叛乱发生之后，任超随即命令长江舰队封锁了长江航道，随后护送东海舰队海军陆战队七千余人扬长江西进。两江总督刘坤一和湖广总督张之洞情知无力对抗虎贲军，根本不敢加以阻拦。11月中旬。海军陆战队成功攻占重庆，随即向成都进军，于此同时攻占云南和贵州的虎贲军各出兵一部夹击四川。12月初，虎贲军成功攻占成都，四川总督恭寿被俘。至此西北西南各省叛乱基本被平定了。
1899年元旦，任超以陆军部的名义发布命令，整编全队。此举遭到了李鸿章等人的强烈反对，但是任超以宪法规定，陆军部有权指挥全队为由，予以反驳，坚持对全队进行整编，强制收回各地督抚对个地方军队的指挥权。
此时各地督抚之中，只剩下了两江总督刘坤一和湖广总督张之洞。其中两江总督本来下辖三个省，分别为安徽，江苏，江西。而之前虎贲军早已经控制了安徽省，随后在接管南洋水师之后，组建了东海舰队和长江舰队两支舰队。这两支舰队下辖有海军陆战队一个师又一个旅，共计两万余人，全部驻守在南京和上海附近的沿海沿江地区，也就是说江苏省的大多数的主要城镇其实都在虎贲军的严密控制之下。何况在安徽，浙江，广东等与两江接壤的地区，虎贲军还驻扎着整整六个师的陆军。虽然刘坤一手中手握五万南洋新军，但是也不敢轻举妄动。
而湖广总督张之洞，虽然手里也有着三四万新军，但是此前虎贲军一个所谓的工程部队一万多人已经以修筑京汉铁路为由进入了湖北省，现在就驻扎在离武汉城不足百里之处，虽然说是一支工程部队，但是张之洞心里却清楚，那不过只是一个幌子罢了，这支部队实际上却是曾经参加过对日作战，对俄作战的虎贲军精锐改编而成。何况湖南和湖北两省，除了东面之后，此时也已经被虎贲军三面包围了。
面对如此形势，张之洞和刘坤一只能乖乖的交出了指挥权，随后虎贲军成功进入江苏，江西，湖北，湖南四省，顺利接管了南洋新军和湖广新军的指挥权。不进如此，任超还命令虎贲军趁机接管了江南制造总局，汉阳兵工厂等主要的军工企业。
为此李鸿章和任超大吵一架，年老体衰的李鸿章这个时候身体本来就已经不行了，因此大病一场，卧床不起，一怒之下竟然辞去了总理大臣之职务。
1899年3月任超奉命组建新内阁，首次担任内阁总理大臣之职务，任超趁机将一些顽固派大臣全部挤出了内阁，将张之洞和刘坤一这两位重臣全部调入了内阁，分别担任内阁副总理大臣和民政部尚书的职务。但是即便如此，新成立的内阁也已经完全被任超所掌控了，虽然也有张之洞，刘坤一等人对任超形成一定的牵制，但是这些人也基本上是光杆司令一个，根本起不到决定性的作用。光绪帝虽然也不想看到这样一个状况，但是现在任超大权在握，各地方实力派也基本上被任超消灭殆尽，即便在各地督抚之中，仍有许多人对任超不满，但是这些人没有军权，一切也是白搭，光绪帝对此也是无能为力。至此任超起码在名义上完全了全国的统一。未完待续。。
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