“来，芭瓢虫，这是你的午餐。”小智精心为芭瓢虫准备了特别的午餐和适当的训练来慢慢调节它的身体，让它恢复最佳状态。
小智用波导检查芭瓢虫的时候，发现它体内有一股强大的力量，不过这力量十分狂暴，芭瓢虫根本无法驯服，这或许就是它悲剧的源头吧！小智也不急的让芭瓢虫得到这股力量，这股力量需要慢慢引导出来才是最佳选择。
芭瓢虫很高兴的吃着自己的午餐，不过突然它觉得自己背上阴风阵阵，让自己觉得好像被什么盯上了一样，回头一看，发现小智的其它神奇宝贝正在用羡慕（小锯鳄，火球鼠）嫉妒（菊叶草，美纳斯，猫头夜鹰）恨的看着它，它们的头变得越来越大，让芭瓢虫不由自主的狂冒汗。
“好了，好了，各位，你们的午餐在这里。”这时候小智出来解围了，端着五份神奇宝贝食物，所以的神奇宝贝都高兴的扑到小智身上。
“等等，我手里还拿着东西，别全部扑过来，皮卡丘，小刚。”小智很快被自己的神奇宝贝压倒了，不断亲昵小智，小刚和皮卡丘几时的跑过来帮小智那住神奇宝贝食物。
“好了，好了，真拿你们没办法。”小智就躺在地上伸手摸了摸它们，不过这时候皮卡丘和伊布也来捣乱了，都扑倒了小智脸上。“我说，皮卡丘，伊布，你们怎么也来凑热闹，快下来吧，我都看不到了。”
“皮卡”“布伊”（不要）
“小智还真是受神奇宝贝欢迎。”小霞感叹到。
“嗯，这或许就是小智的魅力。”小刚也点了点头，而安瓢虫则一脸羡慕的看着小智。
“那边那位少年，你是神奇宝贝训练家吧！”而这时候出现了一位穿着红色衣服的女生，她的伙伴则是一只长尾怪手，女生看到了被神奇宝贝压着的小智。
“是的，我是小智，是一位神奇宝贝训练家。”看到有人来了，美纳斯它们都很自觉的离开小智身上，让小智站起来，而皮卡丘和伊布就停在小智肩膀上。
“我叫做小刚，美丽的小姐，请问你的名字是？”小刚看到美丽的大姐姐，瞬间冲了过去，简直和瞬间移动一样，一眨眼就就现在女生的面前。
“我叫做小凌，怎么样，能请你和我做一场对决吗？”女生做了自我介绍后，并向小智提出了请求。
“当然”，小智从来都不逃避对战，欣然同意了。
“小锯鳄，决定是你了”，“布鲁皇，上吧”。
结果很明显，小智的四只神奇宝贝打败了小凌的六只神奇宝贝（美纳斯和芭瓢虫没有参战。）
“没想到你这么强，我们完全是败了，还要继续加油。”比赛结束了，大家就一起坐下吃午餐。
“还好了，都是大家努力的结果。”小智也看着自己的神奇宝贝正在吃着饭，脸上不自觉的露出了高兴的笑容。
“对了，小凌，你知道这附近哪里有神奇宝贝中心吗？”小刚则是随后问道，要恢复体力还是去神奇宝贝中心比较好，而且还可以给神奇宝贝们做一下全身的检查，防止有隐患，当然还有去看看那里的乔伊小姐。
“靠近这里最近的就是穿过这片森林后方的绿色草原镇，那里有神奇宝贝中心”。
“绿色草原镇，听起来就好漂亮，让人有一种休闲舒适的感觉，那里可是城都地区，女生最想去的地方之一啊！”小霞听了小凌的话感慨的说，而小智一听“绿色草原”这几个字，心头瞬间就有“结晶塔的帝王”，“未知图腾”，“炎帝”这几个信息浮现在脑海里，没想到他们已经走到这里了。
“是的，我也正要去那里呢”，原来小凌也要到那里去，于是四人吃过午饭，就结伴向绿色草原镇走去。
“绿色草原是一个绿意盎然的和平之地，那里吹拂的微风，可以安抚人和神奇宝贝的心灵，我很早之前就想要去看一看呢。”走在路上，小霞对于绿色草原非常的期待，不过话说小霞，你想去的不是大海吗？
“女生最想去的地方，那里肯定会有许多的美眉，嘿嘿嘿…”小刚看起来很猥琐，他对那里的大姐姐们很是期待。
“这里真的很美啊”，走出了森林，就看到遍地的不同颜色的花朵，一直想着接下来的事情的小智都不由放松了心情，一阵微风拂过，带来阵阵花香，让人沉醉其中。
“越过那个土丘，就可以看到绿色草原了。”又走了一小段路，小凌指着前方微微凸起的小土丘对小智他们说道。
“是吗？那就快点去看看吧！”，四人激动的向着前方冲去。
