叛军屠杀。
明治天皇只能下令近卫师团进行平叛，激战半日终于平定了判断，数千叛军伏诛。
1902年12月1日，华夏帝国北海舰队海军陆战队第一师两万余人，在东京湾登陆，随即成功占领东京。东京附近数万日军部队大部分缴械投降，少数部队不愿投降，随即被海军陆战队剿灭。
于此同时，东征军第一军，第二军，及虎贲军共计十五万大军，分兵数路从陆路向日本东部地区挺进，沿途大部分日军部队及各地民团，纷纷向华夏军缴械投降。拒绝投降者，全部被就地剿灭。第三军及朝鲜军一部也在海军舰队的掩护下，在北海道和仙台等地登陆。仅仅只用了十天的时间，华夏帝国联军便成功占领了日本全境。
当然战斗并没有结束，一些不甘心失败的日本人，仍然在各地有组织的进行抵抗。东征军总司令王靖随即下达平叛令，剿除这些流窜各地的土匪武装。战斗到1903年初，各地的主要反抗势力基本被剿灭。虽然仍有一些小股叛军流窜各地，但是已经对我军构不成什么威胁了。
1902年12月16日。华夏帝国正式于日本签订停战协议。根据这份协议规定，日本向永远臣服于华夏帝国，成为华夏帝国属国。