第13师返回湖北，师长夏斗寅兼任湖北清乡司令在汉口设立指挥部，夏以所属三个旅分别在鄂东南地区从事“剿共”战争。第39旅旅部，师改两旅六团制，另以补充团为基础扩编为第两个补充团，以沈澄、沈廷桢分任团长。同时以朱怀冰专任副师长，原第第38旅旅长。不久蒋冯战争爆发，夏斗寅兼任平汉南段护路司令，他以第第37旅在襄樊继续“剿共”。
蒋介石击败冯玉祥后，作为前敌总指挥的唐生智又在12月成立“护党救**”宣布讨蒋，并委任归其指挥的第13师师长夏斗寅为讨蒋前敌总指挥。而蒋介石也为了拉拢夏斗寅反唐，委任夏为第13军军长。此时正驻节信阳的夏斗寅得知这一情况后，立即召集部署商讨归属问题，结果一致决定就任第13军军长一职，“拥蒋反唐”。随后夏斗寅命令工兵营长夏气清将信阳以北的大铁锹炸毁，并发布战斗动员令。经确山一战，唐生智大败，夏斗寅命令部队乘胜追击，一路俘获唐军官兵2000余人。值得一提的是，夏斗寅决定反唐后，其所属第76团因担负郑州至信阳间的护路任务而被唐军隔断归路，这个团在团长王亚翘的指挥下被迫依附，直到响应蒋介石的杨虎城部夜袭唐军总部驻马店后才得以归还建制。
1930年中原大战爆发后，夏斗寅被提升为第第13师在曲阜布防，并提取团长沈澄的建议于城下挖掘机关枪枪眼，使机枪火力免受敌军炮袭。第13师面对阎锡山部八个师的轮番进攻，苦战三昼夜，终于盼到了援军。随后第13师冲出城外，与援军两面夹击大败阎军，缴获火炮数十门、汽车百余辆。曲阜之战结束后，第第1师攻占长葛。后张学良的东北军响应蒋介石率部入关助战，阎、冯联军大败。中原大战结束后，第13军开回湖北黄安、麻城驻防，继续执行“剿共”的任务。
夏斗寅因决定反唐而获得了第13军军长的职位，在战斗初期，他的这个军在名义上尚能指挥第9、第第13军仅剩下他原来的一个13师了。中原大战爆发后，蒋介石虽然又提升夏斗寅为第21路军总指挥，但是实际能指挥的部队仍只有一个1年第第13师的两个补充团编组武汉警备旅（夏自兼旅长），使这两个团得以成为正式编制（调第74团团长叶蓬担任警备司令部参谋长，余振华继任第74团团长）。1932年3月24日，夏斗寅被任命为湖北省政府主席。夏斗寅为了切实掌握部队，便保荐了他的亲信万耀煌继任师长。但是夏斗寅没有想到的是，他一离开部队，蒋介石就对13师进行分化瓦解，不久又亲往湖北兼任豫鄂皖边“剿匪”总司令，讲夏架空，继找借口免去夏的省主席职务。从此夏斗寅郁郁寡欢，挂着总参议的名义避居成都。1951年6月23日病逝香港。
万耀煌，号武樵。1891年3月13日出生于湖北省黄冈县仓子埠，是湖北省长夏寿康的外甥。第一期步兵科毕业后于鄂军第第1师逐步发展，并结识夏斗寅。鄂1师起事失败后，万只身投靠湘军贺耀祖，被委为高级参谋，及至夏斗寅的部队被改编为鄂军第2混成旅后受到夏斗寅的邀请担任参谋长一职，此后追随夏之左右，并深得夏之信任。此番夏斗寅为就任省主席以掌握全省军政事宜，遂决定以万耀煌接任第13师师长。后来夏斗寅失势，万耀煌为了维持自己的地位以及为将来的发展作长远计，便努力维持这个团体，用以当作晋升的资本。他升任师长后，部队人事也进行了调整，以第38旅旅长卢本棠升任副师长，方昉留任参谋长（后由冯嶷接任），第第第第38旅旅长，刘锐、余振华、钱振亚、王亚翘、刘汉涛、张亚一分别担任第73至78团团长。
第第10、89等师进攻七里坪的红25军。他为了保存实力，仅以78团出击，在与红军稍一接触后，就将部队撤离战场，避免了损失。此后13师开赴鄂东，“清剿”红军自卫队，乘势进占河口。1933年12月，万耀煌为了争取给部队加饷、补充装备，请命入赣“剿共”。他的第36军军长周浑元指挥，被安排在南昌至兴国的公路沿线构筑碉堡。到了1934年10月，在江西的中央红军开始长征后，作为先头“追剿”部队的13师一路尾随，先后占领安国、瑞金，并追击红军辗转于湘、黔、滇、川、陕五省，先后在贵州鲁班场、云南哈米与红军发生激战。但是第13师往返奔波，士气低弥，掉队者甚多，哈米一战，13师遭到红2方面军突然袭击，损失惨重，75团团旗亦被红军夺去。
