但没想到的是，上个月，还未等奕訢赶到盛京，这座满清的旧都竟然被偷偷逃走的肃顺给控制了。
原来，盛京将军被革职后，盛京城能调动盛京兵马的官员便成了盛京副都统隆克托。而这个隆克托，与肃顺是表兄弟，肃顺带着小皇帝偷偷逃至盛京后，找上了他，两人一拍即合，肃顺以辅政大臣的身份，用小皇帝的名义下旨，封隆克托为盛京将军兼兵部尚书，而他自己，则为文体阁大学士，军机首辅。再通过隆克托，又拉拢了黑龙江将军英隆，再次推出小皇帝，组建满清小朝廷，以为正统。
而已赶到锦州府的奕訢，顿时大怒，立即率兵北上，准备攻取盛京，见整个满清全部掌握在手中。
清妖在狗咬狗，无疑让秦日纲大为高兴。他原本被黑龙江将军英隆、吉林将军景淳以及盛京副都统隆克托三人联手杀得惨败，逃回辽阳，接着又被穷追猛杀的吉林将军景淳攻占了辽阳城，带领惨败败退到海城，继而又节节败退到盖平。
原本他都已经逃到熊岳了，还准备收拾东西继续往南往东逃走，没想到这个时候清妖发生了内讧，吉林将军景淳放弃了追杀，撤兵返回盛京。而惊异未定的秦日纲幸运地不但守住了熊岳城，还趁机派兵收复了盖平。
稳住阵脚后，秦日纲感觉到自己手下的这帮太平军士兵都心散了，想的都是如何离开这辽东，投靠南方的南王，或是如何迎接南王的讨虏军攻打过来，根本就没心思效忠自己。
于是，鬼迷心窍的秦日纲决定在熊岳城登基称帝，一方面激励手下的士气，让一帮手下成为从龙功臣，日后升官发财不再话下，而另一方面，自己多年的夙愿，终于得以实现，成为一名真正的皇帝。
这天中午时分，日子和时辰都精心挑选过后，秦日纲正式登基称帝。
秦日纲封自己的各个兄弟，秦日南、秦日庆、秦日源、秦日来等兄弟全部封为王爷，兼任各部兵马主将，又封自己的王妃为皇后，其余的皇亲国戚竟然分封了上百人。而对于手下将士，秦日纲也不含糊，直接封赏了上百位将军，几十位知府和道台，让一帮追随他的手下高兴万分，虽然他连一个奉天府的一般还没占完。
享受当皇帝的快乐的同时，秦日纲还是有些担心南王会找他麻烦，他便准备先下手为强，直接通报天下，宣称南王冯云山背叛太平天国，又谋害天王，他秦日纲无奈之下，只能奋起反抗，为天王报仇。号召天下的太平军将士速速归顺其麾下，一同继承天国精神，开创真正的天国。
称帝后的第二天，秦日纲便下令出兵，攻打海城和辽阳，同时又派兵朝南方的朝鲜进发，扩大地盘招募兵力。