“这是什么？”本来满怀希望，可以看到美丽的草原，可是映入他们眼帘的却是另一番景象，一座高高的直耸云霄的结晶塔，结晶呈辐射状向四周延伸，没有了艳丽的花朵，没有了碧绿的小草，更没有了悠闲生活的神奇宝贝们，只剩一大片蔓延的结晶，而且还在缓慢的向外延伸着，就在他们的眼前，绿地就这么消失了，变成了结晶地，小霞看到后非常的不相信，这到底是怎么回事。
“君莎小姐。”而这时，小刚看到君莎小姐从他们后面的一条大路上疾驰而过，并没有停留，而后又有一辆车过来了，是电视台的，他们通过电视报道向全世界展现了这里的问题。
“我们先去神奇宝贝中心。”在这里也得不到什么有用的信息，所以小智建议说，随后三人就来到了神奇宝贝中心，这里还没有被结晶波及。
“好多的专家学者都抵达了这里。”到了神奇宝贝中心为神奇宝贝恢复体力后，电视台的报道也来到了这里，随着主持人的话就看到来了一辆汽车。
“大木博士。”走下车的是大木博士，小智当然要上去打招呼了，随后小智又看到自己的妈妈从车上走了下来，在这里可以看到妈妈，小智非常的高兴。“妈妈。”
“啊，小智，你们也在这里啊。”花子也很高兴可以碰到小智，直接跑过去抱住小智，“你这孩子，又瘦了，看来又不爱惜自己了。”
“对不起，妈妈。”小智也紧紧抱住妈妈，原本自己想说的话被花子这样一抱，全部都抛到脑后了。
通过和妈妈的聊天，大家也知道了那座房子是秀力博士的家，秀力博士以前是大木博士的学生，到过真新镇好几次，而且还指导过小智的妈妈学习，所以他们关系很好，小智的妈妈还随后拿出了一张照片，上面是大木博士、小智及小智妈妈和秀力博士一家三人，因为已经从秀力博士的助手那里知道了秀力博士失踪了，所以小智的妈妈对秀力博士的女儿小米非常的担心。
聊着聊着，小智突然脸色一变，严肃的看着结晶塔的方向，他发现一个模糊的波导高速的朝这边移动。
“皮卡丘”（小智，有情况。）就在这时皮卡丘也朝着结晶塔的方向叫了起来。
“怎么了吗？”小霞好奇的问。
“有东西过来了。”小智看到远处一个不断跳跃前进的身影，开始严肃了起来。
“这个是什么神奇宝贝，还是第一次见到。”一眨眼的功夫，那只神奇宝贝就来到了眼前，而且它的脚下开始结晶。
“是炎帝。”小智为大家解释说，“妈妈，退后。”小智看到妈妈走上前去，立刻焦急的把妈妈拉了回来，因为小智知道炎帝是想把自己的妈妈抓走来给秀力博士的女儿小米做妈妈，小智当然不会让自己的妈妈身陷危险。
“不要多管闲事，我要带走‘妈妈’。”炎帝则是通过心电感应向大家表达自己的意思。
“那是不可能的，谁都别想在我面前把我的妈妈带走，虽然你不是真的炎帝，不过就算是真的来了也不能带走我妈妈。”小智直接拒绝对方。
“那就不要怪我了。”随后从炎帝嘴中吐出一道紫红色的火焰，向着这边打来。
“皮卡丘，十万伏特。”小智也立刻让皮卡丘使用了十万伏特黄色的电流和橙色的电流彼此交缠，逐渐壮大，和炎帝的喷射火焰碰到了一起，随着“砰”的一声，产生了爆炸，激起了大量的烟尘。
“啊——”，大家都被这股力量给吹了出去。
突然炎帝从烟雾里跳了出来，对着小智使出大字火。
“皮卡丘，电球。”皮卡丘丢出电球，和大字火互相抵消，再次激起大量烟雾。
“皮卡丘，九点钟方向，高压电击。”小智的波导感应到九点钟方向有一个物体正高速朝花子跑过去，皮卡丘全身带着电流变那个方向跑去，成功截住了炎帝。
不过炎帝被皮卡丘撞到后摔在地上翻两个滚，“砰”的一声消失了。
“不好，是替身。”小智没想到炎帝居然这么狡猾，他突然发现三点钟方向一个波导已经突破他的防御范围，跑到了花子那里。
炎帝瞪了一下花子，花子马上被催眠了，倒在了它的背上，这时炎帝准备撤退，它不想和小智过多纠缠。
“放开我的妈妈，皮卡丘，电光石火。”花子已经在炎帝背上了，皮卡丘不能使用电击，这样冲向去，不过它也是非常心急，一下子居然跳到炎帝面前。