1935年10月第第第13师师长。此后13师被布置在陕川边境修筑公路，并剿灭土匪王三春。1936年1月，休整完毕的13师奉命开赴四川纂江集结继续加入到“围剿”红军的战斗中，后在滇黔边境与红2方面军作战，攻占黔西、大定数城，并配合友军夺取毕节。同年6月，粤军陈济棠联合桂军发动兵变反蒋，第13师在粤军瓦解后开赴广州，并沿三水、高要、德庆一线布防，预备进攻广西。桂军宣布接受南京政府改编后，第13师开赴洛阳修筑国防工事。
第第三期整理部队，师缩编为两旅四团制。其中第37、38旅旅部不动，两个旅各裁编一团，保留第73、75、76、77团番号，分别以刘锐、云瑞、涂直、张亚一担任团长。
1937年7月抗日战争全面爆发。同年第13师奉命开赴上海参战，并于第13师在广福至陈家行一线紧急构筑防御工事抵御日军。由于13师装备差，在10几天的作战中，三个团跨了下来，全师1第77团在苦苦支撑。10月初，**战局不利，在沪参战部队纷纷撤离战场。第13师亦奉命开赴太仓整理，继开扬州补充。
由于第13师在上海作战时几乎损失殆尽，一支实力丧失的部队无异于待宰的羔羊。就在13师于扬州补充新兵时，陈诚便开始着手吞并这支鄂军了。在中央军的压力下，兼师长的万耀煌被迫辞去师长兼职，另由中央委派吴良琛接任师长。万耀煌后任第15军团军团长、陆军大学教育长、中央军校教育长、湖北省主席等职，1977年1月31日病逝台北。这对于一位失去基本部队的杂牌将领来说，他的结局要比他的老长官夏斗寅要好出许多。
第13师虽然被陈诚派的人接管，但是这位奉命接管13师的新任师长对于“改造”却未能顺利进行。吴良琛首先将部队番号重新调整，保留37旅番号，38旅改称第73、74、77、78团，另建补充团。随后他将部队中的较有威望的旅长夏鼎新提升为副师长，另一旅长潘祖信保送陆大受训，师长参谋长改由何大熙担任。随后分别以张亚一、余跃龙担任第37、39旅旅长。在团长的任命上，他拟全部由黄埔生来接替，这一任命，迅速遭到了13师官兵的集体抗议，副师长夏鼎新由联合起两个旅长联名致函军委会，厉数新任师长的种种劣行，迫使吴良琛在原部队中择优提升为团长，最后决定以王胜泌、刘士伟、陈焕柄、范柳权、涂直分任第73、第13师的人事虽然稳定下来了，但是由于吴良琛的急切措施，遭到了13师老人抵触，埋下日后在战场上所发生的祸端。
徐州会战爆发后，第13师列入75军序列参加台儿庄作战，并在会战初期取得了一些胜利。但是随着日军的反扑，徐州会战的局势越来越不利于**，当13师奉命防守郯城时，遭到日军猛烈进攻，旋即溃散。然而当部队弃守阵地时，竟然将师长吴良琛抛弃，使他一度陷入敌占区，差点做了日军的俘虏。
陈诚见吴良琛不行，遂调他为高参，另调第76师副师长方靖接任师长。方靖到任后裁撤补充团，以补充团的兵力补充其余4团。旅长张亚一调为附员，升余跃龙为第第77团团长陈焕柄的职务，其余旅团长皆由黄埔生担任。这一次改动，与吴良琛的做法基本一样，但是因为13师的徐州会战的表现，以及部队损失过重，基干大部分在部队溃散时损失，以无法用部队老人来填补空缺，使得方靖的做法基本合情合理。这次补充的来团长计有，第第第第78团团长谢俊汉。此外部队的营连长也被方靖以缺少骨干为借口而以黄埔生充任。这次改造使13师的鄂军成分大为减弱。
第13师在参加完武汉会战后，于湖南常宁再次改编，撤消旅部，师改三团制。方靖便乘这个机会彻底改造13师，将副师长夏鼎新调军委会，以朱鼎卿接任，旅长余跃龙调为步兵指挥官，架空他的职权。撤换第77团团长陈焕炳，营连排等基本干部也全部已黄埔生接任。第13师成为了一支标准的中央军。
第13师这支可以追朔到1917年的、具有第13师的鄂军成分虽然结束了，但是这支源自鄂军的部队在八年抗战中，仍旧为国家为民族作出了应有的贡献。抗战胜利后，第13师被卷入了内战的旋涡，最终在1947年的羊山集战役中被解放军歼灭，彻底结束了它的历史。