渤海湾大战，使得联军的进攻势头被强行扼住，与洋鬼子勾勾搭搭的荣禄虽然现了原形，成为朝廷新的威胁，但是，总的来说，这个威胁并不是很大，至少对于慈禧来说，威胁还不如现如今大量驻扎北京的义和团来得大。因此，解决掉义和团后，再慢慢地办法对付洋鬼子和荣禄，就成为了慈禧的当务之急。
从六月初开始，义和团与清军在北京城内就开始出现冲突。刚开始的时候，冲突只限于某些个局部，而且，都被双方高层强行压下，没有造成太大的破坏。当然，这样的冲突，对于双方来说，都会造成心里的不舒服。义和团高层认为，他们在使馆区打生打死，损失惨重，清军非但不帮忙，还在背后使绊子，这是无论如何也无法忍受的。可是，清军并不这样认为，他们自认正统，绝对不允许义和团代他们在北京城内执行巡逻，同时在北京城内制造那么多的麻烦，因此，早就着跟义和团好好地摊一下牌了。
随着矛盾越来越激化，两家的冲突也越来越频繁，当然，他们还有所克制，毕竟，谁也不知道洋鬼子到底什么时候会来。但是，王浩宇在大沽口一带的突然袭击，使得冲突也突然加剧。王浩宇的偷袭，以及随之而来的清军与日军的冲突，使得联军整整损失了一千六百个人，也使得联军短期内进犯北京成为了不可能，就算他们的援军及时赶到，也不可能马上发动进攻。这一切，让慈禧无端端地松了一口气，也使得她能够腾出手来，以雷霆之势来解决义和团这个已经迫在眉睫的威胁了。
六月十五号，也就是王浩宇偷袭联军后的第四天，清军与义和团发生了冲突。冲突本来并不大，只要双方平静下来，坐在一起稍微协商一下，就可以轻松解决了。可是，在有心人的推动下，这场冲突却越演越烈，最终形成了不可收拾的局面。
六月十七号，慈禧下旨，斥义和团为暴民，并命令清军全力镇压，由此，一场席卷整个北京、甚至于波及到河北不少城市的大规模战争开始了。清军对此显然早有准备，再加上装备精良，训练有素，刚开始的时候打得义和团措手不及，溃不成军。仅仅三天时间，北京城内的义和团团民，不是被杀被抓，就是被逼着退出了北京城。使馆区之围顿消，为了讨好洋鬼子，同时向洋鬼子表明此次进犯使馆区全是义和团的事情，与清廷无关，慈禧竟然命令几个军机大臣，带着大量的物质前往使馆区慰问。只是，慈禧这一手，却是热脸贴上了冷屁股，洋鬼子对此根本就不领情，他们一边大摇大摆地享受着清廷送上的精美食物，把大量的珍贵礼物塞进怀里，一边向各个国家的掌权人发报，要求他们加派援兵，占领北京，利用这个难得的机会，从大清这只浑身上下直冒油花的兔子身上，再狠狠地咬下几块肉来。
（<div>