由于近代将明清“开海”作为政治正确的观点之一，被划为“禁海派”的朱纨在后世的评价并不算高。
但从皇帝的角度来看，朱纨确实是嘉靖朝一名清正肯干的贤臣。
在隆庆开海前，闽、浙两省由于长期海禁，民间海外贸易作为违法行为，一直处于偷偷摸摸、暗地里发展的尴尬境地。
而当时中国沿海地区的各个阶层，无论穷富和职业，皆与海上对外贸易利益相关。
在此情况下，不少沿海商民只有公然违抗法令，私自出海贸易，有些甚至不惜勾结“夷人”和“倭寇”，并诉诸武力，引发了著名的“嘉靖倭乱”。
嘉靖二十六年，一伙三百四十多人的福清私商泛海通番，明廷谕查劾海道官员，朱纨便因此被任命巡抚浙江兼管福建海道，并提督军务。
朱纨到任后，发现海防松弛，不堪入目，昔日战舰十不存一，兵额严重不足，漳州、泉州那么大一片海域，从前旧额是二千五百人，到嘉靖二十六年仅剩一半都不到，且多为老弱残兵。
于是他着力整顿海防官军、厉行海禁、拆毁违式大船，革绝渡船，严格保甲，搜捕奸民。
同时又派遣都指挥卢镗领兵，一举捣毁双屿岛的走私贸易巢穴，卢镗率福清兵奋勇杀敌，很快就讨平了盘踞于覆鼎已一带的倭寇，并在九山洋水战中打败王直。
接着，明军在双屿筑置堡垒，擒斩真假倭寇不少，连大盗李光头也落网被杀。
当时整个帝国都知道，所谓的“倭乱”，绝大多数是亦商亦盗、以海外贸易为生的浙闽两省人，只有极少数的日本浪人参与其中，而且这些日本人往往受雇于中国大海商。
而朱纨在给朝廷报捷的奏疏中，公然指责浙闽两省的世家大族与“倭寇”有勾结，并在疏中愤然明言，“去外国盗易，去中国盗难；去中国濒海盗犹易，去中国衣冠之盗尤难”。
这项指控，相当于在浙江、福建沿海的豪强家族中扔下一颗巨型炸弹。
由于福建、浙江两省的沿海豪民皆在朝中有代理人，两省的豪门大族，立刻动用家族中所有的官场资源，对朱纨展开了强烈反击。
浙闽籍的朝廷言官纷纷弹劾朱纨，一方面说被俘的海盗都是良民，不是贼党，更不是倭寇，要求从轻发落。
另一方面说朱纨污蔑浙闽士人，惑乱视听，并上奏说朱纨巡抚浙江兼管福建海防的职权过于繁重，请求明世宗改巡抚为巡视，从而削减了朱纨的权力。
之后又有御史陈九德弹劾朱纨，认为他在福建走马溪之役中擒获海贼李光头等人后，就地斩首的行为是为“擅杀”。
在明朝，生杀大权必须掌握在皇帝手里，朱纨擅自杀伐，给了言官弹劾他谎报军功、僭越权力的理由。
结果明世宗因此便革了朱纨的职，还派人去军中审问调查。
在朝廷派出的审讯官到来之前，朱纨已看出闽浙官员必得加罪于他，因而悲愤道，“纵天子不欲死我，闽浙人必杀我”。
随即，朱纨便仰药自尽。
自此明廷罢巡视大臣不设，中外摇手不敢再言海禁之事，从此海防废弛，海寇、豪民弹冠相庆。
朱纨死后不到五年，葡萄牙人便通过行贿进入了澳门，并成功取得了居住权。
朱纨死后十七年，隆庆帝即位改元，解除了一直以来禁止百姓“贩夷”的律法，允许福建漳州、泉州百姓“准贩东西二洋”，打破了自朱元璋时期就确立的民间私人海上对外贸易的禁令。
从现代人的角度来看，朱纨的牺牲无疑是一种“落后”的牺牲。
嘉靖年间，世界已进入“大航海”时代，明廷已经放弃了原来作为法定货币的大明宝钞，转而使用具有硬通货性质的白银来重新构建帝国的货币体系。
闽浙人顺应了历史潮流，用茶叶、瓷器、丝绸、棉布、药材等“中国制造”来换取世界白银。
这个时候帝国怎么会需要一个厉行海禁的贤臣呢？再贤的贤臣也抵不过历史大势，那些“海寇”在后人眼里才是生错了时代。
朱纨为了他的政策付出了生命，可这付出了的生命在朱翊钧眼里却显得多么多余。
现在朱翊镠却拿这一条多余的性命来反驳自己了。
朱翊钧知道，朱翊镠他其实不是在可惜朱纨。
对于朝臣们的遭遇，亲王宗室们永远是局外的。
藩王们早在明成祖朱棣登基的那一刻就开始逐步失去太祖皇帝曾经赐予他们的权利，到了万历十五年，参政议政、为国征战都早已与他们无关。
朱翊镠是在用朱纨向皇帝昭示一种关于“多余”的鄙薄，这种鄙薄只有朱翊钧这种支持“开海”的现代人才能听懂。
朱翊镠是在说，闽浙两省从海贸中获利甚巨，从大海商、大海盗、地方豪强富户，到朝中士大夫、官员，早已形成了一个强大的利益共同体。
莫说臣这种早就被剥夺了一切权力的藩王，就是朱纨现在活过来，还是会白白地再搭上一条命。
朱纨是忠诚，是肯干，可他多愚蠢啊，臣才不想像朱纨一样愚蠢地送命。
这几句话朱翊镠没有说出口，但他用他的表情告诉了朱翊钧。
朱翊镠提到朱纨时，语气虽是惊悚而后怕的，可他的脸上却没有一点儿怜惜。
朱翊钧当然没有办法让朱翊镠怜惜朱纨，他自己都觉得朱纨的牺牲多余，他怎么能口是心非地让朱翊镠向往这种违背人性的忠诚？
因此朱翊钧也没打感情牌，他发现这个屋里最会打感情牌的人是李太后，帝王讲感情能讲过后宫的女人吗？
所以朱翊钧扬长避短，直截了当地道，
“朕也不是只为四弟你赚钱，大明一天不亡，一天便短不了你一家吃的，朕能为少付你一家的爵禄就这般为难你吗？你快起来罢！”
朱翊镠吸了吸鼻子，转头看了李太后一眼，见李太后微微点了点头，这才慢慢地站了起来，坐回了原位，
“那皇上是想干甚么？”