炎帝对皮卡丘可不会手下留情，在皮卡丘还在半空中的时候，嘴里燃烧着紫红色的火焰，它使出“喷火”，巨大的火柱直接击中皮卡丘，将皮卡丘全身都烧伤，炎帝转身就跑。
“皮卡丘。”小智这时候面对两难的境地，一边去妈妈，一边去皮卡丘，最后他还是选择去看看皮卡丘的情况，妈妈在炎帝手中并不会受到伤害，但皮卡丘已经严重烧伤了，急需治疗。
“皮卡丘，我马上带你去神奇宝贝中心。”小智抱起受伤的皮卡丘朝神奇宝贝中心跑去。
“小智，皮卡丘，没事吧。”小刚他们终于赶到了在神奇宝贝中心，看到小智失落的坐在旁边，而伊布舔了舔小智的脸，表示安慰。
“没什么问题，只需要休息一下就可以了。”小智抱起伊布，轻轻的摸着它的绒毛。
“炎帝为什么要抓走伯母？”小霞问道。
“我们去找大木博士问一下吧！”小刚则是建议大家说，随后大家就来到了大木博士所在的房间，看到大木博士和秀力博士的助手正在研究着什么。
“怎么样了，大木博士有什么收获吗？”小智进来后就立刻问道。“不是太多，根据秀力博士的研究，应该是未知图腾的原因，未知图腾可以感应人的内心，这个结晶估计是感应到小米的内心的未知图腾所做的。”大木博士也是一阵的无奈，根本无从下手，只能从秀力博士研究中看出一些东西，秀力博士的的失踪应该和未知图腾有关，而这里的结晶现象也和未知图腾分不开。“未知图腾？”小霞对于未知图腾不太了解，所以很好奇。“是的，我在秀力博士的屋子里看到好多的未知图腾。”秀力博士的助手这时也同意的说。“我现在和爸爸妈妈都很好，希望你们不要来打扰。”就在大家担心的时候，突然看到电脑上来了一封电子邮件，大木博士点开后，就看到了原来是小米传来的，小米很严肃的说完后，邮件就消失了。“那是不可能的，我的妈妈还在里面，大木博士，今晚我将去结晶塔。”小智一拳砸在墙上。“看来是无法阻止你的了，小智，需要我让小建传送什么神奇宝贝给你。”大木博士知道小智的决心，所以决定支持小智。“我们去。”小霞和小刚同时举手。“可以，大木博士，请给我电球，这样单单皮卡丘就够了。”小智说到。“电气球啊！看来你还是要使用它，我早就有准备了。”大木博士从口袋里拿出电球。像电气球这些神奇宝贝辅助道具，是能让神奇宝贝增加实力的东西，这种东西非常稀少，价格昂贵，普通人根本不可能拥有，而且这些道具大多数都是大自然中自然生成的，根本无法复制。辅助道具虽然可以增强实力，但是也为弊端，就是使用过多会损耗道具的耐久度，而且无法修复，所以拥有者一般都会在重要的时候才携带它，当然，如果家像小次郎一样富裕，那就随便用。另一方面就是容易让神奇宝贝造成依赖性，如果遇到会偷窃这种专对道具的技能而暂时失去道具的时候，会让神奇宝贝觉得用着的神器突然变成烧火棍的感觉，实力无法完全发挥出来。不过其它道路加成大多数都在1215倍之间，而电气球是皮卡丘专属道路，能让皮卡丘攻击伤害翻倍，在辅助道具中更加稀有，全世界拥有的数量屈指可数，而大木博士手中就有一颗。不过小智不喜欢让神奇宝贝过于依赖道具，所以一般都不会让它们携带道具，但现在遇到这种特殊情况还是要使用的，他需要力量对付炎帝。“哦，对了，小智你们把这个带着吧，这是‘精灵无线电’，这样大家就可以随时取得联系了。”小凌这时也把她脖子上挂着的无线电取了下来递给了小智。“嗯。”小智认真的收下了。“好，我们出发。”等皮卡丘恢复后，小智三人就向着结晶塔进军。在小智他们走出神奇宝贝中心后，看到结晶的覆盖范围正在不断夸大扩大，走到外围就看到一辆大的推土机被突然生长的结晶给推倒了，在司机跑出来后，推土机就被结晶给覆盖了。
“我们到底要怎么进去啊”，看到这种情况，大家就知道不可能正面进入了，小霞于是担忧的问道。
“这里，这里的水没有被结晶化”，小刚向着四周观察了一番之后，就发现还有流水从结晶塔里向外流出来，“看来，我们只要沿着这里的水流就可以到达秀力博士的豪宅了。”三人沿着水流向前走去，小刚拿着秀力博士助手给的住宅图说道。
