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尽管有着各种疑惑无法得到解释，但命令就是命令，神圣兄弟会也不是一个可以讲理的组织，也没有那么自由，所以那些技术人员只能服从，然后小心翼翼的进行着加工作业——虽然不在乎人类的死活，但思晶人手上的蓝色泰晶数量毕竟只是少数，为了更有效的利用好这些数量不多的物资，它们还是将一些相关情报告诉了那些技术人员，其中就有需要注意的事项。
好在那些神圣兄弟会下属技术人员能力本就不算差，他们相当严格遵循了技术要求，一丝不苟的完成了初期加工工作，成功制造出了裂缝发生器启动所需要的结晶体
接着gdi快反部队就攻占了作业所在的伪装制药工厂……
接下来的事就很清晰了，在知道关键物品被困在gdi手中后，急于夺回的思晶人自然就会展开攻击，但它们也知道直属gdi总司令部的那支所谓的高机动快速反应部队的战斗力有多强，正面交战的话，就算能击败当时还占据着工厂的那支部队，只怕激战下来，保存着加工后晶体地方也会被夷为平地。
就算那时候蓝色结晶体因为受到破坏而发生爆炸，摧毁整个工厂区域后，在波兰大量播种泰晶，可是见过gdi烧毁在日本感染区的举措后，思晶人知道这个计划的成功率有多底。
所以它们才搞了一个声东击西，调虎离山之计，将原就以为工厂已经没有什么价值的gdi快反部队给吸引离开工厂后，将仍然隐藏在工厂内部被初加工后的蓝色泰晶安全运走。
它们成功的吸引开人类的注意力，虽然那不过是因为gdi本就没打算在工厂内常驻。终于找到了加工后的蓝色泰晶，思晶人却发现，它们交给人类进行加工的那些蓝色泰晶并没有全部完成加工，这个秘密机构只完成了两个规格晶体的加工，就发生了生化兵器失控事件，那些人类技术人员要么被失控的大虫子们给生撕了，要么自己逃命去了，没有人会有心思继续完成手上的工作。
不得以，思晶人只能先运走完成加工的两个规格晶体，然后等待神圣兄弟会再派人来完成剩余的工作，它们是不可能让自己一族来完成这种危险系数极高的工作的，至于人类下属，死多少它们都不会心痛。
但问题就在于此。
当思晶人在等待新的人类技工来完成其余晶体加工工作的时候，人类察觉到了它们的计划，虽然不清楚思晶人的目的，但这并不妨碍人类动手来破坏思晶人的计划。
当发现人类几门天基轨道打击平台向工厂所在区域进行移动的情况后，思晶人也明白了过来，人类这是打算连同整个工厂和里面的秘密一起全部摧毁，丝毫不留给思晶人任何的东西。
它们也不得不再次派出自己的太空舰队前去阻拦人类破坏工厂的行动，至少也要为工厂内己方转移那些未加工蓝色泰晶争取一些时间。
交战的结果自然是令人沮丧的，思晶人的舰队没能击败实力越发壮大的人类舰队不说，最终还付出了全灭的代价，最后还出动新完工的超级母舰后，也算是达成了自己的目的——阻止人类摧毁工厂及其其内部所有的一切。
所以当gdi地面部队在e军的配合下攻入工厂，并找到了那间秘室后，所发现的蓝色泰晶，还有不明用途的设备，不过是最后一点来不及运走的未加工产品而已，思晶人其实已经达到了自己的目的。