不得不说萧云贵还是很佩服日本人虚心求教的精神，川路圣谟和一行使团人等恭敬而且不耻下问的态度让萧云贵满足了一把虚荣心，毕竟太平军的强大让满清感到的只是恐惧并带来的只有咒骂，而英法美等列强虽然惊讶于太平军的强大，但他们只觉得太平军是学习了他们才如此的，英法美等西方国家的人只会敬佩真正在战场战胜过自己的人。
而日本人的谦逊和恭礼让西王大大的满足了一把做老大的瘾，至少日本人只会称颂萧云贵是太平军的贤王，而不会像英国人那样说他是中国的威尔士亲王。同时，日本人也让萧云贵看到了真正的儒家求学精神，那种朝闻道夕死可矣的精神在中国几个世纪的异族统治下已经荡然无存，整个国家的儒生都在为功利的出仕而读书，讲的都是三年清知府、十万雪花银，满清的儒生们却忘记了儒家真正的求学问道和经世致用之精髓所在。
假如满清治下的儒生们能有日本人求学精神的一半，也不至于会被列强欺负成这个样子，更不会被太平军打成这个样子。那是因为满清一开始就在阉割真正的儒学，把它变成统治读书人和天下人的工具，而并非真正的儒学治国之道。真正的儒学治国并非仅仅是三纲五常，缺少了经世致用和求学问道之后，满清的儒学就变成后来国人花了几十年才摆脱的封建思想。可惜国人在摆脱这种思想之后，却发现没有儒学的中国人还能称为中国人吗？于是乎在萧云贵穿越前的那个时期，国人们又开始重新学习儒学，希望能够把儒学重新给找回来，不得不说这是一个曾今向世界传播儒学的民族悲剧。
反观日本，他们虽然有时候偏执而且狭隘。但不可否认他们却一直继承着儒学求学问道和经世致用的精髓，所以日本后来几经沉沦依旧（www.hao8.net）能够站起来，却并非仅仅是日本人的坚韧所能解释的。
在见识到日本人的这种求学精神之后，萧云贵开始担心自己的计划能否实现，毕竟日本倒幕派那几个大佬才能更加的强大，不用些非常手段，只怕幕府还是争不过倒幕大军的。
于是萧云贵在和川路圣谟讨论完幕府的改良问题之后，微露可以派人到日本亲自指导幕府改良的意思，这让川路圣谟大喜过望，毕竟有太平天国的人亲自到日本指导好过自己只学了些皮毛就回去的好。
既然谈到了派人到日本去。就涉及到了两国的邦交问题和合作关系问题。让萧云贵没有想到的是，川路圣谟表示回去一定禀告幕府太平天国的现状，并非常愿意上疏幕府，请求幕府承认太平天国。川路圣谟表示，按照太平天国现在的状况。幕府是极有可能承认太平天国的。
萧云贵不禁有些哭笑，想不到日本倒成了愿意第一个承认太平天国的国家。但他不稀罕这些。连忙以还要上报天京方面给推辞了过去，但双方的合作关系可以由上海军政司出面来完成。
换句话说，萧云贵不需要日本承认立国之事，也不想过早和日本玩什么结盟，省得到时候列强一旦对日本有什么动作，自己还被绕进去。为了日本而和列强交恶，萧云贵还没有那么蠢。川路圣谟失望之色一闪而过，随即两人谈起合作的事宜来。
萧云贵选择同日本合作，最大的因素就是日本离库页岛和庙街较近。从北海道的箱馆港（今函馆）到北库页岛不过几天的海程。一旦日本像对待美国一样，对太平天国开放长崎和箱馆两处口岸，在上海和宁波的太平海军就可以护送着商船先到长崎进行一部分的商贸交易，然后在日本就地采购粮食和新鲜的瓜果蔬菜，从箱馆出发直接北上补给庙街和库页岛。然后船队又可以带着库页岛和庙街出产的人参、毛皮等东西回到日本或上海交易，同时船队还可以长期保持和日本的商贸，这种商路和补给路线合并的方式才是最为合理以及划算的。
而中国的海船绝对可以到达日本，甚至满清治下还有海船长期跑长崎港交易的，没理由太平海军做不到这些。为此萧云贵专门让太平海军通宝和尚、唐正财等几名海军将领到苏州来详细询问过这条线路的可行性。几个海军将领得出一致结论，就是太平海军之所以不太适宜远洋航行是因为船体太小，能够运载的补给物资和货物比不上洋船，但如果能在日本长崎歇脚，太平海军的船队绝对可以沿着上海、长崎、箱馆、庙街这条海线跑下去。
于是兵部海军司和户部商业司以及礼部专门联合商讨了详细的章程，最后一致形成了必须要日本开放长崎和箱馆两处港口通商，才能保证庙街和库页岛以及大连的补给。