“伊布，变成太阳精灵，使用幻象术，把我们送上去。”一路走来，走到了一处小瀑布下，小智让伊布变成太阳精灵，他现在很需要伊布的力量。太阳精灵的眼睛发出蓝色的光芒，光芒随后包裹住小智他们，就轻轻地把小智他们送了上去。
而在另一边，跟着小智的火箭队，他们走的不是水路，而是乘着热气球向着结晶塔而去，还在幻想着结晶塔里的宝物，可是迎接他们的却是炎帝的一颗火焰球，他们的气球打烂，到处乱飞，最后落进了秀力博士的豪宅里面。
“我们要怎么进去啊。”可以说是一路平安的走来，不过眼前又出现了难题，小智他们来到了一座门前，这座门已经被结晶化了，完全不知道要怎么进去。
“试一下吧，火岩鼠，使用喷射火焰”，小智先是派出了火岩鼠，一道喷射火焰打去，结晶出现了溶化现象，而后就在门上看到出现了一个大洞。
“成功了”，小霞看到后高兴的喊道。
“还没有”，不过随后就看到那个洞又被结晶给堵上了。
“大家拉住我的手，伊布，瞬间移动。”小智抱住火球鼠，火球鼠继续用喷射火焰，小霞和小刚拉住小智的手，伊布站在站在小智的肩膀上，使出瞬间移动穿过这个洞，成功进去宅子内部。
“什么，难道这就是未知图腾的力量。”小智三人踏上了楼梯后，突然四周的场景就变换了，台阶也变得透明了，小霞吓了一跳。
“估计是了。”小刚随后说道。
“我们继续向前走了。”刚才场景的变换也吓了小智一跳，不过要继续向前走，未知图腾拥有的力量可以说是最神秘的，遇到一个不可怕，而一群的它们是一个烦。
“这到底是怎么回事啊？”爬了一段很长的楼梯，小智三人来到了一处开阔的地方，这里是粉色的天空上飘着几朵白色的云彩，地上碧绿而生机盎然的草原，几朵小花点缀其上，非常的美丽，乍一来到这里，小霞非常的不相信，居然在房子里还可以有这样的地方。
“这里应该就是未知图腾将小米内心的世界制造了出来。”小智也是非常惊叹未知图腾的力量。
“炎帝。”就在小智他们想沿着旁边的阶梯继续向上攀登的时候，突然看到炎帝停在了前方的阶梯上，而炎帝背上还有一位十七八岁的少女。
“你们就是神奇宝贝训练家吗，跟我战斗吧”，随后炎帝和少女就来到了小智他们的面前，少女对着小智三人说道。
“小米。”小智这时突然说道。
“哎呀，你还真是清楚啊！”对面的少女随后就承认了。
“小米不是应该是很小的小女孩吗？”今天这一天已经完全颠覆了小霞的认知，小霞轻声的问小智说。
“这个应该是未知图腾制造的，在这里一切皆有可能，不过虽然样子变了，但她的波导永远不变。”，小智也随后解释说。
“怎么样，你们到底愿不愿意和我战斗。”小米再次问道。
“美丽的大姐姐的对手应该是我才对。”小刚这次主动接受了挑战，“小智、小霞，你们去找小米吧，我会赶上去的”。
“嗯。”小智和小霞非常的相信小刚，所以就沿着旁边的阶梯继续向上攀登。
“使用的神奇宝贝为三只，你看怎么样？”小刚要为小智他们拖时间，所以就提议3vs3对战。
“我知道了”，小米说完后，就在小刚和小米之间出现了一个对战场地。
“超音蝠，去吧”，小刚先发是超音蝠。
“拜托你了，绵绵，go”，看到小刚派出了超音蝠，小米的手里出现了一颗一场绚丽的水晶宝贝球，出来的神奇宝贝是一只绵绵。
。。。。。。
“偷偷摸摸，蹑手蹑脚，这个地方这的有宝藏吗？”就在两人对战的时候，火箭队静悄悄的登上了小智他们刚才走过的阶梯，小次郎越来越怀疑这里有宝藏的可能性。
“你们说什么，既然来都来了，总不能空着手回去吧！”武藏说到。
“榛果球，自爆”。
小小象团成团，非常快速的冲向榛果球，可是“砰”的一声，在小小象装上榛果球的那一刻，榛果球使用了自爆，剧烈的爆炸之后，双方都失去了战斗能力，而后小米和炎帝就消失了，小刚也收回榛果球后，向小智他们追去。
小智和小霞这边爬了一段楼梯后，又来到了一处开阔的地方，这里是一处海滩，微微的海风吹起浅浅的波浪，旁边是大朵的红艳花朵，是一个非常浪漫的地方，要不是因为有急事要处理，小智真想和小霞在这里牵着手漫步。