舟山海战结果是两败俱伤，虽然双方都没能达到战役目的，但相对来说，尽管太平军海军的人员和船只损失远远多于英军，但太平天国还是能够接受这个战果的，因为英、法两国海军比太平军海军强大得太多了。
舟山海战后，东海和南海两支舰队受损严重，无力再战，只能继续派出少量船只进行海上游击战，好在还有各路海盗参与其中，倒也没有弱了声势。这些海盗平日里也受够了英国人的围剿，而且中国的海盗在对外这种事情上，许多都还是能够一致对外，因此太平军通过各种手段拉拢了不少海盗一同作战。
于是，双方在南中国海及其附近海域展开了一场长期的海上游击战，而英法海军则没有再进行过大规模的北上远征行动，更没有再次发起过对太平军重兵防守的南方沿岸港口进行攻击，只是派出舰船对广州、厦门两地的港口进行了封锁。英法海军在等待援军的到来，没有强大的陆上兵力，他们即使能够袭占一两处港口，也是守不住的，于是英法海军也只是封锁离香港比较近的几处港口。
除此之外，英法海军很悲哀的发现，二十多年前那种一边和清军开战却一边能从清国百姓这边交易到各种物资的情景一去不复返了。英法海军远征出海，一旦想在沿岸进行食水新鲜蔬菜水果补给的话，是基本没有可能的。沿岸百姓没有一个会主动和英法进行交易，甚至一些还在洋行做买办的中国人上岸替英法海军进行交易，一旦被人识破。必定是打个半死。封锁厦门港口的英军舰队为了获得新鲜食水，甚至不得不发起战斗。厦门集中了附近为数众多的乡兵，厦门附近海岸经常爆发小规模的战斗。
同时。大陆的太平军也发起了封锁战略，自从开战以来，香港的英军就再也没有接到过来自广州等地的粮食、蔬菜、瓜果等物资供应。香港本地出产的农产品不足以供应香港本地使用，因为这里有数万香港居民还有英法两国的商人、海军官兵等等。很多时候，香港英军不得不到北部湾等地，从越南甚至更南的南洋进口农产品，保证香港的物资供应。
虽然海上的缠斗还在继续，但海上的贸易却从没有彻底断绝。由于此前美国人出面进行斡旋之后，英法美等国签订了《远东战时贸易协定》。英法两国舰队并没有把美国、荷兰、普鲁士、瑞典等国的商船作为目标，反正他们也不能完全封锁中国所有的港口，因此太平天国与外界的商贸并没有断绝，相反比较集中的汇集在上海宁波等地，更加催动了这两处贸易大港的形成。
额尔金等英法首脑人物除了要头痛物资补充、海盗袭扰和舰队作战等问题之外，香港岛上越来越猖獗的太平军间谍活动也令他们头痛。由于敌人间谍的行动，越来越多的英军官兵们都被收买过，更别提那些洋行的中国买办，额尔金甚至怀疑自己身边就有被太平军收买了的人。
不得已。额尔金在香港实行了通行证监管制度，凡是外出者必须有香港总督府核发的通行证，否则一律按间谍处置。但很可惜，额尔金很快发现有许多造假的通行证出现。而且这个做法也引起了香港本地居民的极大不满，虽然英军还能用武力将这股不满压下去，但越来越大的民愤在酝酿之中。
自从舟山海战之后。额尔金就无时无刻不在期待着国内能有好消息传来，但身为政客的他知道。是没有那么快的事，英国是君主立宪国家。英国议会是出了名的磨蹭，原因很简单，作为执政党代表的巴麦尊首相想要通过任何一个决议，反对党必定会站出来搅局，各种辩论、各种投票表决、各种争论的复杂性可想而知，而这一次议会辩论、争吵的复杂程度却超乎了额尔金的现象。
作为远东回国述职的特使，威妥玛不敢沿途有什么耽搁，临近年底的时候，威妥玛总算回到了阔别已久的泰晤士河。当时苏伊士运河还没有通航，威妥玛到达埃及之后在陆地上坐火车穿过北非再等上英军地中海舰队的船只，这才返回了英国。
威妥玛走的是当时远东的洋行与伦敦传递信息的通用道路，是先用帆船送到苏伊士，改由陆路送到亚历山大，再用帆船送到伦敦。这样最快也需要一两个月时间。
在首相官邸，威妥玛不顾风尘仆仆的劳累，首先和英国首相巴麦尊见面。巴麦尊和一众英国内阁成员首先听取了威妥玛的详细汇报，虽然此前巴麦尊已经收到了来自埃及的电报，但他还是需要等待威妥玛的详细汇报。